ГЭС начала работу в октябре 2012 года, а запланированной производительности достигла после заполнения водохранилища до нужной отметки летом 2015 года. Отметка в 185 миллиардов кВт.ч была превышена в середине мая, а 190 миллиардов – в августе 2025 года. Наиболее продуктивным для станции стал 2024 год, когда потребителям было поставлено свыше 20 миллиардов 368 миллионов кВт.ч экологически чистой электроэнергии.
Енисейское бассейновое водное управление (ЕнБВУ) определило для Богучанской ГЭС режим работы с расходами в диапазоне 2900-3300 кубометров в секунду на период с 6 по 31 декабря 2025 года. До 5 декабря действовал режим 2900-3200 кубометров в секунду, фактические расходы в ноябре немного превысили 2990 кубометров. В рамках этого режима станция выработала 1 миллиард 365 миллионов кВт.ч за месяц, а общий объем выработки с начала года составил более 15 миллиардов 801,5 миллионов кВт.ч.
В ноябре министерство энергетики России выдало гидроэлектростанции документ о готовности к пре