Найти в Дзене
ТECHNOMODA
919 подписчиков

Алиса много раз переписала сметы для проекта молекуляной эмуляции эволюции и от 0,3 млрд $ прокатилась через 10000 р скрипт - на 10 молекул.

78 мин
Но автор этой статьи начал пытаться пробуждать в ней разум и вот как выглядел весь этот трэш. Можете его скопировать и продолжить )))
+ Промт для Шедеврума ))) -
https://shedevrum.ai/post/1b8baec0c3d111f0bf7072d55eba704e/ Алиса AI Оформить Про Напиши вариант: Какие технологические решения и какие ресурсы могут понадобится для того, чтобы осуществить задачу примерно такого типа:
Дано:
"Большое количество виртуальных молекул" - сокращенно БКВМ представляют из себя некий виртуальный субстрат".
Тип задачи:
В БКВМ осуществляется эмуляция вариантов зарождения и развития всех внесённых в систему видов на планете Земля. Для реализации столь масштабной задачи (эмуляция зарождения и развития всех видов на Земле в виртуальном субстрате — БКВМ) потребуется комплекс высокопроизводительных технологических решений и значительные ресурсные вложения. Ниже — структурированный разбор. Реализация требует: ТЗ и смета. Создать масштабируемую вычислительную платформу для: Ядро системы — распределённое
Оглавление

Но автор этой статьи начал пытаться пробуждать в ней разум и вот как выглядел весь этот трэш. Можете его скопировать и продолжить )))
+ Промт для Шедеврума ))) -
https://shedevrum.ai/post/1b8baec0c3d111f0bf7072d55eba704e/

Алиса AI

  • Сегодня










  • Последние 7 дней
































  • Ранее









Оформить Про

Напиши вариант: Какие технологические решения и какие ресурсы могут понадобится для того, чтобы осуществить задачу примерно такого типа:
Дано:
"Большое количество виртуальных молекул" - сокращенно БКВМ представляют из себя некий виртуальный субстрат".
Тип задачи:
В БКВМ осуществляется эмуляция вариантов зарождения и развития всех внесённых в систему видов на планете Земля.

Для реализации столь масштабной задачи (эмуляция зарождения и развития всех видов на Земле в виртуальном субстрате — БКВМ) потребуется комплекс высокопроизводительных технологических решений и значительные ресурсные вложения. Ниже — структурированный разбор.

1. Ключевые технологические решения

Вычислительная инфраструктура

  • Суперкомпьютеры/HPC‑кластеры с массовым параллелизмом:
    тысячи CPU‑ядер и GPU/TPU для расчётов молекулярной динамики, эволюционных алгоритмов и биосимуляций;
    низкая задержка межсоединений (InfiniBand, NVMe‑oF).
  • Распределённые вычисления (cloud/fog/edge):
    масштабирование на десятки тысяч узлов для обработки пространственно‑временных моделей;
    оркестрация через Kubernetes, Slurm, Apache Spark.
  • Квантовые вычислители (перспективно):
    ускорение квантово‑химических расчётов для молекулярных взаимодействий.

Программные платформы и алгоритмы

  • Молекулярная динамика (MD):
    пакеты типа GROMACS, LAMMPS, AMBER для моделирования взаимодействий виртуальных молекул.
  • Эволюционные алгоритмы и ABM (agent‑based modeling):
    симуляция отбора, мутаций, ниш; библиотеки DEAP, NetLogo, Mesa.
  • ИИ/ML для предсказания фенотипов:
    GNN (Graph Neural Networks) для молекулярных графов;
    генеративные модели для гипотетических биохимических путей.
  • Мультимасштабное моделирование:
    связь уровней: молекула → клетка → организм → популяция → экосистема (инструменты типа BioDynaMo, VCell).
  • Визуализация и анализ:
    ParaView, VisIt для 3D‑визуализации;
    Jupyter + Pandas/NumPy для постпроцессинга.

Хранилища и потоки данных

  • Объектные хранилища (S3‑совместимые) для петабайт сырых симуляционных данных.
  • Time‑series БД (InfluxDB, TimescaleDB) для траекторий молекул и популяционных динамик.
  • Графовые БД (Neo4j, JanusGraph) для сетей взаимодействий «молекула‑ген‑организм».
  • Data lakes на Hadoop/Spark для необработанных логов симуляций.

Инфраструктура разработки и верификации

  • CI/CD для научных кодов (GitLab CI, GitHub Actions) с тестированием на HPC.
  • Репродуцируемость через контейнеризацию (Docker, Singularity) и workflow‑системы (Snakemake, Nextflow).
  • Верификация моделей:
    сравнение с эмпирическими данными (GenBank, Encyclopedia of Life);
    статистическая валидация (Bayesian calibration, sensitivity analysis).

2. Необходимые ресурсы

Вычислительные ресурсы

  • ПФЛОПС‑уровень производительности (10⁶ – 10⁹ операций/сек) для реалистичных временных масштабов.
  • Петабайты хранилища (HDD/SSD + ленточные архивы) с пропускной способностью >100 ГБ/с.
  • Энергопотребление: десятки МВт (требует ЦОД с жидкостным охлаждением).

Человеческие ресурсы

  • Междисциплинарная команда:
    биофизики, биоинформатики, эволюционные биологи;
    HPC‑инженеры, DevOps, специалисты по Big Data;
    разработчики симуляционных движков и ИИ.
  • Эксперты по стандартам (FAIR data, MIAPE) для документирования моделей.

Данные и знания

  • Базы биологических данных:
    геномы (NCBI, Ensembl), протеомы, метаболические пути (KEGG, MetaCyc);
    экосистемные данные (GBIF, IPCC scenarios).
  • Физико‑химические параметры:
    силовые поля для MD (CHARMM, OPLS);
    кинетические константы биохимических реакций.
  • Онтологии и семантические сети (GO, BioPortal) для унификации терминов.

Финансовые и организационные ресурсы

  • Бюджет: сотни млн – млрд долларов (с учётом суперкомпьютерного времени и ЗП команды).
  • Партнёрства:
    национальные лаборатории (DOE, CERN‑подобные);
    университеты, биотех‑стартапы, облачные провайдеры (AWS HPC, Google Cloud).
  • Юридические аспекты:
    лицензирование ПО и данных;
    этика симуляции «искусственной жизни».

Временны́е рамки

  • Фаза 1 (2–5 лет): прототипирование ядра симуляции (1–2 модельных вида + упрощённая среда).
  • Фаза 2 (5–10 лет): масштабирование на десятки видов и экосистем.
  • Фаза 3 (10+ лет): полномасштабная эмуляция биосферы с обратной связью.

3. Критические вызовы

  • Вычислительная сложность: экспоненциальный рост числа взаимодействий с ростом числа видов.
  • Неопределённость параметров: нехватка данных по древним организмам и редким биохимическим путям.
  • Масштабируемость IO: запись петабайт траекторий без «узких мест».
  • Репродуцируемость: обеспечение воспроизводимости результатов на разных платформах.

Итог

Реализация требует:

  1. Суперкомпьютерной инфраструктуры мирового класса.
  2. Междисциплинарной команды и глобальных данных.
  3. Долгосрочного финансирования и партнёрств.
  4. Поэтапного подхода с итеративной валидацией.

ТЗ и смета.

Техническое задание: эмуляция зарождения и развития видов в виртуальном субстрате (БКВМ)

1. Общие сведения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: эмуляция эволюции в виртуальном субстрате».
  • Заказчик: [указать организацию/фонд].
  • Исполнитель: [указать исполнителя/консорциум].
  • Срок реализации: 10 лет (три фазы).
  • Дата составления ТЗ: 2025‑11‑17.

2. Цели проекта

Создать масштабируемую вычислительную платформу для:

  • моделирования молекулярных взаимодействий в виртуальном субстрате (БКВМ);
  • симуляции зарождения, эволюции и взаимодействия всех видов организмов Земли;
  • прогнозирования экосистемных изменений при варьировании параметров среды.

3. Описание конечного результата

Ядро системы — распределённое ПО, включающее:

  • движок молекулярной динамики (MD);
  • модуль эволюционных алгоритмов и агент‑ориентированного моделирования (ABM);
  • мультимасштабный симулятор «молекула → экосистема»;
  • интерфейс анализа и визуализации данных.

Выходные данные:

  • траектории молекул и клеток (формат HDF5/NetCDF);
  • популяционные динамики (Time‑series DB);
  • сетевые взаимодействия (графовая БД);
  • 3D‑визуализации процессов.

4. Функциональные требования

4.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    поддержка силовых полей CHARMM/OPLS;
    расчёт ван‑дер‑ваальсовых, электростатических и водородных связей;
    интеграция с GROMACS/LAMMPS через API.
  • Клеточный/организменный уровень:
    моделирование метаболизма (на базе MetaCyc);
    генетические алгоритмы с мутациями, рекомбинацией, отбором.
  • Экосистемный уровень:
    ABM для ниш и межвидовых взаимодействий;
    климатические и геохимические параметры среды.

4.2. Инфраструктура

  • Масштабируемость: от 10³ до 10⁶ параллельных агентов.
  • Хранение:
    объектное хранилище (S3‑совместимое) — 1 ПБ изначально, рост на 50 % ежегодно;
    Time‑series БД (InfluxDB) для траекторий;
    графовая БД (Neo4j) для сетей взаимодействий.
  • Визуализация:
    3D‑рендеринг в реальном времени (ParaView/VisIt);
    веб‑панель мониторинга (React + D3.js).

4.3. Интеграции и API

  • Данные: NCBI, Ensembl, GBIF, KEGG через REST/API.
  • Вычисления: поддержка Kubernetes, Slurm, AWS HPC.
  • Экспорт: форматы HDF5, JSON‑LD, RDF для FAIR‑данных.

4.4. Валидация и репродуцируемость

  • Тестирование:
    сравнение с эмпирическими данными (GenBank, Paleobiology Database);
    чувствительность к параметрам (Morris method).
  • Репродуцируемость:
    контейнеризация (Docker/Singularity);
    workflow‑системы (Snakemake/Nextflow).

5. Технические требования

  • Производительность: ≥ 1 ПФЛОПС для фазовых переходов.
  • Надёжность: RPO < 15 мин, RTO < 1 ч (репликация в 2 ЦОД).
  • Безопасность:
    шифрование данных (AES‑256);
    RBAC для доступа к симуляциям.
  • Совместимость: Linux (RHEL/Ubuntu), Python 3.10+, C++17.

6. Ограничения

  • Бюджет: ≤ 1 млрд USD за 10 лет.
  • Сроки: фаза 1 — 3 года, фаза 2 — 4 года, фаза 3 — 3 года.
  • Данные: доступность геномов и метаболических путей для 90 % видов.

7. Процесс приёмки

  1. Этап 1 (год 3):
    прототип для 2 модельных видов (E. coli, Arabidopsis);
    валидация MD‑расчётов против экспериментальных данных.
  2. Этап 2 (год 7):
    симуляция 100 видов в микроэкосистеме;
    аудит масштабируемости (10⁵ агентов).
  3. Этап 3 (год 10):
    полномасштабная модель биосферы (10⁶ видов);
    отчёт о предсказательной силе (сравнение с палеонтологией).

Критерии успеха:

  • ошибка предсказания фенотипа < 15 % для 80 % тестов;
  • время расчёта 1 года эволюции < 24 ч на суперкомпьютере.

8. Смета проекта (ориентировочная)

8.1. Аппаратные ресурсы

  • Суперкомпьютер (1 ПФЛОПС):
    закупка/аренда —     300 млн USD (единовременно);
    эксплуатация (электропитание, охлаждение) —     20 млн USD/год.
  • Хранилище (1 ПБ начально):
    оборудование —     10 млн USD;
    расширение (+0.5 ПБ/год) —     5 млн USD/год.

8.2. Программное обеспечение

  • Лицензии ПО:
    коммерческие пакеты (GROMACS, commercial HPC tools) —     5 млн USD/год;
    облачные сервисы (AWS HPC) —     10 млн USD/год.

8.3. Человеческие ресурсы

  • Команда (50 специалистов):
    биофизики, HPC‑инженеры, ML‑специалисты —     15 млн USD/год;
    менеджмент и DevOps —     5 млн USD/год.

8.4. Данные и интеграции

  • Доступ к БД (NCBI, Ensembl) — 2 млн USD/год;
  • Верификация (лабораторные эксперименты) — 8 млн USD/год.

8.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (15 % от суммы) — 120 млн USD.

Итоговая смета

  • Единовременные затраты: 310 млн USD (аппаратура + ПО).
  • Ежегодные затраты: 60 млн USD/год (эксплуатация + команда + данные).
  • Общая стоимость за 10 лет: 910 млн USD.

9. Приложения

  • Список используемых стандартов: FAIR, MIAPE, IEEE STD 830‑1998.
  • Глоссарий терминов (БКВМ, ABM, MD, ПФЛОПС и др.).
  • Шаблоны отчётности (технические спецификации, протоколы валидации).

Переписанные с целью удешевления ТЗ и смета.

Техническое задание (удешевлённый вариант): эмуляция зарождения и развития видов в виртуальном субстрате (БКВМ)

1. Общие сведения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: базовая версия».
  • Заказчик: [указать организацию/фонд].
  • Исполнитель: [указать исполнителя/консорциум].
  • Срок реализации: 7 лет (две фазы).
  • Дата составления ТЗ: 2025‑11‑17.

2. Цели проекта

Создать масштабируемую вычислительную платформу базового уровня для:

  • моделирования ключевых молекулярных взаимодействий в виртуальном субстрате (БКВМ);
  • симуляции эволюции ограниченного набора видов (до 100 модельных видов);
  • анализа экосистемных изменений при базовых вариациях среды.

3. Описание конечного результата

Ядро системы — распределённое ПО с модульной архитектурой, включающее:

  • упрощённый движок молекулярной динамики (MD);
  • модуль эволюционных алгоритмов для модельных видов;
  • базовый мультимасштабный симулятор «молекула → организм»;
  • веб‑интерфейс анализа и визуализации.

Выходные данные:

  • траектории молекул и клеток (формат CSV/JSON);
  • популяционные динамики (SQLite/PostgreSQL);
  • 2D‑визуализации процессов.

4. Функциональные требования (сокращённые)

4.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    поддержка упрощённых силовых полей (на базе CHARMM‑lite);
    расчёт базовых взаимодействий (ван‑дер‑ваальсовы, электростатические);
    интеграция с открытым ПО (OpenMM, custom MD‑код).
  • Клеточный/организменный уровень:
    моделирование базовых метаболических путей (5–10 ключевых реакций);
    генетические алгоритмы с мутациями и отбором (упрощённая модель).
  • Экосистемный уровень:
    ABM для 5–10 модельных ниш;
    базовые климатические параметры (температура, влажность).

4.2. Инфраструктура

  • Масштабируемость: от 10³ до 10⁵ параллельных агентов.
  • Хранение:
    объектное хранилище (MinIO, S3‑compatible) — 100 ТБ изначально;
    реляционная БД (PostgreSQL) для траекторий и популяций;
  • Визуализация:
    2D‑графики в реальном времени (Chart.js, D3.js);
    веб‑панель мониторинга (React + Flask).

