Был создан еще в далеком 1966 г. группой энтузиастов-краеведов на добровольных началах. Им помогали детские и молодежные объединения. Сначала они добились выделения здания храма под музей.
Затем местные власти отдали под разрастающуюся экспозицию здание столярной мастерской школы. В течение 10 лет сюда свозились деревянные постройки и предметы быта из окрестных деревень, соседних областей и Русского Севера.
Под них устроителям музея удалось выбить еще небольшой кусочек земли. Первыми посетителями музея стали такие же школьники, студенты. Постепенно слава музея пошла по соседним районам и областям.
Туристов прибавлялось. И на его базе в 1991 г. родился Музей Мыши. Который сразу стал торговым знаком Мышкина. На тот момент в Народном музее уже насчитывалось 10 тыс. экспонатов.
Сейчас музей посещают около 100 тыс. гостей в год. Он объединил под своей маркой всего 8 музеев в городе Мышкин, проводит уже почти 20 лет Губернаторский фестиваль ретро-техники «Мышкинский СамоходЪ», открыл свое краеведческое издательство.
И по прежнему музей остается народным, имея автономное управление.