Он родился в семье крестьянина в небольшом селении Новгородской епархии. В 1505 году принял постриг в обители преподобного Саввы Крыпецкого, близ Пскова, и стал его учеником. Через десять лет подвигов в общежительном монастыре он удалился на реку Серемлю, недалеко от Осташкова, тринадцать лет проводил строгую аскетическую жизнь в непрерывной брани с бесовскими кознями, которые выражались в явлениях призраков – гадов и диких зверей. Многие жители из окрестных мест стали приходить к преподобному за наставлениями, он стал этим тяготиться и молил Бога указать ему место для подвига безмолвия. Однажды после долгой молитвы он услышал голос: «Нил! Иди на озеро Селигер. Там на острове Столобенском ты можешь спастись!» От приходивших к нему людей преподобный узнал, где находится озеро, и, придя туда, был поражен его красотой: в середине озера – покрытый густым лесом остров. Там святой нашел небольшую гору и выкопал пещеру, а спустя некоторое время построил хижину, в которой и прожил 26 лет.