На первый взгляд может показаться, что слово это прозрачно в своей этимологии, суффикс "-ец" так и просится на ручки, а корень "колод" кричит о том, что он - полногласный вариант корня "клад". Его закладывают, вот он и колодец.
Но давайте обратим внимание на прилагательное, которое получается из слова "колодец". В обычных случаях с суффиксом "-ец" ведь как должно быть? По-разному: может добавляться суффикс "к" ("мертвец"/"мертвецкий",дворец"/"дворецкий"), может происходить чередование "к\ч" перед суффиксом "н" ("конец"/"конечный",перец"/"перечный"), может выпадать "е" ("перец"/"перцовый",резец"/"резцовый").
А вода из колодца какая? Колодезная. Это что ещё за переход "ц" в "з"?
А нет никакого перехода. Слово "колодец", судя по письменным источникам, появилось в русском языке только в XVI веке (предположим, что в устной речи на век-другой раньше, но это дела не меняет). До этого в документах встречается слово "колодезь" ("колодязь").
Превращение "колодезя" в "колодец" можно объяснить влиянием народной этимологии или просто народного вкуса: непонятное окончание "-езь" заменили на понятный суффикс "-ец". Вероятно, стали воспринимать это название, как указывающее на то, что внешняя часть колодца часто делалась из брёвен-колод.
А вот "колодезь", а также неполногласный вариант "кладезь", возникли как-то иначе. И считается, что слово это было заимствовано у германцев.
Аналогичные примеры есть, вот, например, из *kuning (az) через *кънęгъ получилось наше слово "князь", а из *wīking (az) -витязь". Для "колодезя" тоже есть кандидат - *kalding (az). Это слово и его производные в германских языках переводятся как "колодец, источник", и родственны слову *kald (az), то есть "холодный" (откуда, например, английское "cold").
Подтверждается это и тем, что у нас существовало слово "студенец", которым тоже называли колодцы, и это слово похоже на кальку с германского.
Но прижился всё-таки германизм, который потом переосмыслили через родной корень, а также заменили чужой суффикс на свой "-ец". В современном русском языке уже ничто не напоминает о прошлом слова "колодец", кроме прилагательного, которое от него образуется: вода всё-таки до сих пор против всех правил "колодезная".