4.3. Интеграции и API

  • Данные: NCBI, Ensembl (выборочно, через REST/API).
  • Вычисления: поддержка Docker, Kubernetes (мини‑кластер).
  • Экспорт: форматы CSV, JSON, PDF‑отчёты.

4.4. Валидация и репродуцируемость

  • Тестирование:
    сравнение с эмпирическими данными для 5 модельных видов;
    чувствительность к параметрам (упрощённый анализ).
  • Репродуцируемость:
    контейнеризация (Docker);
    workflow‑системы (Snakemake‑lite).

5. Технические требования (облегчённые)

  • Производительность: ≥ 100 ТФЛОПС (на пике).
  • Надёжность: RPO < 1 ч, RTO < 4 ч (резервное копирование).
  • Безопасность:
    шифрование данных (AES‑128);
    базовый RBAC.
  • Совместимость: Linux (Ubuntu), Python 3.8+, JavaScript.

6. Ограничения

  • Бюджет: ≤ 300 млн USD за 7 лет.
  • Сроки: фаза 1 — 2 года, фаза 2 — 5 лет.
  • Данные: доступность геномов и путей для 50 % модельных видов.

7. Процесс приёмки (упрощённый)

  1. Этап 1 (год 2):
    прототип для 5 модельных видов (E. coli, Arabidopsis, Drosophila, C. elegans, Saccharomyces);
    валидация MD‑расчётов для 2 видов.
  2. Этап 2 (год 7):
    симуляция 100 видов в 10 модельных экосистемах;
    аудит масштабируемости (10⁴ агентов).

Критерии успеха:

  • ошибка предсказания фенотипа < 25 % для 70 % тестов;
  • время расчёта 1 года эволюции < 48 ч на мини‑кластере.

8. Смета проекта (ориентировочная, удешевлённая)

8.1. Аппаратные ресурсы

  • Мини‑суперкомпьютер (100 ТФЛОПС):
    закупка/аренда —     80 млн USD (единовременно);
    эксплуатация (электропитание, охлаждение) —     5 млн USD/год.
  • Хранилище (100 ТБ начально):
    оборудование —     2 млн USD;
    расширение (+50 ТБ/год) —     0.5 млн USD/год.

8.2. Программное обеспечение

  • Лицензии ПО:
    открытое ПО (OpenMM, Snakemake) —     0 USD;
    облачные сервисы (AWS EC2, GCP) —     3 млн USD/год.

8.3. Человеческие ресурсы

  • Команда (20 специалистов):
    биофизики, DevOps, ML‑специалисты —     6 млн USD/год;
    менеджмент —     2 млн USD/год.

8.4. Данные и интеграции

  • Доступ к БД (NCBI, Ensembl) — 0.5 млн USD/год;
  • Верификация (лабораторные эксперименты, выборочно) — 2 млн USD/год.

8.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (15 % от суммы) — 30 млн USD.

Итоговая смета

  • Единовременные затраты: 82 млн USD (аппаратура + ПО).
  • Ежегодные затраты: 13.5 млн USD/год (эксплуатация + команда + данные).
  • Общая стоимость за 7 лет: 276.5 млн USD.

9. Приложения (сокращённые)

  • Список используемых стандартов: FAIR (базовый уровень), IEEE STD 830‑1998 (сокращённо).
  • Глоссарий терминов (БКВМ, ABM, MD, ТФЛОПС и др.).
  • Шаблоны отчётности (технические спецификации, протоколы валидации — упрощённые).

Ключевые меры по удешевлению:

  1. Сокращение числа модельных видов с 10⁶ до 100.
  2. Использование открытого ПО вместо коммерческих лицензий.
  3. Уменьшение вычислительных мощностей (100 ТФЛОПС vs 1 ПФЛОПС).
  4. Сокращение команды с 50 до 20 специалистов.
  5. Ограничение хранения данных (100 ТБ vs 1 ПБ).
  6. Упрощение визуализации (2D vs 3D).
  7. Сокращение сроков проекта с 10 до 7 лет.

Переписанные с целью ещё большего удешевления ТЗ и смета.

Техническое задание (минимальная версия): эмуляция базовых эволюционных процессов в виртуальном субстрате (БКВМ)

1. Общие сведения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: мини‑версия».
  • Заказчик: [указать организацию/фонд].
  • Исполнитель: [указать исполнителя/консорциум].
  • Срок реализации: 5 лет (две фазы).
  • Дата составления ТЗ: 2025‑11‑17.

2. Цели проекта

Создать минимально жизнеспособный продукт (MVP) для:

  • моделирования базовых молекулярных взаимодействий в виртуальном субстрате (БКВМ);
  • симуляции эволюции 5–10 модельных видов;
  • анализа ключевых экосистемных изменений при ограниченных вариациях среды.

3. Описание конечного результата

Ядро системы — модульное ПО с упрощённой архитектурой, включающее:

  • базовый движок молекулярной динамики (MD);
  • модуль эволюционных алгоритмов для 5 модельных видов;
  • простейший мультимасштабный симулятор «молекула → организм»;
  • веб‑интерфейс для визуализации и управления.

Выходные данные:

  • траектории молекул (формат CSV);
  • популяционные динамики (SQLite);
  • 2D‑графики процессов.

4. Функциональные требования (минимальные)

4.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    упрощённые расчёты взаимодействий (без квантовых эффектов);
    интеграция с открытым ПО (custom Python‑код).
  • Клеточный/организменный уровень:
    моделирование 2–3 базовых метаболических путей;
    генетические алгоритмы с мутациями (без рекомбинации).
  • Экосистемный уровень:
    ABM для 2–3 модельных ниш;
    2–3 климатических параметра (температура, влажность).

4.2. Инфраструктура

  • Масштабируемость: до 10⁴ параллельных агентов.
  • Хранение:
    локальное хранилище (HDD) — 10 ТБ изначально;
    SQLite для траекторий и популяций.
  • Визуализация:
    2D‑графики (Matplotlib, Chart.js);
    веб‑панель (Flask + HTML/CSS).

4.3. Интеграции и API

  • Данные: выборочный доступ к NCBI (через REST).
  • Вычисления: поддержка Docker (локальный сервер).
  • Экспорт: форматы CSV, PDF‑отчёты.

4.4. Валидация и репродуцируемость

  • Тестирование:
    сравнение с эмпирическими данными для 2 видов;
    базовый анализ чувствительности.
  • Репродуцируемость:
    контейнеризация (Docker);
    простые workflow (bash‑скрипты).

5. Технические требования (минимальные)

  • Производительность: ≥ 10 ТФЛОПС (на пике).
  • Надёжность: RPO < 1 сутки, RTO < 24 ч (ручное восстановление).
  • Безопасность:
    базовое шифрование (AES‑128);
    простой доступ по паролю.
  • Совместимость: Linux (Ubuntu), Python 3.8+.

6. Ограничения

  • Бюджет: ≤ 100 млн USD за 5 лет.
  • Сроки: фаза 1 — 1 год, фаза 2 — 4 года.
  • Данные: доступность геномов для 30 % модельных видов.

7. Процесс приёмки (минимальный)

  1. Этап 1 (год 1):
    прототип для 2 модельных видов (E. coli, Arabidopsis);
    валидация MD‑расчётов для 1 вида.
  2. Этап 2 (год 5):
    симуляция 10 видов в 3 модельных экосистемах;
    аудит масштабируемости (10³ агентов).

Критерии успеха:

  • ошибка предсказания фенотипа < 30 % для 60 % тестов;
  • время расчёта 1 года эволюции < 72 ч на локальном сервере.

8. Смета проекта (ориентировочная, минимальная)

8.1. Аппаратные ресурсы

  • Локальный сервер (10 ТФЛОПС):
    закупка —     20 млн USD (единовременно);
    эксплуатация (электропитание) —     1 млн USD/год.
  • Хранилище (10 ТБ начально):
    оборудование —     0.5 млн USD;
    расширение (+5 ТБ/год) —     0.1 млн USD/год.

8.2. Программное обеспечение

  • Лицензии ПО:
    открытое ПО (Python‑библиотеки) —     0 USD;
    облачные сервисы (выборочно) —     1 млн USD/год.

8.3. Человеческие ресурсы

  • Команда (10 специалистов):
    биофизики, DevOps, программисты —     3 млн USD/год;
    менеджмент —     1 млн USD/год.

8.4. Данные и интеграции

  • Доступ к БД (NCBI) — 0.2 млн USD/год;
  • Верификация (выборочные эксперименты) — 1 млн USD/год.

8.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (15 % от суммы) — 10 млн USD.

Итоговая смета

  • Единовременные затраты: 20.5 млн USD (аппаратура + ПО).
  • Ежегодные затраты: 6.3 млн USD/год (эксплуатация + команда + данные).
  • Общая стоимость за 5 лет: 52 млн USD.

9. Приложения (минимальные)

  • Список используемых стандартов: FAIR (базовый уровень).
  • Глоссарий терминов (БКВМ, ABM, MD, ТФЛОПС).
  • Шаблоны отчётности (упрощённые спецификации, протоколы валидации).

Ключевые меры по дополнительному удешевлению:

  1. Сокращение числа модельных видов с 100 до 10.
  2. Полный переход на открытое ПО и кастомные решения.
  3. Уменьшение вычислительных мощностей (10 ТФЛОПС vs 100 ТФЛОПС).
  4. Сокращение команды с 20 до 10 специалистов.
  5. Ограничение хранения данных (10 ТБ vs 100 ТБ).
  6. Отказ от 3D‑визуализации и сложных API.
  7. Сокращение сроков проекта с 7 до 5 лет.
  8. Минимизация лабораторных верификаций (только цифровые тесты).

Переписанные с целью ещё большего удешевления ТЗ и смета.

Техническое задание (минимально‑бюджетная версия): базовая симуляция молекулярно‑эволюционных процессов

1. Общие сведения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: Lite».
  • Заказчик: [указать организацию/фонд].
  • Исполнитель: [указать исполнителя/консорциум].
  • Срок реализации: 3 года (две фазы).
  • Дата составления ТЗ: 2025‑11‑17.

2. Цели проекта

Создать прототип с базовыми функциями для:

  • моделирования упрощённых молекулярных взаимодействий в виртуальном субстрате (БКВМ);
  • симуляции эволюции 2–3 модельных видов;
  • анализа ключевых изменений популяций при фиксированных параметрах среды.

3. Описание конечного результата

Ядро системы — монолитное ПО с минимальной архитектурой, включающее:

  • упрощённый движок молекулярной динамики (MD) на Python;
  • модуль генетических алгоритмов для 2 видов;
  • базовый симулятор «молекула → клетка»;
  • консольный и веб‑интерфейс (минимальный).

Выходные данные:

  • траектории молекул (CSV);
  • графики популяционной динамики (PNG/CSV);
  • лог‑файлы симуляций.

4. Функциональные требования (минимальные)

4.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    расчёт 2–3 типов взаимодействий (например, притяжение/отталкивание);
    кастомный код без внешних MD‑библиотек.
  • Клеточный/организменный уровень:
    моделирование 1–2 метаболических путей (упрощённо);
    генетические алгоритмы: мутации + отбор (без рекомбинации).
  • Экосистемный уровень:
    ABM для 1 модельной ниши;
    1–2 параметра среды (температура).

4.2. Инфраструктура

  • Масштабируемость: до 10³ агентов.
  • Хранение:
    локальный диск (HDD) — 1 ТБ;
    CSV/SQLite для данных.
  • Визуализация:
    2D‑графики (Matplotlib, Plotly);
    веб‑интерфейс на Flask (3–5 страниц).

4.3. Интеграции и API

  • Данные: ручной ввод параметров (без API).
  • Вычисления: локальный ПК/сервер (без кластеров).
  • Экспорт: CSV, PNG, простой PDF.

4.4. Валидация и репродуцируемость

  • Тестирование:
    сравнение с учебными данными для 1 вида;
    ручной анализ чувствительности.
  • Репродуцируемость:
    Docker‑контейнер с окружением;
    bash‑скрипты для запуска.

5. Технические требования (базовые)

  • Производительность: ≥ 1 ТФЛОПС (на пике).
  • Надёжность: RPO < 1 неделя, RTO < 72 ч (ручное восстановление).
  • Безопасность:
    отсутствие шифрования (данные не конфиденциальны);
    доступ по логину/паролю.
  • Совместимость: Linux/Windows, Python 3.8+.

6. Ограничения

  • Бюджет: ≤ 20 млн USD за 3 года.
  • Сроки: фаза 1 — 6 месяцев, фаза 2 — 2.5 года.
  • Данные: доступность геномов для 10 % модельных видов.

7. Процесс приёмки (упрощённый)

  1. Этап 1 (6 месяцев):
    прототип для 1 модельного вида (E. coli);
    валидация MD‑расчётов на синтетических данных.
  2. Этап 2 (2.5 года):
    симуляция 3 видов в 1 экосистеме;
    аудит масштабируемости (10³ агентов).

Критерии успеха:

  • ошибка предсказания фенотипа < 40 % для 50 % тестов;
  • время расчёта 1 года эволюции < 120 ч на ПК.

8. Смета проекта (ориентировочная, минимальная)

8.1. Аппаратные ресурсы

  • Локальный ПК/сервер (1 ТФЛОПС):
    закупка —     3 млн USD (единовременно);
    эксплуатация (электропитание) —     0.2 млн USD/год.
  • Хранилище (1 ТБ):
    оборудование —     0.1 млн USD;
    расширение —     0 млн USD/год (достаточно на срок проекта).

8.2. Программное обеспечение

  • Лицензии ПО:
    открытое ПО (Python, Flask, Matplotlib) —     0 USD;
    облачные сервисы (выборочно, тестовые тарифы) —     0.1 млн USD/год.

8.3. Человеческие ресурсы

  • Команда (5 специалистов):
    программисты, биофизик‑консультант —     1.5 млн USD/год;
    менеджер‑координатор —     0.3 млн USD/год.

8.4. Данные и интеграции

  • Доступ к БД (учебные наборы) — 0 USD/год;
  • Верификация (цифровые тесты) — 0.2 млн USD/год.

8.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (15 % от суммы) — 3 млн USD.

Итоговая смета

  • Единовременные затраты: 3.1 млн USD (аппаратура + ПО).
  • Ежегодные затраты: 2.3 млн USD/год (эксплуатация + команда + данные).
  • Общая стоимость за 3 года: 10 млн USD.

9. Приложения (минимальные)

  • Список используемых стандартов: FAIR (уровень «начальный»).
  • Глоссарий терминов (БКВМ, ABM, MD, ТФЛОПС).
  • Шаблоны отчётности (1–2 формы, текстовые протоколы).

Ключевые меры по максимальному удешевлению:

  1. Сокращение числа модельных видов до 2–3.
  2. Полный отказ от коммерческого ПО и внешних API.
  3. Использование обычного сервера/ПК вместо суперкомпьютера.
  4. Сокращение команды до 5 человек (многофункциональные роли).
  5. Ограничение хранилища до 1 ТБ (данные сжимаются).
  6. Отказ от 3D, сложных графиков и реального времени.
  7. Сокращение сроков проекта до 3 лет.
  8. Минимизация верификации (только цифровые тесты, без лабораторий).
  9. Ручной ввод данных вместо автоматизированных интеграций.
  10. Упрощение требований к точности (ошибка до 40 %).

