Схиархимандрит Иоанникий, в миру Иоанн Гомолко, родился в семье офицера в 1842 году. После окончания уездного Гомельского училища в 23 года пришел в Глинскую пустынь. В то время в обители находились такие старцы как схиархимандрит Илиодор, настоятель обители архимандрит Иннокентий, монах Досифей, которому являлась Божия Матерь, иеромонах Архипп и другие. Отсекая во всем свою волю, он предал себя в полное послушание старцам. Молодой подвижник очищал сердце ежедневным исповеданием всех своих помыслов и поступков, учился смирению, читал творения святых отцов. Впоследствии отец Иоанникий говорил: "Если ум не обуздывает чувств, то глаза всюду разбегаются от любопытства, уши любят слушать суетное, уста становятся неудержимыми".
Через 9 лет после поступления Иоанна в монастырь, в 1874 году игумен Иннокентий (Степанов) постриг его в монашество с именем Исаия; а через 6 лет он был рукоположен в иеродиакона, и затем через 4 года – в иеромонаха. Видя духовную опытность отца Исаия, настоятель назначил его письмоводителем и поверенным по делам монастыря. В этой должности он отвечал не только на официальные бумаги относительно дел Глинской пустыни, но и на многочисленные письма богомольцев, обращавшихся за советом, духовным наставлением, просивших помощи и поддержки в своем горе. Ответы его, наполненные благодатью Святого Духа, всегда были душеспасительными. Отец Исаия грамотно и успешно вел монастырские дела без ущерба для монашеского подвига. Он стал "правой рукой" настоятеля архимандрита Иннокентия и находился под непосредственным его духовным руководством. Святитель Феофан Затворник, с которым отец Исаия вел переписку, называл его "старцем многоопытной мудрости".
В 1888 году умирает настоятель архимандрит Иннокентий. В то время выборы настоятеля Глинской пустыни осуществлялись из числа братии обители, и большинством голосов монашествующих отец Исаия был избран на эту должность и возведен в сан игумена, ему было 46 лет. Управлял обителью отец Исаия почти четверть века – 24 года, с 1888 по 1912 годы.
Под руководством отца Исаии была перестроена и расширена церковь во имя Успения Пресвятой Богородицы, воздвигнут Дальний скит на месте подвигов преподобного Илиодора, там были построены деревянная церковь во имя Нерукотворного Спаса с колокольней и кельями, домовая церковь. Кроме того были построены домовые церкви при Сеймских мельницах, при больнице и на хуторе в 3-х км от обители. Был выстроен также каменный корпус для братии и два деревянных корпуса для приема богомольцев. Обновлены иконы и вся утварь в храме святых Богоотец Иоакима и Анны, благоустроенна больница Глинской пустыни, которая в годы его настоятельства стала лучшей в епархии. Здание больницы было устроено по коридорной системе, со всеми необходимыми приспособлениями для вентиляции, дезинфекции и отопления. В особой комнате находилась аптека с запасом медикаментов, хирургических инструментов, имелись также сушильня трав, ванна. Ежегодно в больнице пользовались медицинской помощью около 8–9 тысяч человек из братии и богомольцев.
Игумен открыл при обители Дом трудолюбия для обучения грамоте и ремеслам крестьянских детей-сирот. Сначала этот дом был рассчитан на 15–20 мальчиков, но позднее в нем обучалось под руководством монашествующих до 187 мальчиков. Цель создания Дома трудолюбия по замыслу настоятеля состояла в том, чтобы приютить сирот, дать им образование и возможность самостоятельно зарабатывать на жизнь, если они не останутся в обители. На содержание Дома трудолюбия пустынь ежегодно выделяла около 4000 руб.
Отец Исаия ввел в Глинской пустыни много новых послушаний. Для их исполнения монахами в обители были организованы мастерские живописцев, позолотчиков, ковёрщиков, ложечников, резчиков по дереву, переплетчиков, токарей, корзинщиков и другие. При нем в пустыни процветали садоводство, огородничество, пчеловодство и рыбоводство. Эти послушания, с одной стороны, давали средства на содержание обители, а с другой – предоставляли возможность послушникам закалить себя в труде, научиться терпению. Вместе с тем отец Исаия заботился об облегчении труда иноков. Например, мойка белья была устроена в отдельном корпусе со всеми новейшими для того времени приспособлениями.
Из уважения к подвижнической жизни настоятеля Глинской пустыни и ее иноков возросло число благотворителей монастыря. За годы настоятельства отца Исаии обители было пожертвовано более 220 гектар пахотной и сенокосной земли, 257 гектар леса, 23 гектара полевой земли. При игумене Исаии монастырское землевладение Глинской пустыни стало самым большим в Курской епархии.
