Не зная точно, что случилось с генералом Качаловым, Ставка Верховного Главного Командования на основании ложного доклада Л. З. Мехлиса И. В. Сталину в Приказе №270 от 16 августа 1941 года объявила его дезертиром и предателем.
Командующий 28-й армией генерал-лейтенант Качалов оказался в окружении вместе со штабом группы войск. Вместо того чтобы сражаться до конца, он предпочёл сдаться в плен к немцам. Штаб группы и некоторые части смогли вырваться из окружения, но генерал предпочёл дезертировать.
29 сентября 1941 года Военная коллегия Верховного Суда СССР заочно приговорила Качалова к смертной казни по статье 58-1, п. б УК РСФСР.
Члены его семьи тоже пострадали. 20 августа 1941 года Елену Николаевну Ханчин-Качалову и её мать Елену Ивановну Ханчин арестовали в эвакуации в Свердловске. Они получили по восемь лет лагерей. Елена Ивановна умерла в 1944 году, а Елена Николаевна отбыла срок полностью. С 1949 года она жила в Малоярославце Калужской области.
С 1950 года она пыталась восстановить честное имя мужа. Она обращалась в Главную военную прокуратуру и к высшим руководителям страны, включая Г. М. Маленкова и И. В. Сталина. После многочисленных отказов ей удалось добиться повторной проверки обстоятельств гибели Качалова. В 1951 году МГБ СССР доложило в ЦК ВКП(б), что нет доказательств его измены Родине, а также нет точных данных о его судьбе.
В 1952-1953 годах провели расследование обстоятельств боя 4 августа 1941 года у деревни Старинки Смоленской области. Нашли свидетелей похорон, на которых немецкие офицеры сказали, что среди захороненных — убитый в бою русский генерал Качалов. 6 ноября 1952 года эксгумация подтвердила, что это он.
Однако до смерти И. В. Сталина результаты расследования не докладывались. 6 августа 1952 года Елену Николаевну снова арестовали по обвинению в «антисоветской агитации».
Только 23 декабря 1953 года Военная коллегия Верховного Суда СССР отменила приговор 1941 года и реабилитировала Качалова.
29 декабря 1953 года ЦК КПСС посмертно восстановил Качалова в партии. 13 февраля 1954 года Министр обороны СССР изменил формулировку его выбытия из РККА на «погиб в бою во время Великой Отечественной войны».