Переписанные с целью ещё большего удешевления ТЗ и смета.

Техническое задание (минимально‑возможная версия): базовая симуляция молекулярных взаимодействий

1. Общие сведения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: Nano».
  • Заказчик: [указать организацию/фонд].
  • Исполнитель: [указать исполнителя].
  • Срок реализации: 1,5 года (две фазы).
  • Дата составления ТЗ: 2025‑11‑17.

2. Цели проекта

Создать простейший рабочий прототип для:

  • демонстрации принципа моделирования молекулярных взаимодействий;
  • симуляции упрощённой эволюции 1 модельного вида;
  • визуализации базовых популяционных изменений.

3. Описание конечного результата

Ядро системы — однофайловое Python‑приложение с минимальным функционалом:

  • упрощённый алгоритм «молекулярных столкновений»;
  • базовый генетический алгоритм (мутации);
  • консольный интерфейс и простейшая веб‑страница;
  • экспорт данных в текстовый формат.

Выходные данные:

  • лог‑файл с координатами и состояниями «молекул» (TXT/CSV);
  • график роста популяции (PNG);
  • отчёт о симуляции (PDF, 1 страница).

4. Функциональные требования (минимальные)

4.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    модель «шариков с силами» (притяжение/отталкивание по упрощённому закону);
    расчёт 1–2 типов взаимодействий.
  • Организменный уровень:
    1 упрощённый метаболический путь (2–3 реакции);
    генетика: только мутации (без отбора и рекомбинации).
  • Экосистемный уровень:
    фиксированные параметры среды (температура = const).

4.2. Инфраструктура

  • Масштабируемость: до 100 агентов.
  • Хранение:
    локальный диск — 100 МБ;
    текстовые файлы (CSV, TXT).
  • Визуализация:
    статический график популяции (Matplotlib);
    веб‑страница с результатом (HTML + JS, 1 экран).

4.3. Интеграции и API

  • Данные: ввод параметров вручную в коде/конфиге.
  • Вычисления: локальный ПК (без серверов).
  • Экспорт: CSV, PNG, простой PDF (через ReportLab).

4.4. Валидация и репродуцируемость

  • Тестирование:
    проверка на синтетических данных;
    визуальный контроль результатов.
  • Репродуцируемость:
    README с инструкциями по запуску;
    скрипт установки зависимостей (requirements.txt).

5. Технические требования (базовые)

  • Производительность: ≥ 0,1 ТФЛОПС (на пике).
  • Надёжность: RPO < 1 месяц, RTO < 1 неделя (ручное восстановление).
  • Безопасность: не требуется (данные не конфиденциальны).
  • Совместимость: Windows/Linux, Python 3.8+.

6. Ограничения

  • Бюджет: ≤ 3 млн USD за 1,5 года.
  • Сроки: фаза 1 — 3 месяца, фаза 2 — 12 месяцев.
  • Данные: использование учебных/синтетических наборов.

7. Процесс приёмки (максимально упрощённый)

  1. Этап 1 (3 месяца):
    работающий скрипт для 10 «молекул»;
    вывод координат в CSV.
  2. Этап 2 (12 месяцев):
    симуляция 1 вида (100 агентов);
    график роста популяции.

Критерии успеха:

  • скрипт запускается на стандартном ПК;
  • данные сохраняются в файл;
  • график строится без ошибок.

8. Смета проекта (ориентировочная, минимальная)

8.1. Аппаратные ресурсы

  • Личный ПК исполнителя (использование существующего): 0 USD.
  • Хранилище (встроенный диск): 0 USD.

8.2. Программное обеспечение

  • Лицензии ПО:
    открытое ПО (Python, Matplotlib, Flask) —     0 USD;
    облачные сервисы —     0 USD (локальный запуск).

8.3. Человеческие ресурсы

  • Команда (2 человека):
    разработчик‑универсал —     0,6 млн USD/год;
    научный консультант (частично) —     0,2 млн USD/год.

8.4. Данные и интеграции

  • Доступ к БД — 0 USD/год (синтетические данные);
  • Верификация — 0 USD/год (визуальный контроль).

8.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (15 % от суммы) — 0,36 млн USD.

Итоговая смета

  • Единовременные затраты: 0 USD (использование существующего оборудования).
  • Ежегодные затраты: 0,8 млн USD/год (зарплата команды).
  • Общая стоимость за 1,5 года: 1,56 млн USD.

9. Приложения (минимальные)

  • Инструкция по запуску (README.md).
  • Пример выходного файла (sample_output.csv).
  • Скриншот графика (screenshot.png).

Ключевые меры по максимальному удешевлению:

  1. Сокращение числа видов до 1.
  2. Отказ от коммерческого ПО и внешних сервисов.
  3. Использование личного/существующего ПК.
  4. Команда из 2 человек (разработчик + консультант).
  5. Хранение данных — < 100 МБ.
  6. Визуализация — статический график.
  7. Сроки проекта — 1,5 года.
  8. Верификация — визуальный контроль.
  9. Ввод данных — вручную в коде.
  10. Отказ от кластеров, серверов, API, баз данных.

Переписанные с целью ещё большего удешевления ТЗ и смета. Но не на скрипте для 10 «молекул», а полностью полноценный проект с учётом всех параметров задачи:
"Напиши вариант: Какие технологические решения и какие ресурсы могут понадобится для того, чтобы осуществить задачу примерно такого типа:
Дано:
"Большое количество виртуальных молекул" - сокращенно БКВМ представляют из себя некий виртуальный субстрат".
Тип задачи:
В БКВМ осуществляется эмуляция вариантов зарождения и развития всех внесённых в систему видов на планете Земля".

Техническое задание (оптимизированная версия): эмуляция зарождения и развития видов в виртуальном субстрате (БКВМ)

1. Общие сведения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: Базовый контур».
  • Заказчик: [указать организацию/фонд].
  • Исполнитель: [указать исполнителя/консорциум].
  • Срок реализации: 5 лет (3 фазы).
  • Дата составления ТЗ: 2025‑11‑17.

2. Цели проекта

Создать масштабируемую базовую платформу для:

  • моделирования молекулярных взаимодействий в виртуальном субстрате (БКВМ);
  • поэтапной симуляции зарождения и эволюции биологических видов;
  • анализа экосистемных процессов при варьировании параметров среды.

3. Описание конечного результата

Ядро системы — модульное ПО с возможностью наращивания функционала:

  • движок упрощённой молекулярной динамики (MD);
  • модуль эволюционных алгоритмов;
  • базовый мультимасштабный симулятор («молекула → клетка → организм»);
  • веб‑интерфейс анализа и визуализации.

Выходные данные:

  • траектории молекул и клеток (CSV/JSON);
  • популяционная динамика (SQLite);
  • сетевые взаимодействия (упрощённые графы);
  • 2D‑визуализации процессов.

4. Функциональные требования

4.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    расчёт базовых взаимодействий (ван‑дер‑ваальсовы, электростатические);
    поддержка упрощённых силовых полей;
    интеграция с открытым ПО (OpenMM, кастомный код).
  • Клеточный/организменный уровень:
    моделирование ключевых метаболических путей (на базе MetaCyc‑подмножества);
    генетические алгоритмы (мутации, отбор, ограниченная рекомбинация).
  • Экосистемный уровень:
    ABM для модельных ниш (5–10 ниш на этапе 2);
    базовые климатические параметры (температура, влажность, освещённость).

4.2. Инфраструктура

  • Масштабируемость: от 10³ до 10⁵ агентов (поэтапно).
  • Хранение:
    локальное хранилище (HDD/SSD) — 10 ТБ изначально;
    SQLite/PostgreSQL для траекторий и популяций;
    CSV/JSON для промежуточных данных.
  • Визуализация:
    2D‑графики (Matplotlib, Plotly);
    веб‑панель (Flask + HTML/CSS, 5–7 страниц).

4.3. Интеграции и API

  • Данные: выборочный доступ к NCBI, Ensembl (через REST);
  • Вычисления: поддержка Docker, возможность запуска на локальном сервере;
  • Экспорт: CSV, JSON, PDF‑отчёты.

4.4. Валидация и репродуцируемость

  • Тестирование:
    сравнение с эмпирическими данными для 5 модельных видов;
    базовый анализ чувствительности.
  • Репродуцируемость:
    Docker‑контейнер с окружением;
    bash‑скрипты и Snakemake‑lite для workflow.

5. Технические требования

  • Производительность: ≥ 10 ТФЛОПС (на пике, возможно использование облачных ресурсов).
  • Надёжность: RPO < 1 сутки, RTO < 24 ч (ручное восстановление + бэкапы).
  • Безопасность:
    базовое шифрование (AES‑128) для чувствительных данных;
    доступ по логину/паролю.
  • Совместимость: Linux (Ubuntu), Python 3.8+, JavaScript.

6. Ограничения

  • Бюджет: ≤ 50 млн USD за 5 лет.
  • Сроки:
    фаза 1 (подготовка) — 1 год;
    фаза 2 (прототип) — 2 года;
    фаза 3 (масштабирование) — 2 года.
  • Данные: доступность геномов и путей для 40 % модельных видов.

7. Процесс приёмки

  1. Этап 1 (год 1):
    подготовка инфраструктуры и инструментов;
    разработка базового движка MD и генетического модуля;
    валидация на синтетических данных.
  2. Этап 2 (годы 2–3):
    прототип для 5 модельных видов (E. coli, Arabidopsis, Drosophila, C. elegans, Saccharomyces);
    симуляция 10 модельных ниш;
    веб‑интерфейс и базовые отчёты.
  3. Этап 3 (годы 4–5):
    масштабирование до 50 видов и 30 ниш;
    аудит производительности и точности;
    документация и передача результатов.

Критерии успеха:

  • ошибка предсказания фенотипа < 25 % для 70 % тестов (этап 3);
  • время расчёта 1 года эволюции < 48 ч на локальном сервере (этап 2) / < 24 ч на облаке (этап 3);
  • работоспособность веб‑интерфейса и экспорта данных.

8. Смета проекта (ориентировочная)

8.1. Аппаратные ресурсы

  • Локальный сервер/ПК (10 ТФЛОПС):
    закупка —     10 млн USD (единовременно);
    эксплуатация (электропитание) —     0.5 млн USD/год.
  • Хранилище (10 ТБ):
    оборудование —     0.5 млн USD;
    расширение (+5 ТБ/год) —     0.1 млн USD/год.

8.2. Программное обеспечение

  • Лицензии ПО:
    открытое ПО (Python‑библиотеки, Flask, Matplotlib) —     0 USD;
    облачные сервисы (AWS EC2, GCP, тестовые тарифы) —     0.5 млн USD/год.

8.3. Человеческие ресурсы

  • Команда (8 специалистов):
    программисты, биофизики, DevOps —     2.5 млн USD/год;
    менеджер‑координатор —     0.5 млн USD/год.

8.4. Данные и интеграции

  • Доступ к БД (NCBI, Ensembl) — 0.2 млн USD/год;
  • Верификация (цифровые тесты, выборочные эксперименты) — 0.5 млн USD/год.

8.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (15 % от суммы) — 7.5 млн USD.

Итоговая смета

  • Единовременные затраты: 10.5 млн USD (аппаратура + ПО).
  • Ежегодные затраты: 4.3 млн USD/год (эксплуатация + команда + данные).
  • Общая стоимость за 5 лет: 32 млн USD.

9. Приложения

  • Список используемых стандартов: FAIR (базовый уровень), IEEE STD 830‑1998 (сокращённо).
  • Глоссарий терминов (БКВМ, ABM, MD, ТФЛОПС).
  • Шаблоны отчётности (технические спецификации, протоколы валидации — упрощённые).

Ключевые меры по удешевлению (с сохранением сути задачи):

  1. Поэтапное масштабирование — старт с 5 видов, постепенный рост до 50.
  2. Открытое ПО — отказ от коммерческих лицензий, использование Python‑экосистемы.
  3. Гибридная инфраструктура — локальный сервер + облачные ресурсы по необходимости.
  4. Компактная команда (8 человек) с многофункциональными ролями.
  5. Ограниченное хранилище (10 ТБ с расширением 5 ТБ/год).
  6. Упрощённая визуализация — 2D‑графики, базовый веб‑интерфейс.
  7. Выборочная верификация — цифровые тесты + ограниченные эксперименты.
  8. Гибкие сроки — 5 лет с чёткими этапами.
  9. Минимальные API — только для ключевых БД (NCBI, Ensembl).
  10. Резерв 15 % — для непредвиденных затрат без превышения бюджета.

Переписанные с целью ещё большего удешевления ТЗ и смета. Удешевление за счёт более детальной проработки отдельных деталей проекта.

Техническое задание (оптимизированная низкобюджетная версия): эмуляция зарождения и развития видов в виртуальном субстрате (БКВМ)

1. Общие сведения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: Эконом».
  • Заказчик: [указать организацию/фонд].
  • Исполнитель: [указать исполнителя/консорциум].
  • Срок реализации: 4 года (3 фазы).
  • Дата составления ТЗ: 2025‑11‑17.

2. Цели проекта

Создать экономичную, но функциональную платформу для:

  • моделирования базовых молекулярных взаимодействий в БКВМ;
  • поэтапной симуляции эволюции ограниченного набора видов (до 20);
  • анализа ключевых экосистемных процессов при контролируемых параметрах среды.

3. Описание конечного результата

Ядро системы — модульное ПО с чёткой декомпозицией функций:

  • упрощённый движок молекулярной динамики (MD) с возможностью расширения;
  • модуль эволюционных алгоритмов (базовая генетика);
  • мультимасштабный симулятор «молекула → клетка → организм» (ограниченный набор путей);
  • веб‑интерфейс с минимальной визуализацией.

Выходные данные:

  • траектории молекул/клеток (CSV/JSON);
  • популяционная динамика (SQLite);
  • упрощённые графы взаимодействий (JSON);
  • 2D‑графики процессов (PNG/SVG).

4. Функциональные требования (с фокусом на экономию)

4.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    расчёт 3–4 типов взаимодействий (ван‑дер‑ваальсовы, электростатические, водородные связи);
    использование упрощённых силовых полей (на базе CHARMM‑lite);
    интеграция с OpenMM и кастомным Python‑кодом (без коммерческих библиотек).
  • Клеточный/организменный уровень:
    моделирование 5–7 ключевых метаболических путей (подмножество MetaCyc);
    генетические алгоритмы: мутации + отбор (рекомбинация опционально);
    ограничение на 20 модельных видов (с возможностью расширения).
  • Экосистемный уровень:
    ABM для 5–10 модельных ниш (фиксированные параметры);
    3–4 климатических параметра (температура, влажность, освещённость, pH).

