Истоки нынешнего храма восходят к деревянной церкви Николы во Псарях, впервые упомянутой в летописных источниках в 1628 году. Название связано с переводом сюда государева псарного двора во второй половине XVII века. На протяжении своей истории приходская община неоднократно перемещалась в черте города, всякий раз перевозя с собой церковное здание. В начале 1920‑х годов храм подвергся разграблению. В 1929 году его существенно перестроили: - снесли колокольню и купол;
- вместо входного тамбура возвели монументальный портик (позднее частично изменённый). С конца 1920‑х до начала 1990‑х годов здание использовалось не по назначению: сначала как клуб, затем как детский дом культуры имени Павлика Морозова. Примечательно, что с 1939 по 1992 год соседний Нововаганьковский переулок также носил имя Павлика Морозова. В 1992 году правительство Москвы издало распоряжение о передаче здания и прилегающей территории Русской православной церкви. В ходе почти десятилетней реставрации храму вернули истор