Действие романа разворачивается в двух временных пластах: в Москве 1930-х годов и в древнем Ершалаиме (Иерусалиме) в день казни Иешуа Га-Ноцри.
Часть первая. Москва.
Весенним днем на Патриарших прудах председатель правления МАССОЛИТа (литературного объединения) Михаил Берлиоз и поэт Иван Бездомный спорят о существовании Бога. К ним подходит незнакомец, похожий на иностранца, который представляется профессором черной магии Воландом. Он предсказывает Берлиозу скорую и нелепую смерть (тому отрежет голову турок-трамвайщица) и начинает рассказ о Понтии Пилате. Берлиоз, не веря ему, спешит позвонить, но поскальзывается на разлитом масле и попадает под трамвай. Его голова исчезает.
Потрясенный Иван Бездомный пытается преследовать свиту Воланда (которая уже включает в себя жутковатого проверка-переводчика Коровьева, говорящего кота Бегемота, Азазелло и ведьму Геллу), но безуспешно. Он является в ресторан МАССОЛИТа, ведет себя неадекватно, пытаясь рассказать о дьяволе, и его увозят в клинику профессора Стравинского, где он знакомится с главным героем — Мастером.
Мастер, историк, выигравший крупную сумму в лотерею, бросил работу и написал гениальный роман о Понтии Пилате. Однако роман был разгромлен критиками, и Мастер, сломленный травлей, сжег свою рукопись и сам попал в ту же психиатрическую клинику. Он рассказывает Ивану, что его спасла и вдохновила прекрасная Маргарита, которую он называет по имени.
Тем временем Воланд и его свита поселяются в квартире покойного Берлиоза (№50) и устраивают в Москве серию скандальных и мистических представлений. Они разоблачают жадность, лицемерие, бюрократизм и другие пороки москвичей. Сеанс черной магии в Варьете заканчивается денежным дождем, раздачей парижских нарядов и последующим разоблачением всей этой «иллюзии». Директор театра Варенуха превращается в вампира, а буфетчик Соков обнаруживает у себя червонцы, превратившиеся в этикетки от нарзана. Начинается следствие по делу о «гипнотизере» и его банде.
Часть вторая. Маргарита.
Маргарита, жена богатого, но нелюбимого специалиста, тоскует по пропавшему Мастеру. К ней является Азазелло и передает приглашение Воланда стать хозяйкой на его ежегодном балу сатаны (Великом балу у Сатаны), пообещав взамен встречу с возлюбленным. Маргарита соглашается. Ночью она натирается волшебным кремом, превращается в ведьму и летит на метле над Москвой, круша кабинет критика Латунского, погубившего Мастера. Затем она прибывает на бал, где принимает тысячи грешников, среди которых отравители, развратники и убийцы. Ее верность и страдание впечатляют Воланда.
В награду он исполняет ее желание и возвращает Мастера. Мастер получает назад свою сожженную рукопись («рукописи не горят») и воссоединяется с Маргаритой. Воланд также показывает им завершение истории Понтия Пилата.
Ершалаимские главы.
Прокуратор Иудеи Понтий Пилат допрашивает арестованного бродячего философа Иешуа Га-Ноцри, который проповедует, что все люди добрые и что рухнет храм старой веры и настанет царство истины. Пилат, внутренне соглашаясь с ним, но боясь политических последствий, утверждает смертный приговор. Он пытается спасти Иешуа, уговорив первосвященника Каифу помиловать его в честь праздника, но тот выбирает для помилования разбойника Вар-раввана. Пилат мстит, приказав тайно убить Иуду из Кириафа, предавшего Иешуа за деньги. Но его самого мучает совесть и сны о лунной дороге, по которой он хотел бы пойти с арестантом и спорить о философии.
Развязка.
Воланд и его свита, завершив свои дела в Москве, покидают город, учинив последний хаос. Мастер и Маргарита, по воле Воланда, обретают вечный покой в «последнем приюте», который для них — тихий дом с вином и свечой. Иван Бездомный, ставший скромным профессором истории Поныревым, каждую весну в полнолуние видит сны о Пилате. В финале он видит, как Мастер и Маргарита улетают с Воландом и его свитой, а Понтий Пилат, наконец, прощенный, идет по лунной дороге навстречу Иешуа, чтобы закончить их давний разговор.
Основные темы: Вечная борьба добра и зла, трусость как главный порок, искупительная сила любви и творчества, ответственность человека за свои поступки, неизбежность возмездия и милосердия.