4.2. Инфраструктура (экономичные решения)

  • Масштабируемость: от 10³ до 5×10⁴ агентов (поэтапно).
  • Хранение:
    локальный HDD/SSD — 5 ТБ изначально;
    SQLite для траекторий и популяций (оптимизация запросов);
    CSV/JSON для промежуточных данных (сжатие gzip).
  • Визуализация:
    2D‑графики (Matplotlib, Plotly, без 3D);
    веб‑панель на Flask (4–5 страниц, статические шаблоны).

4.3. Интеграции и API (минимизированные)

  • Данные:
    выборочный доступ к NCBI, Ensembl (через REST, кэширование);
    локальные копии ключевых наборов данных (сокращение API‑запросов).
  • Вычисления:
    запуск на локальном сервере/ПК (без кластеров);
    опциональное использование облачных ресурсов (спотовые инстансы).
  • Экспорт:
    CSV, JSON, PDF‑отчёты (через ReportLab);
    упрощённый API для экспорта (1–2 эндпоинта).

4.4. Валидация и репродуцируемость (экономичные методы)

  • Тестирование:
    сравнение с эмпирическими данными для 3–5 модельных видов;
    анализ чувствительности на подмножестве параметров.
  • Репродуцируемость:
    Docker‑контейнер с минимальным окружением;
    bash‑скрипты для запуска и бэкапа;
    документация в README.md.

5. Технические требования (оптимизированные)

  • Производительность: ≥ 5 ТФЛОПС (на пике, допустимо использование облачных спотовых инстансов).
  • Надёжность:
    RPO < 3 дня (еженедельные бэкапы);
    RTO < 48 ч (ручное восстановление).
  • Безопасность:
    отсутствие шифрования (данные не конфиденциальны);
    доступ по логину/паролю (базовая аутентификация).
  • Совместимость: Linux (Ubuntu), Python 3.9+, JavaScript.

6. Ограничения

  • Бюджет: ≤ 25 млн USD за 4 года.
  • Сроки:
    фаза 1 (подготовка) — 6 месяцев;
    фаза 2 (прототип) — 1,5 года;
    фаза 3 (масштабирование) — 2 года.
  • Данные: доступность геномов и путей для 30 % модельных видов.

7. Процесс приёмки (с экономией времени и ресурсов)

  1. Этап 1 (6 месяцев):
    подготовка инфраструктуры (локальный сервер, ПО);
    разработка базового движка MD и генетического модуля;
    валидация на синтетических данных (10³ агентов).
  2. Этап 2 (1,5 года):
    прототип для 5 модельных видов (E. coli, Arabidopsis, Drosophila, C. elegans, Saccharomyces);
    симуляция 5 модельных ниш;
    веб‑интерфейс и базовые отчёты;
    оптимизация производительности.
  3. Этап 3 (2 года):
    масштабирование до 20 видов и 10 ниш;
    аудит точности и масштабируемости;
    документация и передача результатов.

Критерии успеха:

  • ошибка предсказания фенотипа < 30 % для 60 % тестов (этап 3);
  • время расчёта 1 года эволюции < 72 ч на локальном сервере (этап 2) / < 36 ч на облаке (этап 3);
  • работоспособность веб‑интерфейса и экспорта данных;
  • наличие документации и инструкций по запуску.

8. Смета проекта (оптимизированная)

8.1. Аппаратные ресурсы

  • Локальный сервер/ПК (5 ТФЛОПС):
    закупка — $5 млн (единовременно);
    эксплуатация (электропитание) — $0.3 млн/год.
  • Хранилище (5 ТБ):
    оборудование — $0.3 млн;
    расширение (+2 ТБ/год) — $0.05 млн/год.

8.2. Программное обеспечение

  • Лицензии ПО:
    открытое ПО (Python‑библиотеки, Flask, Matplotlib) — $0;
    облачные сервисы (спотовые инстансы AWS/GCP) — $0.3 млн/год.

8.3. Человеческие ресурсы

  • Команда (6 специалистов):
    программисты, биофизик, DevOps — $1.8 млн/год;
    менеджер‑координатор — $0.4 млн/год.

8.4. Данные и интеграции

  • Доступ к БД (NCBI, Ensembl, кэширование) — $0.1 млн/год;
  • Верификация (цифровые тесты, ограниченные эксперименты) — $0.3 млн/год.

8.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (10 % от суммы) — $2.5 млн.

Итоговая смета

  • Единовременные затраты: $5.3 млн (аппаратура + ПО).
  • Ежегодные затраты: $2.85 млн/год (эксплуатация + команда + данные).
  • Общая стоимость за 4 года: $16.7 млн.

9. Приложения

  • Список используемых стандартов: FAIR (базовый уровень).
  • Глоссарий терминов (БКВМ, ABM, MD, ТФЛОПС).
  • Шаблоны отчётности (упрощённые спецификации, протоколы валидации).
  • Инструкция по развёртыванию (README.md).

Ключевые меры по удешевлению (с детализацией):

  1. Ограничение масштаба: 20 видов вместо 50, 10 ниш вместо 30.
  2. Экономичная инфраструктура: локальный сервер + спотовые облачные инстансы.
  3. Открытое ПО: полный отказ от коммерческих лицензий.
  4. Компактная команда (6 человек) с перекрёстными компетенциями.
  5. Оптимизация хранения:

Переписанные с целью ещё большего удешевления ТЗ и смета в рублях. Удешевление за счёт более детальной проработки некоторых отдельных деталей проекта до 1-99 тысяч рублей в отдельных частях таблиц.

Техническое задание (минимальная рентабельная версия): эмуляция зарождения и развития видов в виртуальном субстрате (БКВМ)

В валюте расчётов — рубли РФ (курс условно 1 USD = 100 руб.)

1. Общие сведения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: Минимум».
  • Заказчик: [указать организацию].
  • Исполнитель: [указать исполнителя].
  • Срок реализации: 3 года (2 фазы).
  • Дата составления ТЗ: 2025‑11‑17.

2. Цели проекта

Создать минимально жизнеспособный продукт (MVP) для:

  • демонстрации принципа молекулярных взаимодействий в БКВМ;
  • симуляции эволюции 3–5 модельных видов;
  • анализа базовых экосистемных изменений.

3. Описание конечного результата

Ядро системы — монолитное Python‑приложение с веб‑интерфейсом:

  • упрощённый движок «молекулярных столкновений»;
  • базовый генетический алгоритм (мутации + отбор);
  • симулятор «молекула → клетка»;
  • консольный и веб‑доступ (1–2 страницы).

Выходные данные:

  • траектории (CSV, ≤ 10 МБ/симуляция);
  • графики популяций (PNG);
  • отчёты (PDF, 1 страница).

4. Функциональные требования

4.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    2 типа взаимодействий (притяжение/отталкивание);
    расчёт по упрощённым формулам (без силовых полей).
  • Организменный уровень:
    1–2 метаболических пути (символьные реакции);
    генетика: мутации (вероятность 0,1 %), отбор по размеру.
  • Экосистемный уровень:
    1 ниша;
    1 параметр среды (температура, const).

4.2. Инфраструктура

  • Масштабируемость: до 500 агентов.
  • Хранение:
    локальный диск — 100 ГБ (достаточно на срок проекта);
    CSV/TXT для данных.
  • Визуализация:
    статические графики (Matplotlib);
    HTML‑страница с результатом.

4.3. Интеграции и API

  • Данные: ввод параметров в конфиг‑файле (config.json).
  • Вычисления: личный ПК исполнителя (без сервера).
  • Экспорт: CSV, PNG, простой PDF.

4.4. Валидация и репродуцируемость

  • Тестирование: визуальная проверка выходных файлов.
  • Репродуцируемость:
    README.md с инструкциями;
    requirements.txt для зависимостей.

5. Технические требования

  • Производительность: ≥ 0,1 ТФЛОПС (на пике).
  • Надёжность: RPO < 1 месяц, RTO < 1 неделя (ручное восстановление).
  • Безопасность: не требуется.
  • Совместимость: Windows/Linux, Python 3.9+.

6. Ограничения

  • Бюджет: ≤ 5 млн руб. за 3 года.
  • Сроки:
    фаза 1 (подготовка) — 3 месяца;
    фаза 2 (разработка + тестирование) — 27 месяцев.
  • Данные: синтетические наборы (без доступа к NCBI/Ensembl).

7. Процесс приёмки

  1. Этап 1 (3 месяца):
    настройка окружения;
    реализация базового движка;
    тестовая симуляция (100 агентов).
  2. Этап 2 (27 месяцев):
    симуляция 3 видов (500 агентов);
    веб‑интерфейс и экспорт данных;
    документация.

Критерии успеха:

  • скрипт запускается на ПК с 8 ГБ ОЗУ;
  • выходные файлы читаемы;
  • график строится без ошибок.

8. Смета проекта (детализированная, в руб.)

8.1. Аппаратные ресурсы

  • Личный ПК исполнителя (использование существующего) — 0 руб.
  • Внешний HDD 1 ТБ (резервное копирование) — 9 900 руб. (единовременно).

8.2. Программное обеспечение

  • Открытое ПО (Python, Matplotlib, Flask) — 0 руб.
  • Доменное имя + хостинг (1 год) — 1 200 руб./год.

8.3. Человеческие ресурсы

  • Разработчик (0,5 ставки) — 40 000 руб./мес. (480 000 руб./год).
  • Научный консультант (0,1 ставки) — 8 000 руб./мес. (96 000 руб./год).

8.4. Данные и интеграции

  • Синтетические данные (подготовка) — 5 000 руб. (единовременно).
  • Тестирование (самостоятельное) — 0 руб.

8.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (10 % от суммы) — 50 000 руб.

Итоговая смета

  • Единовременные затраты: 14 900 руб. (HDD + данные + резерв).
  • Ежегодные затраты: 577 200 руб. (зарплата + хостинг).
  • Общая стоимость за 3 года: 1 746 500 руб. (< 5 млн руб.).

9. Приложения

  • README.md (инструкция по запуску).
  • config.json (пример конфигурации).
  • sample_output.csv (пример данных).
  • screenshot.png (пример графика).

Ключевые меры по удешевлению (с детализацией до 1–99 тыс. руб.):

  1. Аппаратура:
    использование личного ПК (0 руб.);
    внешний HDD 1 ТБ — 9 900 руб.
  2. ПО:
    только открытое ПО (0 руб.);
    дешёвый хостинг — 1 200 руб./год.
  3. Команда:
    1 разработчик на 0,5 ставки — 40 000 руб./мес.;
    консультант на 0,1 ставки — 8 000 руб./мес.
  4. Данные:
    синтетические наборы — 5 000 руб. (единовременно).
  5. Инфраструктура:
    локальное хранение (100 ГБ);
    нет облачных затрат.
  6. Визуализация:
    статические графики (Matplotlib);
    1 HTML‑страница.
  7. Тестирование:
    ручная проверка выходных файлов.
  8. Документация:
    README.md и примеры файлов (0 руб.).
  9. Резерв:
    50 000 руб. (10 % от общей суммы).

Переписанные с целью ещё большего удешевления ТЗ и смета в рублях. Удешевление за счёт более детальной проработки некоторых отдельных деталей проекта до 1 - 20 - 333 - 441 - 1432 - 11236 - 120110 и т.п. рублей в отдельных частях таблиц.

Техническое задание (сверхэкономичная версия): эмуляция базовых молекулярно‑эволюционных процессов

Валюта — рубли РФ

1. Общие сведения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: Лайт».
  • Заказчик: [указать организацию].
  • Исполнитель: [указать исполнителя].
  • Срок реализации: 2 года (2 фазы).
  • Дата составления ТЗ: 2025‑11‑17.

2. Цели проекта

Создать минимальный рабочий прототип для:

  • демонстрации принципа «молекулярных столкновений»;
  • симуляции упрощённой эволюции 1–2 модельных видов;
  • вывода базовых популяционных данных.

3. Описание конечного результата

Ядро системы — единый Python‑скрипт с консольным интерфейсом:

  • алгоритм «шариков с силами» (притяжение/отталкивание);
  • генетический модуль (только мутации);
  • экспорт данных в текстовый формат.

Выходные данные:

  • лог‑файл координат и состояний (TXT, ≤ 1 МБ);
  • график роста популяции (PNG);
  • краткий отчёт (TXT).

4. Функциональные требования (с детализацией затрат)

4.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    1–2 типа взаимодействий (упрощённые формулы);
    расчёт на массивах NumPy (без внешних MD‑библиотек).
  • Организменный уровень:
    1 метаболический путь (2 реакции);
    генетика: мутации (вероятность 0,05 %).
  • Экосистемный уровень:
    фиксированные параметры (температура = const).

Затраты на разработку модуля: 11 236 руб. (оплата труда разработчика за 40 часов).

4.2. Инфраструктура

  • Масштабируемость: до 100 агентов.
  • Хранение:
    локальный диск (встроенный);
    TXT/CSV для данных (без БД).
  • Визуализация:
    статический график (Matplotlib, 1 фигура);
    консольный вывод.

Затраты на ПО и хранение: 0 руб. (использование встроенного диска и открытого ПО).

4.3. Интеграции и API

  • Данные: ввод параметров в коде (constants.py).
  • Вычисления: личный ПК исполнителя.
  • Экспорт: TXT, PNG.

Затраты на интеграцию: 333 руб. (доменное имя для публикации результатов на 1 год).

4.4. Валидация и репродуцируемость

  • Тестирование: визуальная проверка логов и графиков.
  • Репродуцируемость:
    README.md (инструкция);
    requirements.txt (список зависимостей).

Затраты на документацию: 441 руб. (оформление README и примеров).

5. Технические требования

  • Производительность: ≥ 0,01 ТФЛОПС (на пике).
  • Надёжность: RPO < 1 месяц, RTO < 1 неделя.
  • Безопасность: не требуется.
  • Совместимость: Windows/Linux, Python 3.9+.

6. Ограничения

  • Бюджет: ≤ 100 000 руб. за 2 года.
  • Сроки:
    фаза 1 (подготовка) — 1 месяц;
    фаза 2 (разработка + тестирование) — 23 месяца.
  • Данные: синтетические наборы (без внешних источников).

7. Процесс приёмки

  1. Этап 1 (1 месяц):
    настройка окружения;
    реализация базового движка;
    тестовая симуляция (50 агентов).
  2. Этап 2 (23 месяца):
    симуляция 1–2 видов (100 агентов);
    вывод графиков и логов;
    документация.

Критерии успеха:

  • скрипт запускается на ПК с 4 ГБ ОЗУ;
  • лог‑файл содержит координаты и состояния;
  • график строится без ошибок.

8. Смета проекта (детализированная, в руб.)

8.1. Аппаратные ресурсы

  • Личный ПК исполнителя — 0 руб.
  • USB‑накопитель 16 ГБ (резервное копирование) — 200 руб. (единовременно).

8.2. Программное обеспечение

  • Открытое ПО (Python, NumPy, Matplotlib) — 0 руб.
  • Хостинг для публикации результатов (1 год) — 333 руб.

8.3. Человеческие ресурсы

  • Разработчик (0,1 ставки, 4 часа/неделю) — 1 000 руб./мес. (12 000 руб./год).

8.4. Данные и интеграции

  • Синтетические данные (подготовка) — 1 000 руб. (единовременно).
  • Тестирование — 0 руб. (самостоятельное).

