Священномученик Евгений родился в 1891 г в селе Бетино Касимовского уезда Рязанской губернии в семье диакона Казанской церкви Иакова Николаевича Харькова. Евгений окончил касимовское духовное училище и Рязанскую духовную семинарию, затем служил псаломщиком.
В Первую мировую войну Евгений Яковлевич находился на фронте, в годы гражданской войны служил в армии адмирала А.В. Колчака, в 1919 г вернулся домой в звании штабс-капитана. По-видимому, испытав на себе ужасы войны, Евгений Иванович решил вернуться к изначально выбранному жизненному пути и несмотря на развернувшиеся большевистские гонения, принял священный сан. Местом служения отца Евгения стала Казанская церковь в селе Бетино.
Отца Евгения арестовывали дважды. В 1929 г его держали под арестом два месяца, 1932 г –три месяца.
В годы сталинского Большого террора священномученик Евгений был арестован в последний раз. Аресты в то время были поставлены на поток в соответствии с разнарядкой, и оправдаться было невозможно. 21 сентября 1937 г отец Евгений был арестован по обвинению в «активном участии в контрреволюционной повстанческо-террористической организации». Виновным в предъявленном ему обвинении отец Евгений себя не признал.
На момент последнего ареста семья отца Евгения состояла из 37-летней жены Елены Александровны, четверых детей от четырех до двенадцати лет и 83-летней матери Ольги Афанасьевны.
Постановлением «тройки» при УНКВД по Рязанской области от 6 декабря 1937 года протоиерей Евгений Харьков был приговорен к расстрелу. 23 декабря священномученик Евгений был расстрелян в Рязани и погребен в безвестной общей могиле.