Стефан Константинович Пономарев родился в 1880 г. в г. Верном Семиреченской области в мещанской семье, окончил церковно-приходскую школу, был псаломщиком и учителем пения. Хотя Стефан вступил в брак, с супругой они жили по-монашески. Однако об этом стало известно только после смерти отца Стефана от его супруги.
В 1909 г. Стефан был рукоположен во диакона к Никольской церкви г. Верного, в 1914 г. был рукоположен во священника. В Первую мировую войну пастырь был священником при Красном Кресте, где серьезно простудился. В госпитале его прооперировали и удалили сгнившие от хронического гайморита носовые хрящи, отчего у него ввалилась переносица. Прежде отец Стефан имел красивую наружность и, как он считал, гордый нрав. Вернувшись с фронта, пастырь сказал: «Бог шельму метит. Вот и меня Господь пометил и присмирил». С того времени пастырь страдал от сильной головной боли.
В 1927 г настоятель Никольской церкви отец Александр Стальский принял четверых монахинь и девочку-сироту, которые сестричество. Его духовником стал отец Стефан.
Согласно воспоминаниям, он был задумчив и молчалив, всегда погружен в молитву, служил ежедневно, не пропуская ни одного богослужения. Службы его были тихими, строгими и неторопливыми, всегда проникновенными и благоговейными. У о. Стефана в комнате не было практически ничего, кроме икон. В обновленчество пастырь не уклонялся и удержал от возможной ошибки настоятеля о. Александра. Самому о. Александру также было тяжело, особенно после того, как его покинула жена.
Отец Стефан уговорил настоятеля поселиться в его доме, выделил ему комнату. Матушка Прасковья Кузьминична жила в нижней части дома и своими заботами облегчала священникам их повседневный быт.
В Верном, который был переименован в Алма-Ату, был устроен пересыльный пункт ГПУ, откуда заключенных распределяли по лагерям, а ссыльных – по местам ссылки. Нередко ссыльных было так много, что их негде было размещать и даже в ОГПУ советовали людям обращаться в церковь. Не было ни одной ночи, чтобы в Никольском храме не ночевали ссыльные. Монахини топили печь, готовили, стирали. Священники из скудного церковного дохода выдавали деньги на помощь страдальцам, покупали им самое необходимое. Вместе с ссыльными в город приходили эпидемии, например, тиф. Однако и тогда в церкви всех принимали, причем никто из служителей храма не заболел.
Священник Стефан Пономарев был арестован 10 декабря 1937 г вместе с о. Александром Скальским и группой других священнослужителей города. После допроса священника направили в городскую тюрьму. Здесь отец Стефан заболел сыпным тифом и отправлен в тифозный барак. 18 января 1933 г. пастырь скончался и был погребен в общей могиле с другими священниками.
Память о священномучениках хранилась паствой, место их погребения почиталась православными христианами. В 1960-е гг. при застройке города могила была уничтожена.