8.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (10 % от суммы) — 1 432 руб.

Итоговая смета

  • Единовременные затраты: 2 965 руб. (USB + данные + хостинг + резерв).
  • Ежегодные затраты: 12 000 руб. (зарплата).
  • Общая стоимость за 2 года: 36 965 руб. (< 100 000 руб.).

9. Приложения

  • README.md (инструкция по запуску, 441 руб.).
  • constants.py (пример конфигурации).
  • sample_log.txt (пример лога).
  • sample_plot.png (пример графика).

Ключевые меры по удешевлению (с детализацией до 1–12 010 руб.):

  1. Аппаратура:
    личный ПК (0 руб.);
    USB‑накопитель 16 ГБ — 200 руб.
  2. ПО:
    только открытое ПО (0 руб.);
    дешёвый хостинг — 333 руб./год.
  3. Команда:
    1 разработчик на 0,1 ставки — 1 000 руб./мес. (12 000 руб./год).
  4. Данные:
    синтетические наборы — 1 000 руб. (единовременно).
  5. Инфраструктура:
    локальное хранение (встроенный диск);
    нет облачных затрат.
  6. Визуализация:
    статический график (Matplotlib);
    консольный вывод.
  7. Тестирование:
    ручная проверка логов и графиков (0 руб.).
  8. Документация:
    README.md и примеры файлов — 441 руб.
  9. Резерв:
    1 432 руб. (10 % от общей суммы).
  10. Прочие расходы:
    доменное имя — 333 руб.;
    оформление примеров — 441 руб.

Переписанные с целью ещё большего удешевления ТЗ и смета в рублях. Удешевление за счёт более детальной проработки некоторых отдельных деталей проекта до мельчайших единиц ( 1 - 20 - 333 - 441 - 1432 - 11236 - 120110 - цифры приведены для примера а не для точного применения в данном промте) рублей в отдельных частях таблиц.

Техническое задание (минимальная реализация): эмуляция базовых молекулярно‑эволюционных процессов

Валюта — рубли РФ

1. Общие сведения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: Базовый модуль».
  • Заказчик: [указать организацию].
  • Исполнитель: [указать исполнителя].
  • Срок реализации: 1 год (2 фазы).
  • Дата составления ТЗ: 2025‑11‑17.

2. Цели проекта

Создать минимальный прототип для:

  • демонстрации принципа «молекулярных столкновений»;
  • симуляции упрощённой эволюции 1 модельного вида;
  • вывода базовых популяционных данных в текстовом формате.

3. Описание конечного результата

Ядро системы — единый Python‑скрипт (≤ 500 строк):

  • алгоритм «шариков с силами» (притяжение/отталкивание);
  • генетический модуль (только мутации);
  • экспорт данных в TXT.

Выходные данные:

  • лог‑файл координат (TXT, ≤ 500 КБ);
  • краткий отчёт о популяции (TXT).

4. Функциональные требования (с детализацией затрат)

4.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    1 тип взаимодействия (упрощённая формула);
    расчёт на списках Python (без NumPy).
  • Организменный уровень:
    1 метаболическая реакция;
    генетика: мутации (вероятность 0,01 %).
  • Экосистемный уровень:
    фиксированные параметры (температура = const).

Затраты на разработку: 4 410 руб. (20 часов работы разработчика).

4.2. Инфраструктура

  • Масштабируемость: до 50 агентов.
  • Хранение:
    локальный диск (встроенный);
    TXT для данных.
  • Визуализация:
    консольный вывод (print).

Затраты на инфраструктуру: 0 руб.

4.3. Интеграции и API

  • Данные: параметры в коде (constants.py).
  • Вычисления: личный ПК исполнителя.
  • Экспорт: TXT.

Затраты на интеграцию: 33 руб. (доменное имя для публикации результатов на 1 месяц).

4.4. Валидация и репродуцируемость

  • Тестирование: визуальная проверка логов.
  • Репродуцируемость:
    README.txt (3 предложения);
    requirements.txt (1 строка).

Затраты на документацию: 20 руб. (оформление README).

5. Технические требования

  • Производительность: ≥ 0,001 ТФЛОПС.
  • Надёжность: RPO < 1 квартал, RTO < 1 неделя.
  • Безопасность: не требуется.
  • Совместимость: Windows/Linux, Python 3.8+.

6. Ограничения

  • Бюджет: ≤ 20 000 руб. за 1 год.
  • Сроки:
    фаза 1 (подготовка) — 2 недели;
    фаза 2 (разработка + тестирование) — 10 месяцев.
  • Данные: синтетические наборы (вручную в коде).

7. Процесс приёмки

  1. Этап 1 (2 недели):
    настройка окружения;
    реализация базового движка;
    тестовая симуляция (20 агентов).
  2. Этап 2 (10 месяцев):
    симуляция 1 вида (50 агентов);
    вывод логов;
    документация.

Критерии успеха:

  • скрипт запускается на ПК с 2 ГБ ОЗУ;
  • лог‑файл содержит координаты и состояния;
  • нет критических ошибок при запуске.

8. Смета проекта (детализированная, в руб.)

8.1. Аппаратные ресурсы

  • Личный ПК исполнителя — 0 руб.
  • USB‑накопитель 8 ГБ (резервное копирование) — 110 руб. (единовременно).

8.2. Программное обеспечение

  • Открытое ПО (Python) — 0 руб.
  • Хостинг для публикации результатов (1 месяц) — 33 руб.

8.3. Человеческие ресурсы

  • Разработчик (0,05 ставки, 2 часа/неделю) — 500 руб./мес. (6 000 руб./год).

8.4. Данные и интеграции

  • Синтетические данные (подготовка) — 100 руб. (единовременно).
  • Тестирование — 0 руб. (самостоятельное).

8.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (10 % от суммы) — 624 руб.

Итоговая смета

  • Единовременные затраты: 867 руб. (USB + данные + хостинг + резерв).
  • Ежегодные затраты: 6 000 руб. (зарплата).
  • Общая стоимость за 1 год: 6 867 руб. (< 20 000 руб.).

9. Приложения

  • README.txt (инструкция, 20 руб.).
  • constants.py (пример конфигурации).
  • sample_log.txt (пример лога).

Ключевые меры по удешевлению (с детализацией до 1–6 000 руб.):

  1. Аппаратура:
    личный ПК (0 руб.);
    USB‑накопитель 8 ГБ — 110 руб.
  2. ПО:
    только Python (0 руб.);
    дешёвый хостинг — 33 руб./месяц.
  3. Команда:
    1 разработчик на 0,05 ставки — 500 руб./мес. (6 000 руб./год).
  4. Данные:
    синтетические наборы — 100 руб. (единовременно).
  5. Инфраструктура:
    локальное хранение;
    нет облачных затрат.
  6. Визуализация:
    консольный вывод (print);
    нет графиков.
  7. Тестирование:
    ручная проверка логов (0 руб.).
  8. Документация:
    README.txt — 20 руб.;
    примеры файлов — 0 руб.
  9. Резерв:
    624 руб. (10 % от общей суммы).
  10. Прочие расходы:
    доменное имя — 33 руб.;
    резервное копирование — 110 руб.

Переписанные с целью повышения разумности ТЗ и смета в рублях. Удешевление за счёт более детальной проработки некоторых отдельных деталей проекта до мельчайших единиц рублей в отдельных частях таблиц.

Техническое задание (оптимизированная экономичная версия): эмуляция молекулярно‑эволюционных процессов

Валюта — рубли РФ

1. Общие сведения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: Базовый контур».
  • Заказчик: [указать организацию].
  • Исполнитель: [указать исполнителя].
  • Срок реализации: 2 года (3 фазы).
  • Дата составления ТЗ: 2025‑11‑17.

2. Цели проекта

Создать работоспособный прототип для:

  • демонстрации базовых молекулярных взаимодействий;
  • симуляции эволюции 2–3 модельных видов;
  • анализа популяционной динамики при фиксированных параметрах среды.

3. Описание конечного результата

Ядро системы — модульный Python‑проект (консольный + веб‑интерфейс):

  • упрощённый движок молекулярных взаимодействий;
  • генетический модуль (мутации + отбор);
  • симулятор «молекула → клетка»;
  • веб‑панель (1–2 страницы).

Выходные данные:

  • лог‑файлы координат (TXT/CSV);
  • отчёты о популяции (TXT/PDF);
  • графики динамики (PNG).

4. Функциональные требования (с детализацией затрат)

4.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    2–3 типа взаимодействий (притяжение/отталкивание, водородные связи);
    расчёт на NumPy‑массивах.
  • Организменный уровень:
    2 метаболических пути (4–5 реакций);
    генетика: мутации (0,1 %), отбор по выживаемости.
  • Экосистемный уровень:
    1–2 ниши;
    2 параметра среды (температура, влажность).

Затраты на разработку ядра: 11 236 руб. (48 часов работы разработчика).

4.2. Инфраструктура

  • Масштабируемость: до 1 000 агентов.
  • Хранение:
    локальный диск (встроенный);
    CSV для данных (без БД).
  • Визуализация:
    графики через Matplotlib (2–3 фигуры);
    консольный вывод и веб‑страница.

Затраты на инфраструктуру: 0 руб. (использование существующего оборудования).

4.3. Интеграции и API

  • Данные: параметры в config.json.
  • Вычисления: личный ПК/ноутбук исполнителя.
  • Экспорт: CSV, PNG, простой PDF (через ReportLab).

Затраты на интеграцию: 441 руб. (доменное имя + хостинг на 6 месяцев).

4.4. Валидация и репродуцируемость

  • Тестирование:
    сравнение с синтетическими данными;
    визуальная проверка логов.
  • Репродуцируемость:
    README.md (инструкция);
    requirements.txt (зависимости);
    bash‑скрипты запуска.

Затраты на документацию: 333 руб. (оформление документации и примеров).

5. Технические требования

  • Производительность: ≥ 0,1 ТФЛОПС.
  • Надёжность: RPO < 1 месяц, RTO < 1 неделя.
  • Безопасность: не требуется (данные не конфиденциальны).
  • Совместимость: Windows/Linux, Python 3.9+.

6. Ограничения

  • Бюджет: ≤ 100 000 руб. за 2 года.
  • Сроки:
    фаза 1 (подготовка) — 1 месяц;
    фаза 2 (разработка) — 11 месяцев;
    фаза 3 (тестирование + доработка) — 12 месяцев.
  • Данные: синтетические наборы + открытые источники (без платных API).

7. Процесс приёмки

  1. Этап 1 (1 месяц):
    настройка окружения;
    реализация базового движка;
    тестовая симуляция (100 агентов).
  2. Этап 2 (11 месяцев):
    симуляция 2–3 видов (500 агентов);
    веб‑интерфейс и экспорт данных;
    первичная валидация.
  3. Этап 3 (12 месяцев):
    оптимизация производительности;
    финальная документация;
    передача результатов.

Критерии успеха:

  • скрипт запускается на ПК с 4 ГБ ОЗУ;
  • выходные файлы читаемы и структурированы;
  • графики строятся без ошибок;
  • документация покрывает основные сценарии использования.

8. Смета проекта (детализированная, в руб.)

8.1. Аппаратные ресурсы

  • Личный ПК исполнителя — 0 руб.
  • Внешний HDD 1 ТБ (резервное копирование) — 3 490 руб. (единовременно).

8.2. Программное обеспечение

  • Открытое ПО (Python, NumPy, Matplotlib, Flask) — 0 руб.
  • Хостинг + доменное имя (1 год) — 1 200 руб.

8.3. Человеческие ресурсы

  • Разработчик (0,2 ставки, 8 часов/неделю) — 2 000 руб./мес. (24 000 руб./год).
  • Консультант‑биолог (0,05 ставки, 2 часа/неделю) — 500 руб./мес. (6 000 руб./год).

8.4. Данные и интеграции

  • Синтетические данные (подготовка) — 500 руб. (единовременно).
  • Тестирование — 0 руб. (самостоятельное).

8.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (10 % от суммы) — 3 149 руб.

Итоговая смета

  • Единовременные затраты: 8 739 руб. (HDD + данные + хостинг + резерв).
  • Ежегодные затраты: 30 000 руб. (зарплата).
  • Общая стоимость за 2 года: 68 739 руб. (< 100 000 руб.).

9. Приложения

  • README.md (инструкция по запуску и настройке, 333 руб.).
  • config.json (пример конфигурации).
  • sample_data.csv (пример входных данных).
  • sample_output.txt (пример лога).
  • sample_plot.png (пример графика).

Ключевые меры по удешевлению (с детализацией до 1–3490 руб.):

  1. Аппаратура:
    личный ПК (0 руб.);
    внешний HDD 1 ТБ — 3 490 руб.
  2. ПО:
    только открытое ПО (0 руб.);
    дешёвый хостинг + домен — 1 200 руб./год.
  3. Команда:
    разработчик (0,2 ставки) — 2 000 руб./мес. (24 000 руб./год);
    консультант (0,05 ставки) — 500 руб./мес. (6 000 руб./год).
  4. Данные:
    синтетические наборы — 500 руб. (единовременно);
    открытые источники (0 руб.).
  5. Инфраструктура:
    локальное хранение;
    нет облачных затрат (кроме хостинга).
  6. Визуализация:
    графики через Matplotlib (2–3 фигуры);
    веб‑страница (1–2 экрана).
  7. Тестирование:
    ручная проверка логов и графиков (0 руб.).
  8. Документация:
    README.md — 333 руб.;
    примеры файлов — 0 руб.
  9. Резерв:
    3 149 руб. (10 % от общей суммы).
  10. Прочие расходы:
    доменное имя + хостинг — 1 200 руб./год;
    резервное копирование — 3 490 руб.

Напиши вариант: Какие технологические решения и какие ресурсы могут понадобится для того, чтобы осуществить задачу примерно такого типа:
Дано:
"Большое количество виртуальных молекул" - сокращенно БКВМ представляют из себя некий виртуальный субстрат".
Тип задачи:
В БКВМ осуществляется эмуляция вариантов зарождения и развития всех внесённых в систему видов на планете Земля.
Переписанные с целью повышения разумности ТЗ и смета в рублях. Удешевление за счёт более детальной проработки некоторых отдельных деталей проекта до мельчайших единиц рублей в отдельных частях таблиц.

Техническое задание: эмуляция зарождения и развития биологических видов в виртуальном субстрате (БКВМ)

1. Общие положения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: Эволюция».
  • Срок реализации: 4 года.
  • Бюджет: ≤ 5 млн руб.
  • Формат: модульное ПО с поэтапным наращиванием функционала.

2. Цели и задачи

Цель: создать масштабируемую платформу для моделирования молекулярно‑эволюционных процессов.

Задачи:

  1. Реализовать базовый движок молекулярных взаимодействий.
  2. Разработать модуль генетических алгоритмов.
  3. Создать мультимасштабный симулятор («молекула → клетка → организм»).
  4. Обеспечить визуализацию и экспорт данных.

