Поселение Штрале известно с 10в. С 13в. город упоминается уже в форме Штралесунд (от славянского слова «stræl» - «стрела» и германского «sund» - «пролив»).
В 1234г. Штральзунд получил Любекское городское право от князя Вислава I Рюгенского. А уже в 1293г. город стал одним из основателей Ганзейского союза. В это же время у города появилась переправа на остров Рюген.
Штральзунд быстро стал важным торговым городом в Балтийском регионе. После прекращения существования Рюгенского княжества в 1325г. город стал частью Померании-Вольгаст. Уже к 14в. Штральзунд стал вторым (после Любека) по значимости ганзейским городом в южной части Балтийского региона.
Несмотря на многочисленные вооруженные конфликты Ганзы с Данией в 14в., Штральзунд лишь укреплялся и рос. В итоге Штральзундский мир 1370г. ознаменовал полное поражение Дании и привел к пику рассвета могущества Ганзы.
После постепенного распада Ганзейского союза значение Штральзунда уменьшилось, однако город продолжил процветать за счет торговли и судостроения.
Хотя Штральзунд так и не стал вольным городом и формально остался под властью герцогов Померании, тем не менее он достиг значительной степени автономии. И если город не устраивало какое-либо княжеское решение, оно просто не исполнялись. Герцог Богуслав XIII даже основал город Францбург (Franzburg), намереваясь конкурировать с Штральзундом, но этот план быстро провалился.
Уже в 1525г. большинство жителей Штральзунда приняли протестантизм и город стал пионером Реформации в Северной Германии.
Во время Тридцатилетней войны по Вестфальскому миру (1648) Штральзунд на почти 200 лет был включён в состав Швеции, как часть Шведской Померании.
В ходе Померанской кампании 1715-1716 гг. крепость Штральзунд была захвачена Данией, но уже в 1720г., согласно Фредериксборгскому договору, вернулся к Швеции.
Штральзунд оставался ключевой крепостью шведской короны до 1807г., когда его оккупировали наполеоновские войска. Ненадолго в 1810г. шведы вернули себе город, однако по решению Венского конгресса 1815г. Штральзунд был передан Пруссии.