С ростом благосостояния Глинской пустыни возросла и ее благотворительность. В годы настоятельства отца Исаии Глинская пустынь ежегодно принимала около 50 тысяч богомольцев, которые размещались в монастырской странноприимнице, на содержание которой обитель выделяла около 6000 рублей, бесплатно пользовались жильем, монастырской трапезой, лекарствами, одеждой, обувью, а иногда получали и денежную помощь. При наибольшем стечении богомольцев одного хлеба выдавали около 100 пудов (1пуд- 16,38кг). В случае нужды жители окрестных деревень пользовались безвозмездно хлебом, деньгами, а в случае бедствия (пожара, голода, падежа скота) всегда получали от пустыни пособие. Например, местные жители пользовались топливом из поломанных деревьев в монастырском лесу, и получали лес на постройку жилищ.
Но не только благотворительностью славилась при отце Исаии Глинская пустынь.Он организовал издательскую деятельность пустыни. Заботясь о просвещении народа, отец Исаия организовал издание религиозно-нравственных книг и листков. Они содержали выдержки из творений святых отцов, проповеднических трудов учителей Святой Православной Церкви, житий великих подвижников Божиих. Они бесплатно раздавались в благословение богомольцам. Пустынь одновременно издавала книги и о самой обители, ее истории, уставе, отличительных особенностях богослужений, скитах, о явлении Чудотворной Глинской иконы и о чудесах, от нее происшедших. Эти книги пользовались большой популярностью и неоднократно переиздавались. Обитель поставила также своей задачей издание жизнеописаний замечательных подвижников Глинской пустыни. При отце Исаии было издано 15 таких жизнеописаний.
В России в XIX веке в среде немецких колонистов, а также части населения южнорусских губерний получило распространение христианское движение протестантской направленности. При современном религиозном невежестве деревенского люда сектантам легко удавалось посеять первые семена религиозного сомнения, поселить неудовольствие настоящим строем церковной жизни, подорвать авторитет и доверие к действующему духовенству. Этого для начала вполне достаточно. Благодаря трудам отца Исаии Глинская пустынь стала инициатором миссионерской деятельности в Курской епархии. В 1908 г. в целях борьбы с сектантскими лжеучениями, появившимися в епархии, в Глинской пустыни был открыт миссионерский кружок во имя святого апостола Иоанна Богослова. В обязанности членов кружка входило ежедневное чтение поучений в храмах, а также среди народа в гостиницах, столовых, на монастырских дворах. Эта деятельность велась под непосредственным руководством и наблюдением отца Исаии.
Основной заботой настоятеля было созидание правильной духовной жизни братии. Отец Исаия выделял такие средства борьбы с греховными помыслами, как, например, быть особенно внимательными во время бесед. Сдержанность в разговоре и бдительное отношение к высказываемым словам являются необходимым условием для успешной борьбы со смущающими помыслами, потому что высказанные неуместные и часто худые слова ослабляют собранность ума. Поэтому для стяжания добродетели внимания отец Исаия особенно призывал братию хранить везде молчание и побуждал их к строгому воздержанию в пище. Так, например, он ограничивал братию в белом хлебе и квасе.
Так же отец Исаия указывал на необходимость хранить память, которая по нашей невнимательности через воспоминания способствует возникновению греховных помыслов.
Совершая молитву, осенять себя крестным знамением, и это одно из действенных средств борьбы при волнении страстей и появлении греховных помыслов. Преподобный Симеон Новый Богослов говорил: "Крест дает душе крепость, силу, смысл и божественную мудрость". Бороться с греховными помыслами помогает Слово Божие, если внимательно читать и изучать Божественное Писание. Необходимым средством борьбы с греховными помыслами мудрый настоятель считал также покаяние и исповедание помыслов духовнику. Но особенно сильным и спасительным средством искоренения греховных помыслов служит, по учению святых отцов, причащение Святых Христовых Таинств.
Настоятель ревностно следил за всем в монастыре и не оставлял без внимания ни малейшей погрешности братии, так как знал, что без контроля как внутреннего, так и внешнего трудно человеку спастись. Если кто не достоял Божественной службы, или недобросовестно что сделал, или разбил, или оскорбил чем-то брата, или сказал лишнее слово, или засмеялся, или не кротко и не смиренно ходил, или не слушал за трапезой душеполезного чтения, или возроптал по поводу пищи, или смотрел с любопытством по сторонам – за все это и за другие еще и меньшие провинности должен был дать ответ настоятелю. Исправление малейших погрешностей иноков требовали от отца Исаии много сил, и за все это он был назван "строгим ревнителем правил церковных и жизни иноческой". Некоторые из братии даже роптали на него за строгость. Впоследствии и недовольные были ему благодарны.
Настоятель сам прошел строгую школу полного послушания старцам и знал, что невозможно иноку трезвиться без частого откровения помыслов, поэтому при нем старчество особенно процветало в обители. Отец Исаия посетил Иерусалим и Афон, где "почерпнул много преданий старчества от уважаемых старцев Востока". Если до настоятельства отца Исаии в Глинской пустыни иноки могли ходить на откровение помыслов к любому старцу или братскому духовнику, то отец Исаия ввел более строгий порядок. При поступлении в обитель каждому назначался старец (по своему желанию нельзя было избрать), которому ежедневно следовало открывать свои мысли и поступки, и без благословения его ничего нельзя было предпринимать. Именно это делание возводило Глинских подвижников на высоту духовного совершенства, сохраняя преемственность древних иноческих традиций.