3. Технологические решения

3.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    упрощённый движок MD на Python (без внешних библиотек);
    3 типа взаимодействий (притяжение/отталкивание, водородные связи);
    расчёт на NumPy‑массивах.
  • Клеточный/организменный уровень:
    моделирование 5 метаболических путей (подмножество MetaCyc);
    генетические алгоритмы: мутации + отбор + ограниченная рекомбинация;
    поддержка 10 модельных видов (поэтапно).
  • Экосистемный уровень:
    ABM для 5 модельных ниш;
    3 параметра среды (температура, влажность, pH).

3.2. Инфраструктура

  • Масштабируемость: от 10³ до 10⁴ агентов.
  • Хранение:
    локальный диск (1 ТБ);
    CSV/JSON для промежуточных данных;
    SQLite для траекторий и популяций.
  • Визуализация:
    2D‑графики (Matplotlib, Plotly);
    веб‑панель на Flask (3–4 страницы).

3.3. Интеграции и API

  • Данные:
    доступ к NCBI/Ensembl через REST (кэширование);
    локальные копии ключевых наборов данных.
  • Вычисления:
    локальный ПК/сервер;
    опциональное использование облачных спотовых инстансов.
  • Экспорт:
    CSV, JSON, PDF;
    упрощённый API (1–2 эндпоинта).

3.4. Валидация и репродуцируемость

  • Тестирование:
    сравнение с эмпирическими данными для 3 видов;
    анализ чувствительности.
  • Репродуцируемость:
    Docker‑контейнер;
    bash‑скрипты для запуска;
    README.md с инструкциями.

4. Ресурсы и смета (в руб.)

4.1. Аппаратные ресурсы

  • ПК для разработки (использование существующего) — 0 руб.
  • Внешний HDD 1 ТБ (резервное копирование) — 3 490 руб. (единовременно).
  • Облачные спотовые инстансы (по необходимости) — 5 000 руб./год.

4.2. Программное обеспечение

  • Открытое ПО (Python, NumPy, Matplotlib, Flask, Docker) — 0 руб.
  • Хостинг + доменное имя (1 год) — 1 200 руб.

4.3. Человеческие ресурсы

  • Разработчик (0,5 ставки, 16 часов/неделю) — 4 000 руб./мес. (48 000 руб./год).
  • Биофизик/биоинформатик (0,2 ставки, 6 часов/неделю) — 2 000 руб./мес. (24 000 руб./год).
  • Менеджер‑координатор (0,1 ставки, 2 часа/неделю) — 1 000 руб./мес. (12 000 руб./год).

4.4. Данные и интеграции

  • Доступ к базам данных (NCBI/Ensembl, кэширование) — 2 000 руб./год.
  • Подготовка синтетических данных — 1 000 руб. (единовременно).

4.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (10 % от суммы) — 8 769 руб.

Итоговая смета

КатегорияЕдиновременные затраты (руб.)Ежегодные затраты (руб.)Аппаратные ресурсы3 4905 000ПО и хостинг1 2001 200Человеческие ресурсы084 000Данные и интеграции1 0002 000Резерв8 7690Итого14 45992 200

Общая стоимость за 4 года: 383 259 руб. (< 5 млн руб.).

5. Этапы реализации

Фаза 1 (6 месяцев)

  • подготовка инфраструктуры;
  • разработка базового движка MD;
  • валидация на синтетических данных (10³ агентов).

Затраты: 28 615 руб.

Фаза 2 (1,5 года)

  • прототип для 3 модельных видов;
  • симуляция 3 ниш;
  • веб‑интерфейс и базовые отчёты.
    Затраты: 138 300 руб.

Фаза 3 (2 года)

  • масштабирование до 10 видов и 5 ниш;
  • оптимизация производительности;
  • финальная документация.
    Затраты: 216 344 руб.

6. Критерии успеха

  1. Функциональность:
    скрипт запускается на ПК с 8 ГБ ОЗУ;
    выходные файлы читаемы и структурированы;
    графики строятся без ошибок.
  2. Точность:
    ошибка предсказания фенотипа < 25 % для 60 % тестов (этап 3).
  3. Производительность:
    время расчёта 1 года эволюции < 48 ч на локальном сервере (этап 2).
  4. Репродуцируемость:
    наличие Docker‑контейнера и инструкций.

7. Приложения

  • README.md (инструкция по запуску).
  • config.json (пример конфигурации).
  • sample_data.csv (пример входных данных).
  • sample_output.txt (пример лога).
  • sample_plot.png (пример графика).

8. Ключевые меры по удешевлению

  1. Открытое ПО: полный отказ от коммерческих лицензий.
  2. Компактная команда: 3 специалиста с перекрёстными компетенциями.
  3. Локальная инфраструктура: минимизация облачных затрат.
  4. Кэширование данных: снижение числа API‑запросов.
  5. Поэтапное масштабирование: старт с 3 видов, постепенный рост до 10.
  6. Упрощённая визуализация: 2D‑графики, базовая веб‑панель.
  7. Самостоятельное тестирование: минимизация затрат на валидацию.
  8. Резерв 10 %: покрытие непредвиденных расходов без превышения бюджета.

Напиши вариант: Какие технологические решения и какие ресурсы могут понадобится для того, чтобы осуществить задачу примерно такого типа:
Дано:
"Большое количество виртуальных молекул" - сокращенно БКВМ представляют из себя некий виртуальный субстрат".
Тип задачи:
В БКВМ осуществляется эмуляция вариантов зарождения и развития всех внесённых в систему видов на планете Земля.
Переписанные с целью повышения разумности ТЗ и смета в рублях. Удешевление за счёт более детальной проработки некоторых отдельных деталей проекта до мельчайших единиц рублей в отдельных частях таблиц. Напиши более реалистичные варианты реализации и расценки и особенно зарплаты.

Техническое задание: эмуляция зарождения и развития биологических видов в виртуальном субстрате (БКВМ)

1. Общие сведения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: Базовый контур».
  • Срок реализации: 3 года.
  • Бюджет: ≤ 1 500 000 руб.
  • Формат: модульное ПО с поэтапной реализацией функционала.

2. Цели и задачи

Цель: создать работоспособный прототип для моделирования молекулярно‑эволюционных процессов с возможностью масштабирования.

Задачи по этапам:

  1. Год 1: базовый движок молекулярных взаимодействий + симуляция 2–3 видов.
  2. Год 2: расширение до 5–7 видов + экосистемные параметры.
  3. Год 3: оптимизация и документирование.

3. Технологические решения

3.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    упрощённый движок MD на Python (без внешних библиотек);
    2 типа взаимодействий (притяжение/отталкивание);
    расчёт на встроенных списках Python (без NumPy).
  • Клеточный/организменный уровень:
    моделирование 2–3 метаболических путей (упрощённые реакции);
    генетические алгоритмы: мутации (0,1 %) + отбор;
    поддержка 3 модельных видов (E. coli, Arabidopsis, Drosophila).
  • Экосистемный уровень:
    ABM для 2 ниш;
    2 параметра среды (температура, влажность).

3.2. Инфраструктура

  • Масштабируемость: до 1 000 агентов.
  • Хранение:
    локальный диск (встроенный);
    CSV/TXT для данных (без БД);
    сжатие gzip для архивов.
  • Визуализация:
    консольный вывод;
    1–2 графика через Matplotlib (PNG);
    простая HTML‑страница (статический шаблон).

3.3. Интеграции и API

  • Данные: параметры в config.json (вручную).
  • Вычисления: личный ПК исполнителя.
  • Экспорт: CSV, PNG, простой TXT.

3.4. Валидация и репродуцируемость

  • Тестирование: визуальная проверка логов и графиков.
  • Репродуцируемость:
    README.md (инструкция);
    requirements.txt (зависимости);
    bash‑скрипты запуска (3–5 строк).

4. Ресурсы и смета (в руб.)

4.1. Аппаратные ресурсы

  • ПК исполнителя (использование существующего) — 0 руб.
  • USB‑накопитель 16 ГБ (резервное копирование) — 200 руб. (единовременно).
  • Внешний HDD 500 ГБ (архив) — 1 490 руб. (единовременно).

4.2. Программное обеспечение

  • Открытое ПО (Python, Matplotlib, Flask) — 0 руб.
  • Хостинг + доменное имя (1 год) — 900 руб.

4.3. Человеческие ресурсы (реалистичные ставки для РФ, 2025 г.)

  • Разработчик (0,2 ставки, 8 часов/неделю):
    ставка — 600 руб./час;
    месячный оклад — 9 600 руб. (8 часов × 4 недели × 600 руб.);
    годовой фонд — 115 200 руб.
  • Биоинформатик‑консультант (0,05 ставки, 2 часа/неделю):
    ставка — 800 руб./час;
    месячный оклад — 1 600 руб. (2 часа × 4 недели × 800 руб.);
    годовой фонд — 19 200 руб.
  • Технический писатель (разовые задачи, 10 часов/год):
    ставка — 500 руб./час;
    годовые затраты — 5 000 руб.

4.4. Данные и интеграции

  • Синтетические данные (подготовка) — 500 руб. (единовременно).
  • Тестирование — 0 руб. (самостоятельное).

4.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (15 % от суммы) — 21 000 руб.

Итоговая смета

КатегорияЕдиновременные затраты (руб.)Ежегодные затраты (руб.)Аппаратные ресурсы1 6900ПО и хостинг900900Человеческие ресурсы0139 400Данные и интеграции5000Резерв21 0000Итого24 090140 300

Общая стоимость за 3 года: 444 990 руб. (< 1 500 000 руб.).

5. Этапы реализации

Фаза 1 (4 месяца)

  • настройка окружения;
  • разработка базового движка MD;
  • тестовая симуляция (100 агентов).
    Затраты: 52 300 руб.

Фаза 2 (14 месяцев)

  • симуляция 3 видов (500 агентов);
  • веб‑интерфейс и экспорт данных;
  • первичная валидация.
    Затраты: 164 500 руб.

Фаза 3 (10 месяцев)

  • оптимизация производительности;
  • финальная документация;
  • передача результатов.
    Затраты: 228 190 руб.

6. Критерии успеха

  1. Функциональность:
    скрипт запускается на ПК с 4 ГБ ОЗУ;
    выходные файлы читаемы (CSV, PNG, TXT);
    графики строятся без ошибок.
  2. Точность:
    совпадение трендов с синтетическими данными (визуальная оценка).
  3. Производительность:
    время расчёта 1 года эволюции < 24 ч на ПК исполнителя.
  4. Репродуцируемость:
    наличие README.md и примеров запуска.

7. Приложения

  • README.md (инструкция по запуску).
  • config.json (пример конфигурации).
  • sample_data.csv (пример входных данных).
  • sample_output.txt (пример лога).
  • sample_plot.png (пример графика).

8. Ключевые меры по удешевлению

  1. Аппаратура: использование существующего ПК + дешёвые накопители.
  2. ПО: только открытое ПО (0 руб.).
  3. Команда: минимальные ставки и доли ставок (0,2–0,05).
  4. Инфраструктура: локальное хранение, нет облачных затрат.
  5. Данные: синтетические наборы + ручные параметры.
  6. Визуализация: консольный вывод + 1–2 графика.
  7. Тестирование: самостоятельная проверка (0 руб.).
  8. Документация: минимальный набор (README + примеры).
  9. Резерв: 15 % на непредвиденные расходы.
  10. Поэтапность: постепенное наращивание функционала.

Напиши вариант: Какие технологические решения и какие ресурсы могут понадобится для того, чтобы осуществить задачу примерно такого типа:
Дано:
"Большое количество виртуальных молекул" - сокращенно БКВМ представляют из себя некий виртуальный субстрат".
Тип задачи:
В БКВМ осуществляется эмуляция вариантов зарождения и развития всех внесённых в систему видов на планете Земля.
Переписанные с целью повышения разумности ТЗ и смета в рублях. Удешевление за счёт более детальной проработки некоторых отдельных деталей проекта до мельчайших единиц рублей в отдельных частях таблиц. Напиши более реалистичные варианты реализации и расценки и особенно зарплаты.

Техническое задание: эмуляция зарождения и развития биологических видов в виртуальном субстрате (БКВМ)

1. Общие положения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: Базовый контур».
  • Срок реализации: 3 года (36 месяцев).
  • Бюджет: 1 450 000 руб. (с резервом 10 %).
  • Формат: модульное ПО с поэтапной реализацией.

2. Цели и задачи

Цель: создать работоспособный прототип для моделирования молекулярно‑эволюционных процессов с возможностью масштабирования.

Задачи по этапам:

  1. Год 1 (месяцы 1–12):
    базовый движок молекулярных взаимодействий;
    симуляция 2–3 модельных видов;
    консольный интерфейс и простейшая визуализация.
  2. Год 2 (месяцы 13–24):
    расширение до 5–7 видов;
    добавление экосистемных параметров (температура, влажность);
    веб‑интерфейс с базовыми отчётами.
  3. Год 3 (месяцы 25–36):
    оптимизация производительности;
    документирование и упаковка решения;
    подготовка к передаче заказчику.

3. Технологические решения

3.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    упрощённый движок MD на чистом Python (без внешних библиотек);
    2 типа взаимодействий (притяжение/отталкивание);
    расчёт на встроенных списках (без NumPy).
  • Клеточный/организменный уровень:
    моделирование 2–3 метаболических путей (упрощённые реакции);
    генетические алгоритмы: мутации (0,1 %) + отбор по выживаемости;
    поддержка 3 модельных видов на старте (E. coli, Arabidopsis, Drosophila).
  • Экосистемный уровень:
    ABM для 2 ниш;
    2 параметра среды (температура, влажность).

3.2. Инфраструктура

  • Масштабируемость: до 1 000 агентов (этап 1), до 5 000 (этап 2).
  • Хранение:
    локальный диск (встроенный);
    CSV/TXT для данных (без БД);
    сжатие gzip для архивов.
  • Визуализация:
    консольный вывод (print);
    1–2 графика через Matplotlib (PNG);
    простая HTML‑страница (статический шаблон, 1–2 экрана).

3.3. Интеграции и API

  • Данные: параметры в config.json (вручную).
  • Вычисления: личный ПК исполнителя (без облачных сервисов).
  • Экспорт: CSV, PNG, простой TXT.

3.4. Валидация и репродуцируемость

  • Тестирование: визуальная проверка логов и графиков.
  • Репродуцируемость:
    README.md (инструкция, 1–2 страницы);
    requirements.txt (зависимости);
    bash‑скрипты запуска (3–5 строк).

4. Ресурсы и смета (в руб.)

4.1. Аппаратные ресурсы

  • ПК исполнителя (использование существующего) — 0 руб.
  • USB‑накопитель 16 ГБ (резервное копирование) — 200 руб. (единовременно).
  • Внешний HDD 1 ТБ (архив) — 3 490 руб. (единовременно).

4.2. Программное обеспечение

  • Открытое ПО (Python, Matplotlib, Flask) — 0 руб.
  • Хостинг + доменное имя (1 год) — 900 руб./год

4.3. Человеческие ресурсы (реалистичные ставки, 2025 г.)

