Методы исследования состава кишечной микробиоты человека
Кишечная микробиота играет ключевую роль в поддержании обмена веществ, иммунного ответа и барьерной функции кишечника. Нарушение ее состава ассоциировано с воспалительными заболеваниями кишечника, функциональными расстройствами ЖКТ, метаболическими нарушениями и рядом системных состояний. Поэтому лабораторная оценка микробиоты становится все более востребованной в клинической практике.
На сегодняшний день применяется несколько лабораторных подходов, каждый из которых имеет свои преимущества и ограничения.
Культуральный метод
Классическим способом исследования микробиоты остается культуральный метод. Он основан на посеве кала на питательные среды с последующей идентификацией микроорганизмов.
К его ограничениям относят то, что от 50 до 80 процентов представителей кишечной микробиоты являются труднокультивируемыми или некультивируемыми в стандартных лабораторных условиях. Кроме того, результат напрямую зависит от условий транспортировки и сохранения жизнеспособности микроорганизмов.
Посев кала на дисбактериоз позволяет оценить спектр отдельных бактерий и грибов, однако в целом отражает лишь ограниченную часть микробного сообщества и не дает полной картины структуры микробиоты.
Секвенирование нового поколения (NGS)
Методы секвенирования нового поколения позволяют определять микроорганизмы с высокой точностью вплоть до вида, а также оценивать их относительное соотношение.
Именно благодаря NGS были описаны ключевые таксоны, значимые для здоровья человека, и сформированы современные представления о составе нормальной и нарушенной микробиоты.
При этом в рутинной практике метод имеет ряд ограничений. Получаемые данные часто избыточны, требуют сложной биоинформатической обработки и высокой квалификации специалистов для клинической интерпретации. Это делает NGS малопригодным для массового диагностического применения.
ПЦР в реальном времени
Наиболее оптимальным методом для практической лабораторной диагностики микробиоты в настоящее время считается ПЦР в реальном времени.
Метод позволяет выполнять точное и быстрое количественное определение микроорганизмов с использованием видоспецифичных и группоспецифичных праймеров. Полученные результаты нормализуются по количеству копий генов-мишеней, что обеспечивает воспроизводимость и сопоставимость данных.
Мультиплексный формат исследований дает возможность одновременно оценивать крупные таксоны микробиоты и выявлять отдельные клинически значимые виды или субпопуляции. Такой подход сочетает информативность и практическую применимость, что делает ПЦР основным инструментом для рутинного анализа кишечной микробиоты.
Итог
Культуральные методы сохраняют вспомогательное значение, NGS используется преимущественно в научных и референсных исследованиях, тогда как ПЦР в реальном времени представляет собой наиболее сбалансированный подход для клинической лабораторной диагностики состава кишечной микробиоты.
Связанное лабораторное оборудование:
Для исследования состава кишечной микробиоты применяются ПЦР-анализаторы в реальном времени и автоматизированные молекулярно-биологические платформы, обеспечивающие количественное определение микроорганизмов и высокую воспроизводимость результатов.