Точная дата основания Эмдена неизвестна, но он уже существовал в 8в. как торговый форпост фризских купцов. Его название неоднократно эволюционировало, проходя этапы Сетуданда -> Амутон (на монете в форме AHNTHON) -> Эмбада -> Эмбден и другие.
Со времён Карла Великого город подчинялся графству Эмсгау, а его окрестности епархии Мюнстера. Около 900г. графство Эмсгау перешло к графам Верля, после чего заметно расширились права городской общины. К 11в. город получил монетное право.
В 1063г. Бернхард II фон Верль был лишен прав на Эмсгау и оно было передано Бременскому епископству. Однако графы попытались вернуть себе эти земли, что напротив, привело к укреплению автономии фризских вождей и графство фактически распалось. В 1252г. земли Эмсгау формально перешли к епископам Мюнстера, но фактически фризские вожди сохранили за собой права торговли и таможни.
С 13 до 15 вв. город управлялся местными вождями, которых епископы считали своими представителями. В 15в. Эмден сильно пострадал от соперничающих между собой вождей и был вынужден обратится за помощью к Ганзе. В 1433г. город занял гарнизон из Гамбурга, что помогло ему вновь развиваться и укрепить свою экономику. В 1439г. гарнизон ушел и Гамбург формально (подразумевалось, что временно) передал город фризскому роду Кирксена.
В 1464г. Ульрих I Кирксена был провозглашён императором Фридрихом III имперским графом Восточной Фризии и Эмдем стал столицей нового графства.
В 1495г. император Максимилиан I подтвердил городские права Эмдена и даровал ему герб - «Ангел на стене».
В 1595г., после недальновидной политики по увлечению налогов графа Эдцарда II, горожане, при поддержке Нидерландов, совершили Эмденскую революцию. Городской совет, назначенный графом, был отстранён, графский гарнизон выдворен из замка. Граф был вынужден перенести свою резиденцию в Аурих. В итоге Эдцард отказался от большей части своих прав в Эмдене. Как некий нидерландский "сателлит", сохраняя голландский гарнизон, Эмден де-факто достиг положения свободного имперского города. И такое положение дел сохранялось до перехода Восточной Фризии к Пруссии в 1744г.