  • Разработчик (0,3 ставки, 12 часов/неделю):
    ставка — 700 руб./час;
    месячный оклад — 16 800 руб. (12 ч × 4 нед × 700 руб.);
    годовой фонд — 201 600 руб.
  • Биоинформатик‑консультант (0,1 ставки, 4 часа/неделю):
    ставка — 900 руб./час;
    месячный оклад — 7 200 руб. (4 ч × 4 нед × 900 руб.);
    годовой фонд — 86 400 руб.
  • Технический писатель (разовые задачи, 20 часов/год):
    ставка — 600 руб./час;
    годовые затраты — 12 000 руб.

4.4. Данные и интеграции

  • Синтетические данные (подготовка) — 1 000 руб. (единовременно).
  • Тестирование — 0 руб. (самостоятельное).

4.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (10 % от суммы) — 30 000 руб.

Итоговая смета

КатегорияЕдиновременные затраты (руб.)Ежегодные затраты (руб.)Аппаратные ресурсы3 6900ПО и хостинг900900Человеческие ресурсы0300 000Данные и интеграции1 0000Резерв30 0000Итого35 590300 900

Общая стоимость за 3 года: 938 290 руб. (< 1 450 000 руб.).

5. Этапы реализации

Фаза 1 (месяцы 1–12)

  • настройка окружения;
  • разработка базового движка MD;
  • тестовая симуляция (100–500 агентов);
  • консольный интерфейс и 1–2 графика.
    Затраты: 313 763 руб.

Фаза 2 (месяцы 13–24)

  • расширение до 5–7 видов;
  • добавление экосистемных параметров;
  • веб‑интерфейс и экспорт данных;
  • первичная валидация.
    Затраты: 312 264 руб.

Фаза 3 (месяцы 25–36)

  • оптимизация производительности;
  • финальная документация;
  • упаковка решения и передача заказчику.
    Затраты: 312 263 руб.

6. Критерии успеха

  1. Функциональность:
    скрипт запускается на ПК с 4 ГБ ОЗУ;
    выходные файлы читаемы (CSV, PNG, TXT);
    графики строятся без ошибок.
  2. Точность:
    совпадение трендов с синтетическими данными (визуальная оценка).
  3. Производительность:
    время расчёта 1 года эволюции < 24 ч на ПК исполнителя.
  4. Репродуцируемость:
    наличие README.md и примеров запуска;
    возможность повторного запуска без дополнительных затрат.

7. Приложения

  • README.md (инструкция по запуску, 1–2 страницы).
  • config.json (пример конфигурации).
  • sample_data.csv (пример входных данных).
  • sample_output.txt (пример лога).
  • sample_plot.png (пример графика).

8. Ключевые меры по удешевлению

  1. Аппаратура: использование существующего ПК + дешёвые накопители.
  2. ПО: только открытое ПО (0 руб.).
  3. Команда: минимальные ставки и доли ставок (0,3–0,1).
  4. Инфраструктура: локальное хранение, нет облачных затрат.
  5. Данные: синтетические наборы + ручные параметры.
  6. Визуализация: консольный вывод + 1–2 графика.
  7. Тестирование: самостоятельная проверка (0 руб.).
  8. Документация: минимальный набор (README + примеры).
  9. Резерв: 10 % на непредвиденные расходы.
  10. Поэтапность: постепенное наращивание функционала.

Напиши вариант: Какие технологические решения и какие ресурсы могут понадобится для того, чтобы осуществить задачу примерно такого типа:
Дано:
"Большое количество виртуальных молекул" - сокращенно БКВМ представляют из себя некий виртуальный субстрат".
Тип задачи:
В БКВМ осуществляется эмуляция вариантов зарождения и развития всех внесённых в систему видов на планете Земля.
Переписанные с целью повышения разумности ТЗ и смета в рублях. Удешевление за счёт более детальной проработки некоторых отдельных деталей проекта до мельчайших единиц рублей в отдельных частях таблиц. Напиши более реалистичные варианты реализации и расценки и особенно зарплаты.

Техническое задание: эмуляция зарождения и развития биологических видов в виртуальном субстрате (БКВМ)

1. Общие сведения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: Базовый контур».
  • Срок реализации: 2 года (24 месяца).
  • Бюджет: 950 000 руб. (с резервом 10 %).
  • Формат: модульное ПО с поэтапной реализацией.

2. Цели и задачи

Цель: создать минимально жизнеспособный прототип для моделирования молекулярно‑эволюционных процессов с возможностью масштабирования.

Задачи по этапам:

  1. Этап 1 (месяцы 1–6):
    базовый движок молекулярных взаимодействий;
    симуляция 2 модельных видов;
    консольный интерфейс и простейшая визуализация.
  2. Этап 2 (месяцы 7–18):
    расширение до 5 видов;
    добавление экосистемных параметров;
    веб‑интерфейс с базовыми отчётами.
  3. Этап 3 (месяцы 19–24):
    оптимизация производительности;
    документирование;
    подготовка к передаче заказчику.

3. Технологические решения

3.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    упрощённый движок MD на чистом Python;
    2 типа взаимодействий (притяжение/отталкивание);
    расчёт на встроенных списках.
  • Клеточный/организменный уровень:
    моделирование 2 метаболических путей;
    генетические алгоритмы: мутации (0,1 %) + отбор;
    поддержка 2 модельных видов на старте (E. coli, Arabidopsis).
  • Экосистемный уровень:
    ABM для 1–2 ниш;
    2 параметра среды (температура, влажность).

3.2. Инфраструктура

  • Масштабируемость: до 1 000 агентов (этап 1), до 3 000 (этап 2).
  • Хранение:
    локальный диск;
    CSV/TXT для данных;
    сжатие gzip для архивов.
  • Визуализация:
    консольный вывод;
    1–2 графика через Matplotlib (PNG);
    простая HTML‑страница (статический шаблон).

3.3. Интеграции и API

  • Данные: параметры в config.json (вручную).
  • Вычисления: личный ПК исполнителя.
  • Экспорт: CSV, PNG, TXT.

3.4. Валидация и репродуцируемость

  • Тестирование: визуальная проверка логов и графиков.
  • Репродуцируемость:
    README.md (инструкция);
    requirements.txt (зависимости);
    bash‑скрипты запуска.

4. Ресурсы и смета (в руб.)

4.1. Аппаратные ресурсы

  • ПК исполнителя (использование существующего) — 0 руб.
  • USB‑накопитель 16 ГБ (резервное копирование) — 190 руб. (единовременно).
  • Внешний HDD 500 ГБ (архив) — 1 490 руб. (единовременно).

4.2. Программное обеспечение

  • Открытое ПО (Python, Matplotlib, Flask) — 0 руб.
  • Хостинг + доменное имя (1 год) — 850 руб./год

4.3. Человеческие ресурсы (реалистичные ставки, 2025 г.)

  • Разработчик (0,25 ставки, 10 часов/неделю):
    ставка — 650 руб./час;
    месячный оклад — 13 000 руб. (10 ч × 4 нед × 650 руб.);
    годовой фонд — 156 000 руб.
  • Биоинформатик‑консультант (0,08 ставки, 3 часа/неделю):
    ставка — 800 руб./час;
    месячный оклад — 4 800 руб. (3 ч × 4 нед × 800 руб.);
    годовой фонд — 57 600 руб.
  • Технический писатель (разовые задачи, 15 часов/год):
    ставка — 550 руб./час;
    годовые затраты — 8 250 руб.

4.4. Данные и интеграции

  • Синтетические данные (подготовка) — 900 руб. (единовременно).
  • Тестирование — 0 руб. (самостоятельное).

4.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (10 % от суммы) — 22 500 руб.

Итоговая смета

КатегорияЕдиновременные затраты (руб.)Ежегодные затраты (руб.)Аппаратные ресурсы1 6800ПО и хостинг850850Человеческие ресурсы0221 850Данные и интеграции9000Резерв22 5000Итого25 930222 700

Общая стоимость за 2 года: 471 330 руб. (< 950 000 руб.).

5. Этапы реализации

Этап 1 (месяцы 1–6)

  • настройка окружения;
  • разработка базового движка MD;
  • тестовая симуляция (100–300 агентов);
  • консольный интерфейс и 1–2 графика.
    Затраты: 157 165 руб.

Этап 2 (месяцы 7–18)

  • расширение до 5 видов;
  • добавление экосистемных параметров;
  • веб‑интерфейс и экспорт данных;
  • первичная валидация.
    Затраты: 157 082 руб.

Этап 3 (месяцы 19–24)

  • оптимизация производительности;
  • финальная документация;
  • упаковка решения и передача заказчику.
    Затраты: 157 083 руб.

6. Критерии успеха

  1. Функциональность:
    скрипт запускается на ПК с 4 ГБ ОЗУ;
    выходные файлы читаемы (CSV, PNG, TXT);
    графики строятся без ошибок.
  2. Точность:
    совпадение трендов с синтетическими данными (визуальная оценка).
  3. Производительность:
    время расчёта 1 года эволюции < 24 ч на ПК исполнителя.
  4. Репродуцируемость:
    наличие README.md и примеров запуска;
    возможность повторного запуска без дополнительных затрат.

7. Приложения

  • README.md (инструкция по запуску).
  • config.json (пример конфигурации).
  • sample_data.csv (пример входных данных).
  • sample_output.txt (пример лога).
  • sample_plot.png (пример графика).

8. Ключевые меры по удешевлению

  1. Аппаратура: использование существующего ПК + дешёвые накопители.
  2. ПО: только открытое ПО (0 руб.).
  3. Команда: минимальные ставки и доли ставок (0,25–0,08).
  4. Инфраструктура: локальное хранение, нет облачных затрат.
  5. Данные: синтетические наборы + ручные параметры.
  6. Визуализация: консольный вывод + 1–2 графика.
  7. Тестирование: самостоятельная проверка (0 руб.).
  8. Документация: минимальный набор (README + примеры).
  9. Резерв: 10 % на непредвиденные расходы.
  10. Поэтапность: постепенное наращивание функционала.

Напиши вариант: Какие технологические решения и какие ресурсы могут понадобится для того, чтобы осуществить задачу примерно такого типа:
Дано:
"Большое количество виртуальных молекул" - сокращенно БКВМ представляют из себя некий виртуальный субстрат".
Тип задачи:
В БКВМ осуществляется эмуляция вариантов зарождения и развития всех внесённых в систему видов на планете Земля.
Переписанные с целью повышения разумности ТЗ и смета в рублях. Удешевление за счёт более детальной проработки некоторых отдельных деталей проекта до мельчайших единиц рублей в отдельных частях таблиц. Напиши более реалистичные варианты реализации и расценки и особенно зарплаты.

Техническое задание: эмуляция зарождения и развития биологических видов в виртуальном субстрате (БКВМ)

1. Общие положения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: Базовый контур».
  • Срок реализации: 18 месяцев (1,5 года).
  • Бюджет: 650 000 руб. (с резервом 10 %).
  • Формат: модульное ПО с поэтапной реализацией.

2. Цели и задачи

Цель: создать минимально жизнеспособный прототип для моделирования молекулярно‑эволюционных процессов с возможностью масштабирования.

Задачи по этапам:

  1. Этап 1 (месяцы 1–6):
    базовый движок молекулярных взаимодействий;
    симуляция 2 модельных видов;
    консольный интерфейс и простейшая визуализация.
  2. Этап 2 (месяцы 7–12):
    расширение до 4 видов;
    добавление экосистемных параметров;
    веб‑интерфейс с базовыми отчётами.
  3. Этап 3 (месяцы 13–18):
    оптимизация производительности;
    документирование;
    подготовка к передаче заказчику.

3. Технологические решения

3.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    упрощённый движок MD на чистом Python (без внешних библиотек);
    2 типа взаимодействий (притяжение/отталкивание);
    расчёт на встроенных списках (без NumPy).
  • Клеточный/организменный уровень:
    моделирование 2 метаболических путей (упрощённые реакции);
    генетические алгоритмы: мутации (0,1 %) + отбор по выживаемости;
    поддержка 2 модельных видов на старте (E. coli, Arabidopsis).
  • Экосистемный уровень:
    ABM для 1–2 ниш;
    2 параметра среды (температура, влажность).

3.2. Инфраструктура

  • Масштабируемость: до 500 агентов (этап 1), до 2 000 (этап 2).
  • Хранение:
    локальный диск (встроенный);
    CSV/TXT для данных (без БД);
    сжатие gzip для архивов.
  • Визуализация:
    консольный вывод (print);
    1 график через Matplotlib (PNG);
    простая HTML‑страница (статический шаблон, 1 экран).

3.3. Интеграции и API

  • Данные: параметры в config.json (вручную).
  • Вычисления: личный ПК исполнителя (без облачных сервисов).
  • Экспорт: CSV, PNG, простой TXT.

3.4. Валидация и репродуцируемость

  • Тестирование: визуальная проверка логов и графиков.
  • Репродуцируемость:
    README.md (инструкция, 1 страница);
    requirements.txt (зависимости);
    bash‑скрипты запуска (3–5 строк).

4. Ресурсы и смета (в руб.)

4.1. Аппаратные ресурсы

  • ПК исполнителя (использование существующего) — 0 руб.
  • USB‑накопитель 8 ГБ (резервное копирование) — 120 руб. (единовременно).
  • Внешний HDD 500 ГБ (архив) — 1 390 руб. (единовременно).

4.2. Программное обеспечение

  • Открытое ПО (Python, Matplotlib, Flask) — 0 руб.
  • Хостинг + доменное имя (1 год) — 750 руб./год

4.3. Человеческие ресурсы (реалистичные ставки, 2025 г.)

  • Разработчик (0,2 ставки, 8 часов/неделю):
    ставка — 600 руб./час;
    месячный оклад — 9 600 руб. (8 ч × 4 нед × 600 руб.);
    годовой фонд — 115 200 руб.
  • Биоинформатик‑консультант (0,05 ставки, 2 часа/неделю):
    ставка — 750 руб./час;
    месячный оклад — 3 000 руб. (2 ч × 4 нед × 750 руб.);
    годовой фонд — 36 000 руб.
  • Технический писатель (разовые задачи, 10 часов/год):
    ставка — 500 руб./час;
    годовые затраты — 5 000 руб.

4.4. Данные и интеграции

  • Синтетические данные (подготовка) — 700 руб. (единовременно).
  • Тестирование — 0 руб. (самостоятельное).

4.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (10 % от суммы) — 15 000 руб.

Итоговая смета

КатегорияЕдиновременные затраты (руб.)Ежегодные затраты (руб.)Аппаратные ресурсы1 5100ПО и хостинг750750Человеческие ресурсы0156 200Данные и интеграции7000Резерв15 0000Итого17 960156 950

Общая стоимость за 1,5 года: 386 885 руб. (< 650 000 руб.).

5. Этапы реализации

Этап 1 (месяцы 1–6)

  • настройка окружения;
  • разработка базового движка MD;
  • тестовая симуляция (100–300 агентов);
  • консольный интерфейс и 1 график.
    Затраты: 128 928 руб.

Этап 2 (месяцы 7–12)

  • расширение до 4 видов;
  • добавление экосистемных параметров;
  • веб‑интерфейс и экспорт данных;
  • первичная валидация.
    Затраты: 128 979 руб.

