Вставляю в USB на ПК токен с ЭЦП выданной в налоговой.
Открываю через меню "Пуск" в программах "Инструменты КриптоПро". Как установить КриптоПро CSP написал здесь:
Вкладка "Контейнеры" выбрать нужный и нажать "Установить сертификат". После установки будет сообщение "Сертификат был успешно установлен".
Перехожу во вкладку "Сертификаты" и вижу свой в пункте "Личные".