Осенью 1219 года Чингисхан достиг владений хорезмшаха.
«Здесь он разделил свою армию на четыре отряда. Чагатаю и Угедею было передано командование войсками, которые будут окружать Отрар… Джучи со своим отрядом должен был двигаться вдоль восточного берега Сырдарьи к городам Сыгнаку и Дженду. Соединение приблизительно в 5000 человек начало двигаться вверх по течению Сырдарьи на Бенакат». Главные силы монголов под руководством самого Чингисхана, его младшего сына Толуя, Субэдэй-багатура и Джэбэ-нойона «ускоренным маршем двинулись от берегов Сырдарьи через пустыню Кызыл-Кум на Бухару».
Осенью 1219 года Чингисхан достиг владений хорезмшаха.
Первый же город, который оказался на их пути, — Зарнук — сдался без боя. Чингисхан пощадил жителей, но забрал в хашар молодых и физически крепких. Затем проводники, взятые в Зарнуке, вывели монголов на кратчайший путь к Бухаре, который пролегал через город Нур.
Рашид ад-Дин в своей летописи пишет: «Гайр-бахадур, который находился в передовом отряде, отправил посла с извещением, полным обещаний помилования и угроз за сопротивление, о прибытии хана. После обмена послами население Нура… отправило его величеству яства и изъявило покорность. После благосклонного приема яств вышел приказ: „Субэдай прибудет к вам вперед, вы передадите ему город“. Когда прибыл Субэдей, они повиновались приказу».
Как и в Зарнуке, монголы забрали в Нуре определенное количество людей в хашар, а также была взята дань, которая не превышала поборов, которые собирали здесь чиновники хорезмшаха. Как видно, жители этих двух небольших городов, с точки зрения монголов, не пострадали, не считая людей, забранных в осадную толпу, которые, по существу, стали пушечным мясом, используемом вскоре при штурмах Бухары и Самарканда.
Хорезмшах Мухаммед пребывал в бездействии, его план по защите каждого города и крепости в отдельности не дал результата. Один за другим обращались в пепел города Мавераннахра, Хоросана, Шаша. Несмотря на мужество защитников и отчаянное сопротивление, военная сила монголов ломала всякое противостояние.
Отдельные успехи Джелал ад-Дина и удачные вылазки Тимур-Мелика на ход событий не влияли. Мухаммед, «наконец решившись на поступок, собрал ближних людей и сопровождаемый ими… убежал за Амударью, держа курс на Балх».
Тем временем Чингисхан, покончив с Бухарой и Самаркандом и удостоверившись из полученных донесений, что вражеские оборонительные линии Сырдарьи и Амударьи окончательно перешли в руки монголов, отправил весной 1220 года в погоню кошун из трех туменов.
Авангардом командовал Джэбэ, в центре на месте командующего войском следовал Субэдэй, арьергард был в ведении Тохучара. Тумены двигались друг за другом раздельно, но действия этих орхонов объединял приказ, который «гласил: „Силою Бога Великого, пока не возьмете его в руки, не возвращайтесь. Если он ослабеет от вас, с несколькими людьми будет искать убежища в крепких горах и мрачных пещерах или скроется от глаз людей, как пери (невидимые духи), то вы должны, подобно ветру летучему, устремиться через его области; всякому, кто выйдет с покорностью, окажите ласку, учреждайте управление и правителя; всякого, кто будет попирать дорогу и становиться в оппозицию, насилуйте…“
Из ярлыка Чингисхана, данного Субедею уйгурским письмом с алой „тамгой, видно следующее: „Эмиры, старшие и многий народ да ведают, что я дал тебе все лицо земное от восхода солнца до запада. Всякий, кто покорится, пусть будет помилован, а всякий, кто не покорится и выйдет с оппозицией и распрей, да погибнет“.
Таким образом, на названных трех воевод, кроме овладения особой Мухаммеда, возлагалась еще задача привести в покорность неприятельские области вдоль пути своего следования и, разумеется, внести расстройство в формирование противником новых армий“.