Долог и труден был путь будущего подвижника, который родился в семье сельского священника села Староселье Черкасского уезда Киевской губернии в 1795 году. В миру он имел имя Иоанн Голованицкий. Одиннадцатилетним отроком он шесть с половиной лет обучался в Киево-Могилянской академии (до реформы 1819 года она совмещала в себе и высшие и низшие училищные классы). В возрасте 18 лет он поступил на службу в канцелярию при войске Нижегородского ополчения, отправленного в поход против отступающей армии Наполеона. Через два года вышел в отставку, после которой поступил в Киево-Печерскую Лавру, где нес послушание в ключне, а через некоторое время – келейником наместника Антония (будущего митрополита Воронежского). Позже перешел в Софрониеву пустынь, где нес послушание в трапезе и на клиросе, а оттуда в 1818 году в Глинскую пустынь, под начало преподобного Филарета (Данилевского), который за год до этого был вызван на должность настоятеля из Софрониевой пустыни.
В Глинской пустыни настоятель Филарет принял Иоанна с радостью и назначил ему послушание в хлебопекарне и петь на клиросе. Через два года послушник Иоанн был пострижен в рясофор настоятелем Филаретом и получил имя Иоиль.
Инок Иоиль любил посещать Площанскую пустынь, где проживал старец схимонах Афанисий, ученик Паисия Величковского. Под руководством у него был тогда иеромонах Макарий, впоследствии скитоначальник Оптинской пустыни. Вот этих духовных старцев и любил посещать инок Иоиль. В одно из таких посещений он дважды подвергся нападению грабителей, однако в решающий момент мимо проходили солдаты, и это спасло инока. После выяснилось, что никто не видел в данное время солдат на соответствующем участке дороги: подвижника защитили ангелы.
Когда инок Иоиль представлен был к постригу в мантию, то в консистории возникло недоумение относительно столь ранней отставке его от военной службы. Началось разбирательство по этому делу, и иноку Иоилю пришлось ехать в Санкт- Петербург для дачи разъяснений. По дороге с ним случилось одно таинственное происшествие. В дороге, видя, что переправа по льду на одной из рек прекращена, он заночевал у берега на постоялом дворе, но был разбужен неким странником, который перевел его через русло по воображаемой насыпи, а затем стал невидим.
По окончании дела в Санкт-Петербурге Иоиль, получил паспорт и благополучно возвратился в Глинскую пустынь. С этого времени начинается для инока Иоиля ряд искушений, который попустил Господь, чтобы еще более очистить этот благодатный сосуд.
В 1823 году в день памяти сорока мучеников севастийских Иоиль был пострижен в мантию настоятелем Филаретом с именем Иоанникий. Когда, согласно уставу, он несколько дней после пострига оставался в храме, ему явился Ангел Господень и пробудил от дремоты словами: "Иоанникий, бодрствуй! Ты – монах и потому непрестанно должен бодрствовать!"
По мере его усовершенствования в духовной жизни, усиливались искушения. Со временем дьявол воздвиг на подвижника сугубую брань: монаха Иоанникия оклеветали перед настоятелем Филаретом в том, что он будто бы подстрекал некоторых из братии к нарушению монастырского порядка, и он был изгнан из пустыни. Гонимый монах отправился на север в Соловецкую обитель, но в пути испытал сильное бесовское страхование и решил вернуться, готовый даже умереть под стенами обители. По ходатайству старшей братии и по его усердным молитвам к Божией Матери игумен позволил монаху Иоанникию жить в монастыре, но на два месяца определил его на кухню к старцу Феодоту, неповинно неся епитимию.
Иоанникий с радостью согласился на это. Старец Феодот для Иоанникия служил истинным утешением во время испытания. Он утешал его, предсказывая ему перемену его горькой участи на лучшую. Так, однажды они носили воду. Феодот, между прочим, обратясь к Иоанникию, как бы шутя, сказал: "Вот видишь, Иоанникий, теперь носишь воду ушатом, а будет время, когда будешь золотую шапку носить". В то время Иоанникий не придал особенного значения этим словам Феодота, но впоследствии он увидел в них предсказание о своей судьбе, когда возведен был в сан архимандрита. Два месяца монах Иоанникий пробыл на кухне. После этого отец Иоанникий, не участвовал в телесных трудах совместно со старцем Феодотом, но сохранял крепкий духовный союз.
