Помещение, где хранится микроскоп, не должно быть запыленным. Во внерабочее время микроскоп следует хранить в деревянном футляре или под колпаком, чтобы избежать запыления поверхностей или оптики. Допускается хранение в изолированном шкафчике. Пыль при необходимости удалять мягкой чистой тряпочкой или кисточкой. Запыление оптических узлов грозит ухудшением резкости изображения, затуманиванием отдельных областей поля зрения, появлением артефактов на оптике. Пыль на осветительных поверхостях будет снижать количество света, вызывать чрезмерное рассеивание светового пучка. В механических узлах возможно налипание пыли на смазанные детали, усиление трения, загущение смазки, вплоть до выхода из строя узлов при попадании крупнодисперсных частиц.