Отец Исаия установил совершать в Глинской пустыни перед ранней обедней кроме положенных по уставу соборных акафистов (в воскресенье – Спасителю, в субботу – Богородице), также и другие соборные акафисты: во вторник – великомученице Варваре, в четверг – Святителю Николаю.
Слава о строгости и духовной высоте жизни Глинских иноков, о богомудром настоятеле отце Исаии привлекала многих желающих поступить в святую обитель. Принимал их отец Исаия с большой осмотрительностью, предупреждая, что живут они бедно и послушания у них тяжелые. Однако только за первые 5 лет его управления численность братии возросла вдвое, а к концу его настоятельства – почти втрое, в 1909 г. в обители было 598 человек. Стремились в Глинскую пустынь не только новоначальные, но и опытные в духовной жизни подвижники.
За свою плодотворную и многотрудную деятельность игумен Исаия был удостоен многих наград. В 1892 г. Святейший Синод наградил его наперсным крестом, в 1896 году – серебряной медалью в память императора Александра III для ношения на груди на Александровской ленте, в 1900 г. - орденом Святой Анны 3-й степени, в 1903 г. возведен в сан архимандрита, а в 1906 г. - орденом Святой Анны 2-й степени.
Сам же старец проводил жизнь скромную, смиренную, желая не человеческой славы, а только угождения Господу и единения с Ним. Постоянная бдительность над собой, непрестанная молитва привели его к подлинному безмолвию и бесстрастию, он как высшего подвига ради любви к Христу желал схимы, которую удостоился принять в 1906 году с именем Иоанникий . С этого времени старец усилил свои подвиги, ночи проводил в бодрствовании, ограждая обитель своими святыми молитвами. Жизнь его поистине стала отшельнической, хотя он и оставался настоятелем большого монастыря.
В последние годы своего настоятельства схиархимандрит Иоанникий служил редко, но служение его имело особую благодатную силу. Нельзя было без глубокого умиления присутствовать при совершаемой им литургии. Дух молитвы, почивающий на нем, казалось, переливался в сердца предстоящих и все получали великую духовную пользу и особое утешение, когда молились вместе с ним. Имея дар плача, старец всегда служил со слезами.
Видя, сколь великую пользу получает обитель от богомудрого старца, враг усилил борьбу против него. О внутренней брани схиархимандрита Иоанникия можно только догадываться, по своему смирению он никому этого не открывал, но враг, потерпев здесь поражение, воздвиг на него внешнее гонение.
По вражескому внушению на старца восстал отставной генерал Павел Митропольский, который арендовал у Глинской пустыни дом. Генерал настроил против схиархимандрита Иоанникия небольшую кучку братии и 1909–1910 гг. написал в Святейший Синод 6 обвинительных заявлений, порочащих настоятеля. Основные обвинения состояли в том, что схиархимандрит Иоанникий слишком строго относится к братии, трапеза в обители постническая, послушания трудные. На эти обвинения можно было бы ответить, что поступающие в обитель сами должны были видеть, на какую строго-подвижническую жизнь они идут и быть готовыми к лишениям телесным ради духовного совершенства. Но они еще оклеветали настоятеля в якобы разорительном для монастыря ведении хозяйства.
Правящий в то время архиерей, архиепископ Курский Стефан отличался очень тяжелым характером, и не зная лично Иоанникия, принял по этому вопросу скоропалительное и несправедливое решение. Он поверил в клевету о неумелом ведении игуменом хозяйства, хотя процветание пустыни в тот момент свидетельствовало об обратном; и в марте 1912 г. подвижник был уволен от управления. Безусловно, Богу было угодно, чтобы старец в довершение всех своих подвигов претерпел еще и неправедное гонение. Когда архимандрит Иоанникий уходил из обители, вокруг Глинской пустыни был сильный весенний разлив рек, вода поднялась высоко, а старец вышел из монастыря, перекрестил воду и на глазах у всех пошел по ней, как посуху, повторив чудо, совершенное некогда преподобным Иоанникием Великим (VIII век). Так Господь прославил Своего угодника и всем открыл святость его жизни и несправедливость возведенных на него обвинений.
Перед канонизацией святого в XXІ веке удалось найти бабушку, предки которой и приютили изгнанного Глинского батюшку. Ее родственники рассказывали, что к ним по воде пришел монах. По его молитвам весь род приютивших его имел от Бога благословение, все были здоровы, имели крепкие семьи, никто не был раскулачен и в войну не погиб, а во время голода всегда была еда.
В их доме он вел жизнь затворника; после кончины в 1912 году старец был погребен на братском кладбище пустыни.
Гонители старца были наказаны: в 1914 году неожиданно и скоропостижно скончался от болезненной раны на ноге архиепископ Курский и Обоянский Стефан (Архангельский) и самоубийством окончил жизнь епископ Белгородский, викарий Курской епархии Иоанникий (Ефремов). О судьбе генерала Павла Митропольского сведений не сохранилось.
Память преподобного Иоанникия совершается в день общего празднования Глинских святых 9/22 сентября.