Убедившись в невинности инока, настоятель в 1824 году благословил его рукоположение в иеродиакона. В момент рукоположения монах Иоанникий удостоился особой благодати Божий, которую он ощутил, что через голову в его сердце полилась какая-то сладостная теплота и разлилась по всему телу, так что он даже изменился в лице. Кроме того, он сподобился созерцать чудное видение, открывшееся его умственным очам. Он побывал в пречудном нерукотворном храме, где на горнем месте восседал Господь.
Господь неоднократно укреплял подвижника благодатными видениями, но приходили новые испытания, которые возводили его на более высокие духовные ступени. Избегая участия в интриге, которую в 1826 году попытался затеять среди братии некий новоприбывший послушник, отец Иоанникий перешел в Рыхловский монастырь. Три года он с пользой для обители нес послушание казначея, но затем оказался в опале у Анастасия - настоятеля монастыря. Тяжелое положение отца Иоанникия усугубило происшествие, о котором он поведал следующее: "Однажды вхожу я в святой алтарь и вижу, что на святом жертвеннике сидит толстый помещик, которому монастырский ризничий показывает различные священные вещи.… Думая себе: если сказать ему, что следует, то от него и не отвяжешься. Оставить же его попирать святое место, было невыносимо.… Стал я перед святым престолом и помолился мысленно: "Господи, помоги!.. Аще угодно Тебе попустить, чтобы я пострадал, да будет воля Твоя!.." Затем, подойдя к жертвеннику, я заложил локоть правой руки за спину сидящего и сбросил его".
Настоятель Анастасий, сбившись с пути иноческой нравственности, доносами продолжал выживать отца Иоанникия из монастыря. В 1829 году настоятель добился его перевода в Домницкий монастырь под строгий надзор с запрещением в священнослужении. По одним голословным доносам, без всякого следствия, неповинно осужден был страдать на месте своего изгнания. "Я тогда плакал и плакал, как изгнанный из рая; от многих слез едва не лишился зрения", - рассказывал он после. Занимая письмоводительское послушание, он не раз бывал по делам обители в Чернигове и просил архиерея отпустить его на Афон или Соловки, но сталкивался с предубеждением против себя: "Отпусти тебя на север, а ты поедешь в Петербург да вздумаешь оправдываться.… Пожалуй, и мне могут выйти неприятности. Нет! Не выпущу тебя, пока не наденут на тебя красной шапки" (т.е. лишат монашеского звания и отправят в солдаты).
Продолжительное время, Божиим попущением, пришлось отцу Иоанникию проходить горнило горьких испытаний. Всегда, при воспоминаниях того времени, он благодарил Бога, подавшего ему помощь перенести эти тяжести. До самой смерти он был сострадательным и соболезнующим ко всем гонимым и оскорбляемым.
В 1831 году назначили другого архиерея: при последнем свидании прежний владыка неожиданно попросил у отца Иоанникия прощения, а новый рукоположил его в иеромонахи и в 1832 года назначил настоятелем Рыхловского монастыря, ему было 36 лет, а бывшего настоятеля Анастасия переместил в Домницкий монастырь в число братства. Приняв в управление обитель, отец Иоанникий все свои заботы направил к тому, чтобы водворить в обители спокойствие и восстановить в ней надлежащий порядок. Это стоило немалых трудов. При прежнем настоятеле Анастасии лучшие монахи оставили монастырь. Но услышав о смене Анастасия, многие вернулись, так что скоро составилось благонадежное общество братии. В 1835 году отец Иоанникий был возведен в сан игумена.
Своей открытой сердечной любвеобильной простотой в обращении игумен Иоанникий привязал к себе братию так, что они обращались к нему с таким доверием, с каким обращаются дети к нежной матери, и от любви к нему готовы были исполнять все его пожелания. После восьмилетнего управления Рыхловским монастырем, в 1840 году указом Святейшего Синода он был переведен на должность настоятеля в Глуховский Петро-Павловский монастырь, с возведением в сан архимандрита. В этом монастыре в свое время был настоятелем святитель Димитрий Ростовский и там составлял Четьи-Минеи (Жития святых).
