Специалисты Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова разработали программу, которая помогает выявлять ошибки при чтении ДНК и тем самым повышать точность нанопорового секвенирования. Об этом сообщили в пресс-службе вуза. Новый инструмент предназначен для контроля качества данных, получаемых методом анализа нуклеиновых кислот, при котором считываются длинные цепочки ДНК и РНК.
При подготовке образцов к нанопоровому секвенированию к молекулам ДНК и РНК прикрепляют специальные искусственные элементы — адаптеры, баркоды и другие служебные последовательности. Они позволяют системе корректно распознавать и различать образцы. Если такие фрагменты размещены неправильно или встречаются слишком редко, качество считывания заметно ухудшается, а часть информации может искажаться или теряться.
Созданная в МГУ программа NanoporeInspect даёт возможность задать нужные искусственные последовательности и увидеть, как они распределены по прочитанным фрагментам. Как пояснила соавтор разработки, ведущий специалист лаборатории математического моделирования НИВЦ МГУ Мария Григорьева, ошибки в прикреплении адаптеров или баркодов сразу становятся заметны на интерактивных графиках: исследователь может увидеть, где элементы стоят неровно, отсутствуют или встречаются слишком редко.
Сервис реализован в формате интерактивного веб-инструмента: пользователь загружает файлы с результатами секвенирования, указывает используемые адаптеры и баркоды, после чего система анализирует данные с помощью специальных алгоритмов и строит наглядные распределения. В университете отмечают, что это позволяет заранее оценить качество библиотеки, ещё до начала трудоёмкого биологического анализа. Разработка выполнена в рамках Научно-образовательной школы МГУ «Мозг, когнитивные системы и искусственный интеллект», сообщает ТАСС.
Читайте также: