В русской истории род Романовых занял важное место задолго до 1613 года, когда на Земском соборе шестнадцатилетний представитель этой династии Михаил Фёдорович был избран русским царём. Вес боярского рода Романовых в XIV-XVI веках рос как на дрожжах и это хорошо отражали их палаты, сохранившиеся до наших дней и наглядно рассказывающие об истории русского боярства.
В тогдашнем аристократическом гнезде Москвы Зарядье своё родовое гнездо бояре Романовы начали строить на рубеже XV-XVI веков, когда за счёт своих полководческих заслуг поднялся основатель династии боярин Роман Захарьин-Кошкин. Строительство палат бояр Романовых шло с большим размахом, но особо оно ускорилось после 1547 года, когда дочь Романа Захарьина-Кошкина Анастасия вышла замуж за первого русского царя Ивана IV Грозного, в одночасье сделав род Романовых вторым по значению на Руси после царского, что позволило им построить большой дворец с жилыми покоями в несколько этажей, громадными погребами, садом, огородом и домовой церковью в честь Знаменской иконы Пресвятой Богородицы. Внутри палаты бояр Романовых были богато украшены, подтверждая высокий статус бояр Романовых, который они сохраняли и при царе Иване Грозном, и при царе Фёдоре Иоанновиче, который нашёл в родственниках по матери прочную и надёжную опору.
После смерти царя Фёдора Иоанновича над родом Романовых стали сгущаться тучи, в 1599 году они попали в опалу и были сосланы в дальние монастыри, а всё их имущество было конфисковано. Во время Смутного времени палаты бояр Романовых были полностью разграблены и загажены, но устояли, больший ущерб им нанёс московский пожар 1626 года, после которого их пришлось отстраивать заново. Так как в 1613 году Михаил Фёдорович Романов был избран русским царём, его основной резиденцией стал Московский Кремль, но за палатами бояр Романовых в Зарядье сохранился статус запасной царской резиденции, а в 1631 году в Москве был основан Знаменский монастырь, которому Михаил Фёдорович отписал своё родовое гнездо. Получив в своё распоряжение палаты бояр Романовых, монахи приукрасили их, дополнив их здание кельями и больницей. Знаменский монастырь был важен в жизни царской семьи, но при Петре I его финансирование было сокращенно до минимума и после Троицкого пожара 1737 года он окончательно запустел.
Несмотря на попытки возобновления монастырской жизни в стенах палат бояр Романовых, все они оказались неудачными и в результате их отдали в аренду, продолжавшуюся до 1859 года, когда по указу Александра II здесь был открыт музей, который размещается здесь и поныне, являясь своеобразным порталом в историю России XVI-XVII веков.