В 1841 году в Светлый понедельник скончался настоятель Глинской пустыни, игумен Филарет (Данилевский). Архимандрит Иоанникий счел для себя долгом молитвенно участвовать при погребении своего первого наставника в иноческой жизни. Он отправляется в Глинскую пустынь, несмотря на весенний разлив воды. В одном месте разбушевавшийся поток угрожал опасностью. Иоанникий, верой в молитвенную помощь усопшего отца Филарета и оградив себя крестным знамением, приказал кучеру ехать безбоязненно через опасный поток. Переправа совершилась благополучно, и он прибыл в Глинскую пустынь вовремя.
Архимандрита Иоанникия не покидало намерение оставить настоятельскую должность и предаться уединению. Для этого в 1845 году, в 50 лет он подал прошение об увольнении его от должности настоятеля с перемещением на покой, только в избрании места колебался. Глинская пустынь привлекала его, как место первоначальных его иноческих подвигов. Рыхловский монастырь, где он был настоятелем, привлекал воспоминаниям. Петропавловский монастырь был подходящим местом для уединенной жизни. Архимандрит Иоанникий обратился с усердной молитвой к Господу, чтобы Он указал ему место для поселения. И в сновидении он увидел себя стоящим среди поля. Перед ним лежали 3 дороги: первая дорога на Рыльский монастырь – местность ровная, красивая, очень привлекательная. Вторая дорога на Петропавловский монастырь – с возвышенностями, промоинами и прочими неудобствами. Третья дорога на Глинскую пустынь – узкая, овражистая, с рытвинами, колючими терновыми кустарниками. Проснувшись, архимандрит Иоанникий понял, что первая дорога показывала отрадную и почетную жизнь, а третья знаменовала скорбный путь. Архимандрит Иоанникий остановился на Евангельском изречении: "Но тесны ворота и узок путь, ведущие к жизни, и лишь немногие находят их" (Мф.7:14). И он поселился в Глинской пустыни.
В 1850-1851 годах он совершил паломничество в Палестину и на Афон. Многие иноки-святогорцы, видя духовную опытность отца Иоанникия, упрашивали его остаться и руководить ими. По дороге в Палестину они чудесным образом оказались у места погребения святителя Николая. Несмотря на желания капитана корабля (грека) миновать Мирликийский берег, сильный ветер с моря понес корабль к нему. С радость и благодарением архимандрит Иоанникий, придя к гробу святителя Николая, возложил на себя епитрахиль и начал молебен и благоговейно положил земной поклон. В это время лампада, висевшая на высоте, недосягаемая рукой человека, вылилась на него сама собой и потом опять стала в обычное свое положение, нисколько не качаясь. Это чудесное обстоятельство привело всех в удивление.
В 1858 году, в 63года архимандрит Иоанникий был облечен в святую схиму с наречением имени Илиодор. Через 5 лет он уединился в пустынной келье, построенной им в трех километрах к востоку от монастыря, (впоследствии на этом месте был учрежден Дальний скит). С переселением в пустынную келью, старец Илиодор усугубил свои подвиги, и образ его жизни сделался суровее: молитва, воздержание и умерщвление своего тела были непрерывными его подвигами.
Обретя дары прозорливости и рассуждения, старец Илиодор стал опытнейшим духовным руководителем многих Глинских старцев. Его наставления по смыслу, а иногда почти дословно совпадают с учением Оптинских старцев – преподобных Амвросия, Моисея, Антония. Сам факт, что дошедшие до нас письма преподобного Илиодора были собраны в библиотеке Оптинского скита, говорит о многом.
Старец Илиодор последний год жизни от истощения сил почти постоянно лежал. Осенью 1874 года его перевезли в монастырь.
В час пополуночи, с 27 на 28июня/11 июля н.ст. 1879 года, на 84 году своей многострадальной жизни схиархимандрит Илиодор представился, и это было переселение в иной мир. Блаженную кончину старца братии возвестил звук большого колокола. В Глинской пустыне существовал такой порядок. Лишь кто из братии скончался, сейчас дают знать настоятелю, а он приказывает ударить 3 раза в большой колокол. Братия, услышав этот звук, кто, чем и был занят, оставляют дело и, став перед иконой, полагают 12 поклонов об упокоении души вновь преставившегося.
Память преподобного Илиодора совершается в день общего празднования Глинских святых 9/22 сентября.