Преобладание характера гражданской войны в вооруженных конфликтах в восточноевропейской Украине воздействовало особым образом на военные доктрины противоборствующих сторон. Они стремились не столько нанести друг другу военное поражение, сколько путем вооруженного давления подорвать эффективность государственных структур противника. Конечной целью таких войн было не завоевать государство противника или его часть, а навязать противнику такое социально-политическое устройство, которое его безвозвратно ослабит.
Те гражданские войны, которые охватили Московское государство и Речь Посполитую в первой половине 17 века стали первым примером применения этих доктрин. Речь Посполитая стремилась отторгнуть от Московского государства Смоленск, но прежде всего – насадить в Москве такой режим, который бы не позволил Московскому государству собрать свои силы для войны. Насаждение в Москве, сперва, «царевича Дмитрия», затем самозванца «царя Дмитрия», а вместе с ними – власти польских наемников и авантюристов служило этой задаче. Этой же задаче служило избрание на московский престол королевича Владислава, который должен был подчинить московское правительство воле своего отца – польского короля Сигизмунда III.
Этой же цели, после провала всех этих попыток, служило непризнание избрания на царский престол Михаила Романова – в надежде, что против него, выставленного нелегитимным царем, будут бунтовать различные социальные группы и территории. Эти усилия имели свой эффект: Михаил Романов был вынужден вести крайне осторожную и слабую политику, опасаясь разрушить общественное согласие. Московское наступление на Речь Посполитую в Тринадцатилетнюю Войну в 1650-х – 1660-х годах имело те же задачи. Москва стремилась вернуть Смоленск и отторгнуть от Речи Посполитой Днепровское Левобережье, но прежде всего она стремилась не допустить утверждения в Польше сильной королевской власти, которая могла бы опереться на мощную профессиональную армию.
Москва всячески поддерживая в Польше сепаратизм – Ливонии, Литвы, Пруссии, правобережного казачества, – и добилась своего. Главным итогом Тринадцатилетней войны стало не «воссоединение Украины с Россией», а закрепление в Польше политического режима магнатской анархии.