Когда режиссёр Гарри Бардин решил заняться созданием мультфильмов, его коллеги по цеху отнеслись к этому с определённой долей недоверия и настороженности. На тот момент он был известен как актёр драматического театра имени Гоголя, сценарист и театральный постановщик, но в мир анимации пришёл, по сути, с улицы. Его первый шаг в эту новую для него сферу состоял в том, что он принёс на студию «Союзмультфильм» сценарий своего мультфильма под названием «Достать до неба». В ответ на его предложение ему сказали: «Вы же режиссёр, так что снимайте сами!» — таким образом, Гарри Бардин оказался в мире мультипликации. Сначала он создал несколько мультфильмов, среди которых были и те, которые основаны на его собственных сценариях. Однако вскоре директор студии предложил ему взять на себя «неподъёмный сценарий» известного драматурга Алексея Симукова, который по какой-то причине не вызывал интереса у других режиссёров.
Этот сценарий был написан по мотивам русской народной сказки «Летучий корабль». Несмотря на то, что сюжет был основан на классической сказке, он не вдохновил Бардина. Он не собирался просто так принимать работу, и, когда директор настаивал, режиссёр предупредил, что собирается полностью переделать сюжет и сделать из него музыкальную сказку. В этом проекте композитором стал Максим Дунаевский, а тексты песен поручили написать известному поэту и автору песен Юрию Энтину. Гарри Бардин поставил перед ними одну единственную задачу: в одной из песен должна была прозвучать строчка «Ах, если бы сбылась моя мечта».
Эта фраза пришла ему в голову в момент, когда он получал разрешение на переделку сценария у его автора. В процессе создания музыки было решено следовать стилю западной рок-эстрады. Это решение было обусловлено тем, что после выхода мультфильма «Бременские музыканты» в России возник новый жанр анимационных мюзиклов, который нацеливался не только на детскую аудиторию, но и на молодёжь, стремящуюся к модным трендам.
Для озвучивания главного героя, трубочиста Ивана, был приглашён Михаил Боярский, который на тот момент только что стал настоящей звездой после премьеры фильма «Д'Артаньян и три мушкетёра». Его популярность и обаяние сделали его идеальным кандидатом для этой роли. Создатели мультфильма надеялись, что цензура не будет придираться к «несоветским» аранжировкам песен, если их исполнит такой народный кумир, как Боярский. В роли Царевны Забавы выступила актриса и певица Татьяна Шабельникова, а для озвучивания Водяного был приглашён талантливый Анатолий Папанов. Сам Гарри Бардин озвучил короля, боярина Полкана озвучивал актёр Рогволд Суховерко, а рок-певец Марк Айзикович исполнил песни, которые звучали в мультфильме.
Для записи музыкальных номеров Максим Дунаевский собрал свой коллектив «Фестиваль», который он основал вместе с Айзиковичем перед началом работы над «мушкетёрами». Это сотрудничество стало важным шагом в создании качественного музыкального сопровождения для мультфильма. Многие зрители отмечали, что песни трубочиста Ивана удивительным образом напоминают песни Д'Артаньяна, что, в свою очередь, стало лишь дополнительным плюсом для мультфильма.
Юрий Энтин столкнулся с определёнными трудностями, когда дело дошло до написания песни для персонажа Водяного. В соответствии со сценарием, его роль заключалась в том, чтобы указать путь главному герою, но поэт не имел ни малейшего представления о том, о чём должен петь этот эпизодический персонаж. На все его вопросы режиссёр отвечал: «Ты у нас поэт, ты и придумай!» В итоге, чтобы найти вдохновение, Энтин отправился в ванную. Он постарался представить, что мог бы чувствовать Водяной, и всего через десять минут у него уже был готов текст песни. Энтин так глубоко проникся симпатией к Водяному, что не только придумал ему характер, но даже создал судьбу для этого персонажа. Более того, он несколько раз заставлял композитора Дунаевского переписывать музыку, так как она не соответствовала образу Водяного. В конечном итоге, поэт был так вдохновлён своим персонажем, что установил его скульптуру на своей даче. Но самое главное, что зрители полюбили Водяного не меньше, чем сам Энтин — именно песня сделала его одним из самых запоминающихся героев советских мультфильмов.
Вторую песню, которая также сыграла важную роль в популярности мультфильма, исполнил хор «Бабок-Ёжек». Изначально по сценарию героиня должна была быть одна, и Юрий Энтин написал для неё романтичную песню, в которой она говорила о том, что она «во-первых, просто баба, и только во-вторых — Яга». Когда поэт принёс текст на студию, он узнал, что концепция изменилась — теперь Баб-Яг будет много, они будут хулиганистыми, и им нужна была совершенно другая песня. В результате, Энтин создал кокетливые частушки, которые исполнили солистки Московского камерного хора.
Однако мультфильм не пришёлся по нраву цензорам — разнообразие современной музыки и её жанровая многогранность слишком напоминали зарубежные мюзиклы. Но именно песня Водяного спасла мультфильм от неминуемого забвения. Представитель телевизионного начальства увидел в ней идеологический подтекст и вызвал на объяснение как Бардина, так и Энтина. Он задал вопрос, не являются ли слова «жизнь моя — жестянка, да ну её в болото» намёком на советскую действительность и не за границу ли диссиденту Водяному «летать охота»? Авторы мультфильма отказались изменить или убрать песню, что и стало причиной запрета на показ мультфильма. Спустя год запрет был снят, но с условием — необходимо вырезать из финала фразу «Сказка тем отличается, что всё в ней хорошо кончается». Бардин согласился с этим условием, и вскоре песни из мультфильма начали звучать по всей стране.
Спустя длительное время «Летучий корабль» был адаптирован в музыкальный спектакль, который с большим успехом начал ставиться в различных театрах юного зрителя (ТЮЗах). В 2024 году на экраны вышел мюзикл, созданный Ильёй Учителем, основанный на знаменитом мультфильме. В главных ролях выступили молодые актеры: Александр Метёлкин и Ксения Трейстер. Царя сыграл Леонид Ярмольник, роль Полкана исполнил Фёдор Добронравов, а Водяного — Сергей Гармаш. Все Бабки-Ёжки были сыграны Данилой Козловским. В музыкальном оформлении фильма звучат как песни из оригинального мультфильма, так и композиции современных исполнителей.