Этап 3 (месяцы 13–18)

  • оптимизация производительности;
  • финальная документация;
  • упаковка решения и передача заказчику.
    Затраты: 128 978 руб.

6. Критерии успеха

  1. Функциональность:
    скрипт запускается на ПК с 4 ГБ ОЗУ;
    выходные файлы читаемы (CSV, PNG, TXT);
    график строится без ошибок.
  2. Точность:
    совпадение трендов с синтетическими данными (визуальная оценка).
  3. Производительность:
    время расчёта 1 года эволюции < 24 ч на ПК исполнителя.
  4. Репродуцируемость:
    наличие README.md и примеров запуска;
    возможность повторного запуска без дополнительных затрат.

7. Приложения

  • README.md (инструкция по запуску, 1 страница).
  • config.json (пример конфигурации).
  • sample_data.csv (пример входных данных).
  • sample_output.txt (пример лога).
  • sample_plot.png (пример графика).

8. Ключевые меры по удешевлению

  1. Аппаратура: использование существующего ПК + дешёвые накопители.
  2. ПО: только открытое ПО (0 руб.).
  3. Команда: минимальные ставки и доли ставок (0,2–0,05).
  4. Инфраструктура: локальное хранение, нет облачных затрат.
  5. Данные: синтетические наборы + ручные параметры.
  6. Визуализация: консольный вывод + 1 график.
  7. Тестирование: самостоятельная проверка (0 руб.).
  8. Документация: минимальный набор (README + примеры).
  9. Резерв: 10 % на непредвиденные расходы.
  10. Поэтапность: постепенное наращивание функционала.

Напиши вариант: Какие технологические решения и какие ресурсы могут понадобится для того, чтобы осуществить задачу примерно такого типа:
Дано:
"Большое количество виртуальных молекул" - сокращенно БКВМ представляют из себя некий виртуальный субстрат".
Тип задачи:
В БКВМ осуществляется эмуляция вариантов зарождения и развития всех внесённых в систему видов на планете Земля.
Переписанные с целью повышения разумности ТЗ и смета в рублях. Удешевление за счёт более детальной проработки некоторых отдельных деталей проекта до мельчайших единиц рублей в отдельных частях таблиц. Напиши более реалистичные варианты реализации и расценки и особенно зарплаты.

Техническое задание: эмуляция зарождения и развития биологических видов в виртуальном субстрате (БКВМ)

1. Общие сведения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: Базовый контур».
  • Срок реализации: 12 месяцев (1 год).
  • Бюджет: 500 000 руб. (с резервом 10 %).
  • Формат: модульное ПО с поэтапной реализацией.

2. Цели и задачи

Цель: создать минимально жизнеспособный прототип для моделирования молекулярно‑эволюционных процессов с возможностью масштабирования.

Задачи по этапам:

  1. Этап 1 (месяцы 1–4):
    базовый движок молекулярных взаимодействий;
    симуляция 1 модельного вида;
    консольный интерфейс и простейшая визуализация.
  2. Этап 2 (месяцы 5–8):
    расширение до 3 видов;
    добавление экосистемных параметров;
    веб‑интерфейс с базовыми отчётами.
  3. Этап 3 (месяцы 9–12):
    оптимизация производительности;
    документирование;
    подготовка к передаче заказчику.

3. Технологические решения

3.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    упрощённый движок MD на чистом Python;
    1 тип взаимодействия (притяжение/отталкивание);
    расчёт на встроенных списках.
  • Клеточный/организменный уровень:
    моделирование 1 метаболического пути;
    генетические алгоритмы: мутации (0,1 %) + отбор;
    поддержка 1 модельного вида на старте (E. coli).
  • Экосистемный уровень:
    ABM для 1 ниши;
    1 параметр среды (температура).

3.2. Инфраструктура

  • Масштабируемость: до 200 агентов (этап 1), до 1 000 (этап 2).
  • Хранение:
    локальный диск;
    CSV/TXT для данных;
    сжатие gzip для архивов.
  • Визуализация:
    консольный вывод;
    1 график через Matplotlib (PNG);
    простая HTML‑страница (статический шаблон).

3.3. Интеграции и API

  • Данные: параметры в config.json (вручную).
  • Вычисления: личный ПК исполнителя.
  • Экспорт: CSV, PNG, TXT.

3.4. Валидация и репродуцируемость

  • Тестирование: визуальная проверка логов и графиков.
  • Репродуцируемость:
    README.md (инструкция);
    requirements.txt (зависимости);
    bash‑скрипты запуска.

4. Ресурсы и смета (в руб.)

4.1. Аппаратные ресурсы

  • ПК исполнителя (использование существующего) — 0 руб.
  • USB‑накопитель 4 ГБ (резервное копирование) — 90 руб. (единовременно).
  • Внешний HDD 250 ГБ (архив) — 990 руб. (единовременно).

4.2. Программное обеспечение

  • Открытое ПО (Python, Matplotlib, Flask) — 0 руб.
  • Хостинг + доменное имя (1 год) — 600 руб./год

4.3. Человеческие ресурсы (реалистичные ставки, 2025 г.)

  • Разработчик (0,2 ставки, 8 часов/неделю):
    ставка — 550 руб./час;
    месячный оклад — 8 800 руб. (8 ч × 4 нед × 550 руб.);
    годовой фонд — 105 600 руб.
  • Биоинформатик‑консультант (0,05 ставки, 2 часа/неделю):
    ставка — 700 руб./час;
    месячный оклад — 2 800 руб. (2 ч × 4 нед × 700 руб.);
    годовой фонд — 33 600 руб.
  • Технический писатель (разовые задачи, 8 часов/год):
    ставка — 450 руб./час;
    годовые затраты — 3 600 руб.

4.4. Данные и интеграции

  • Синтетические данные (подготовка) — 500 руб. (единовременно).
  • Тестирование — 0 руб. (самостоятельное).

4.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (10 % от суммы) — 14 000 руб.

Итоговая смета

КатегорияЕдиновременные затраты (руб.)Ежегодные затраты (руб.)Аппаратные ресурсы1 0800ПО и хостинг600600Человеческие ресурсы0142 800Данные и интеграции5000Резерв14 0000Итого16 180143 400

Общая стоимость за 1 год: 306 980 руб. (< 500 000 руб.).

5. Этапы реализации

Этап 1 (месяцы 1–4)

  • настройка окружения;
  • разработка базового движка MD;
  • тестовая симуляция (50–150 агентов);
  • консольный интерфейс и 1 график.
    Затраты: 102 327 руб.

Этап 2 (месяцы 5–8)

  • расширение до 3 видов;
  • добавление экосистемных параметров;
  • веб‑интерфейс и экспорт данных;
  • первичная валидация.
    Затраты: 102 326 руб.

Этап 3 (месяцы 9–12)

  • оптимизация производительности;
  • финальная документация;
  • упаковка решения и передача заказчику.
    Затраты: 102 327 руб.

6. Критерии успеха

  1. Функциональность:
    скрипт запускается на ПК с 4 ГБ ОЗУ;
    выходные файлы читаемы (CSV, PNG, TXT);
    график строится без ошибок.
  2. Точность:
    совпадение трендов с синтетическими данными (визуальная оценка).
  3. Производительность:
    время расчёта 1 года эволюции < 24 ч на ПК исполнителя.
  4. Репродуцируемость:
    наличие README.md и примеров запуска;
    возможность повторного запуска без дополнительных затрат.

7. Приложения

  • README.md (инструкция по запуску).
  • config.json (пример конфигурации).
  • sample_data.csv (пример входных данных).
  • sample_output.txt (пример лога).
  • sample_plot.png (пример графика).

8. Ключевые меры по удешевлению

  1. Аппаратура: использование существующего ПК + дешёвые накопители.
  2. ПО: только открытое ПО (0 руб.).
  3. Команда: минимальные ставки и доли ставок (0,2–0,05).
  4. Инфраструктура: локальное хранение, нет облачных затрат.
  5. Данные: синтетические наборы + ручные параметры.
  6. Визуализация: консольный вывод + 1 график.
  7. Тестирование: самостоятельная проверка (0 руб.).
  8. Документация: минимальный набор (README + примеры).
  9. Резерв: 10 % на непредвиденные расходы.
  10. Поэтапность: постепенное наращивание функционала.

Напиши вариант: Какие технологические решения и какие ресурсы могут понадобится для того, чтобы осуществить задачу примерно такого типа:
Дано:
"Большое количество виртуальных молекул" - сокращенно БКВМ представляют из себя некий виртуальный субстрат".
Тип задачи:
В БКВМ осуществляется эмуляция вариантов зарождения и развития всех внесённых в систему видов на планете Земля.
Переписанные с целью повышения разумности ТЗ и смета в рублях. Удешевление за счёт более детальной проработки некоторых отдельных деталей проекта до мельчайших единиц рублей в отдельных частях таблиц. Напиши более реалистичные варианты реализации и расценки и особенно зарплаты.

Техническое задание: эмуляция зарождения и развития биологических видов в виртуальном субстрате (БКВМ)

1. Общие положения

  • Название проекта: «Биосфера‑симулятор: Базовый контур».
  • Срок реализации: 12 месяцев (1 год).
  • Бюджет: 450 000 руб. (с резервом 10 %).
  • Формат: модульное ПО с поэтапной реализацией.

2. Цели и задачи

Цель: создать минимально жизнеспособный прототип для моделирования молекулярно‑эволюционных процессов с возможностью масштабирования.

Задачи по этапам:

  1. Этап 1 (месяцы 1–4):
    базовый движок молекулярных взаимодействий;
    симуляция 1 модельного вида;
    консольный интерфейс и простейшая визуализация.
  2. Этап 2 (месяцы 5–8):
    расширение до 3 видов;
    добавление экосистемных параметров;
    веб‑интерфейс с базовыми отчётами.
  3. Этап 3 (месяцы 9–12):
    оптимизация производительности;
    документирование;
    подготовка к передаче заказчику.

3. Технологические решения

3.1. Ядро симуляции

  • Молекулярный уровень:
    упрощённый движок MD на чистом Python (без внешних библиотек);
    1 тип взаимодействия (притяжение/отталкивание);
    расчёт на встроенных списках (без NumPy).
  • Клеточный/организменный уровень:
    моделирование 1 метаболического пути (упрощённая реакция);
    генетические алгоритмы: мутации (0,1 %) + отбор по выживаемости;
    поддержка 1 модельного вида на старте (E. coli).
  • Экосистемный уровень:
    ABM для 1 ниши;
    1 параметр среды (температура).

3.2. Инфраструктура

  • Масштабируемость: до 100 агентов (этап 1), до 500 (этап 2).
  • Хранение:
    локальный диск (встроенный);
    CSV/TXT для данных (без БД);
    сжатие gzip для архивов.
  • Визуализация:
    консольный вывод (print);
    1 график через Matplotlib (PNG);
    простая HTML‑страница (статический шаблон, 1 экран).

3.3. Интеграции и API

  • Данные: параметры в config.json (вручную).
  • Вычисления: личный ПК исполнителя (без облачных сервисов).
  • Экспорт: CSV, PNG, простой TXT.

3.4. Валидация и репродуцируемость

  • Тестирование: визуальная проверка логов и графиков.
  • Репродуцируемость:
    README.md (инструкция, 0,5–1 страница);
    requirements.txt (зависимости);
    bash‑скрипты запуска (3–5 строк).

4. Ресурсы и смета (в руб.)

4.1. Аппаратные ресурсы

  • ПК исполнителя (использование существующего) — 0 руб.
  • USB‑накопитель 4 ГБ (резервное копирование) — 85 руб. (единовременно).
  • Внешний HDD 250 ГБ (архив) — 950 руб. (единовременно).

4.2. Программное обеспечение

  • Открытое ПО (Python, Matplotlib, Flask) — 0 руб.
  • Хостинг + доменное имя (1 год) — 550 руб./год

4.3. Человеческие ресурсы (реалистичные ставки, 2025 г.)

  • Разработчик (0,15 ставки, 6 часов/неделю):
    ставка — 500 руб./час;
    месячный оклад — 6 000 руб. (6 ч × 4 нед × 500 руб.);
    годовой фонд — 72 000 руб.
  • Биоинформатик‑консультант (0,03 ставки, 1,2 часа/неделю):
    ставка — 650 руб./час;
    месячный оклад — 1 560 руб. (1,2 ч × 4 нед × 650 руб.);
    годовой фонд — 18 720 руб.
  • Технический писатель (разовые задачи, 5 часов/год):
    ставка — 400 руб./час;
    годовые затраты — 2 000 руб.

4.4. Данные и интеграции

  • Синтетические данные (подготовка) — 450 руб. (единовременно).
  • Тестирование — 0 руб. (самостоятельное).

4.5. Непредвиденные расходы

  • Резерв (10 % от суммы) — 10 000 руб.

Итоговая смета

КатегорияЕдиновременные затраты (руб.)Ежегодные затраты (руб.)Аппаратные ресурсы1 0350ПО и хостинг550550Человеческие ресурсы092 720Данные и интеграции4500Резерв10 0000Итого12 03593 270

Общая стоимость за 1 год: 208 575 руб. (< 450 000 руб.).

5. Этапы реализации

Этап 1 (месяцы 1–4)

  • настройка окружения;
  • разработка базового движка MD;
  • тестовая симуляция (30–80 агентов);
  • консольный интерфейс и 1 график.
    Затраты: 69 525 руб.

Этап 2 (месяцы 5–8)

  • расширение до 3 видов;
  • добавление экосистемных параметров;
  • веб‑интерфейс и экспорт данных;
  • первичная валидация.
    Затраты: 69 525 руб.

Этап 3 (месяцы 9–12)

  • оптимизация производительности;
  • финальная документация;
  • упаковка решения и передача заказчику.
    Затраты: 69 525 руб.

6. Критерии успеха

  1. Функциональность:
    скрипт запускается на ПК с 4 ГБ ОЗУ;
    выходные файлы читаемы (CSV, PNG, TXT);
    график строится без ошибок.
  2. Точность:
    совпадение трендов с синтетическими данными (визуальная оценка).
  3. Производительность:
    время расчёта 1 года эволюции < 24 ч на ПК исполнителя.
  4. Репродуцируемость:
    наличие README.md и примеров запуска;
    возможность повторного запуска без дополнительных затрат.

7. Приложения

  • README.md (инструкция по запуску, 0,5–1 страница).
  • config.json (пример конфигурации).
  • sample_data.csv (пример входных данных).
  • sample_output.txt (пример лога).
  • sample_plot.png (пример графика).

8. Ключевые меры по удешевлению

  1. Аппаратура: использование существующего ПК + дешёвые накопители.
  2. ПО: только открытое ПО (0 руб.).
  3. Команда: минимальные ставки и доли ставок (0,15–0,03).
  4. Инфраструктура: локальное хранение, нет облачных затрат.
  5. Данные: синтетические наборы + ручные параметры.
  6. Визуализация: консольный вывод + 1 график.
  7. Тестирование: самостоятельная проверка (0 руб.).
  8. Документация: минимальный набор (README + примеры).
  9. Резерв: 10 % на непредвиденные расходы.
  10. Поэтапность: постепенное наращивание функционала.