Как уже говорилось, в конце 2005 года правительство РС(Я) и федеральные ведомства принципиально договорились об основных мероприятиях по выполнению поручения президента РФ Владимира Путина об увеличении федеральной доли в уставном капитале АЛРОСА: доля РС(Я) и улусов алмазной провинции должна быть сохранена на уровне 40%; РФ получит 50% плюс 1 акция; все выпадающие доходы РС(Я) в связи с реализацией данных планов должны быть полностью возмещены из федерального бюджета. Для этого в 2006 году был организован выкуп у миноритарных акционеров акций компании по цене 338 тыс. руб. за одну штуку в интересах основных акционеров через «Внешторгбанк» (ВТБ) и «МАКбанк». К этому времени примерно 8% акции уже были незаконно скуплены различными коммерческими структурами; 2% были приобретены «МАКбанком» и НПФ «Алмазная осень», а около 3,5% было сосредоточено у менеджмента компании. Для законной организации скупки акций банк ВТБ стал акционером компании. Для этого банку была подарена одна акция. Всего тогда было выкуплено 10,5175% акций АЛРОСА.
Одновременно для оплаты предстоящей дополнительной эмиссии акций компании, была проведена переоценка имущества бывшего ПНО «Якуталмаз» в количестве 13 тыс. объектов, которое АЛРОСА по-прежнему арендовала у правительства РС(Я) за 10 млрд руб. в год. Оно было оценено в 69 млрд 688 млн руб. и разделено на республиканскую и федеральную часть. Это было в шесть раз больше остаточной стоимости имущества ПНО «Якуталмаз», оцененного в ноябре 2005 году в 11 млрд 620 млн руб. Завышенная переоценка данного имущества нужна была российскому правительству, чтобы не тратить дополнительных средств при доведении своего пакета акции в АЛРОСА до 51%, а якутскому правительству, чтобы сохранить свою долю в 40% в акционерном капитале компании.
20 декабря 2006 года Высшим арбитражным судом РФ было утверждено мировое соглашение по условиям регулирования имущественного спора по иску Российской Федерации к Республике Саха (Якутия) с требованием о признании права собственности на имущественный комплекс ПНО «Якуталмаз». По условиям соглашения устанавливалась общая долевая собственность на имущественный комплекс, который в дальнейшем мог использоваться акционерами в качестве оплаты дополнительной эмиссии акции компании.
В конце 2007 года внеочередным собранием акционеров было принято решение увеличить уставной капитал компании на сумму 982 млн руб. путем размещения дополнительных именных акций посредством закрытой подписки среди Российской Федерации, Республики Саха (Якутия) и восьми муниципальных образовании «алмазной провинции». В результате доля России в уставном капитале АЛРОСА увеличилась до 50% плюс одна акция, при сохранении Якутией прежних 32% и долей муниципальных образований в размере 8%. После этого АЛРОСА стала собственником ранее арендованного имущества как юридическое лицо.
В 2008 году уставной капитал АЛРОСА составлял всего 3 682 млн руб. при общей стоимости активов 285 615 млн руб. и основных средств на 127 067 млн руб. Для сравнения – уставной капитал сравнительно меньших акционерных обществ на конец 2010 года был у АК «Сахатранснефтегаз» - 11 064 млн руб., у АК «Якутскэнерго» - 9 296 млн руб. Таким образом, в то время уставной капитал алмазной компании был значительно занижен. Реальную капитализацию АЛРОСА и рыночную стоимость ее акций стало возможным определить только после того, как компания стала открытой, и ее акции стали продаваться на фондовой бирже.