История семьи Лыковых начинается с Карпа Осиповича, отца Агафьи, принадлежавшего к старообрядческому движению беспоповцев. Во времена церковного раскола крестьяне, бежавшие из Нижегородской губернии за Уральские горы, основали поселение Лыково на реке Исеть, притоке Тобола. Со временем некоторые ушли дальше вглубь Сибири. Братья Лыковы, Карп, Степан и Евдоким, родились в начале XX века в небольшой общине староверов в Хакасии. В 1929 году они вместе с семьями создали Кержацкую заимку на берегу реки Каир-су. Степан вскоре скончался от болезни, а Евдоким был убит "людьми в форме".
После трагических событий Карп, его жена Aкулина и двое детей, пятилетний Савин и двухлетняя Наталья, спасаясь от коллективизации, перебрались на Алтай, к реке Лебедь, где прожили до 1937 года. В этот год их обнаружили сотрудники НКВД. После встречи с ними Карп решает вернуться на заброшенную Кержакскую заимку.
В начале 1940-х годов Лыковы вновь ушли в глушь леса, а в 1946 году Карпа заметили топографы на реке Еринат. В 1948 году группа туристов повстречала старообрядцев, но вскоре они снова исчезли, почти на три десятилетия.
Агафья родилась 17 апреля 1944 года. Семья жила в тяжелых условиях: на таёжном огороде выращивали овощи, занимались сбором грибов и ягод. Мужчины ловили рыбу и ставили ловушки на животных из-за отсутствия огнестрельного оружия. В неурожайные годы вся семья голодала. В один из таких периодов умерла мать, Aкулина.
Одежду делали сами, используя конопляную ткань, сотканную на станке. Проблематичной оставалась обувь: в летнее время ходили босиком, зимой – в лаптях.
Карп обучил детей чтению, в основном религиозным книгам, а также молитвам. Агафья до сих пор следует отцовским заповедям.
Внимание к семье Лыковых привлекли геологи в 1978 году, обнаружив их жилище во время работы на Волковском месторождении руды. Экспедицией руководила Галина Письменская. Она описывала Карпа Лыкова как пожилого человека в ветхой одежде, босого и в залатанных штанах. Наталья и Агафья, увидев геологов, в ужасе упали на колени, полагая, что их постигло наказание за грехи. Чтобы не испугать женщин, геологи предпочли покинуть избу.
Письменская отмечала, что Карп жил с дочерьми, сыновья проживали отдельно. Позднее геологи повстречали и сыновей. Примечательно, что отшельники отказывались от предлагаемых угощений.
Широкую известность семье Лыковых принес журналист Василий Песков, посетивший их в 1982 году и написавший книгу «Таёжный тупик». К тому времени трое старших детей Лыковых скончались от пневмонии, вероятно, заразившись вирусом от многочисленных посетителей. Песков отмечал, что Карп и Агафья не брали пищу в дар, но были благодарны за вещи, такие как варежки, платки, ткани, швейные и столярные инструменты.
После смерти отца в 1988 году Агафья ушла в старообрядческий монастырь, приняла постриг, но жизнь среди людей не сложилась. Женщина вернулась в родную тайгу к реке Еринат, где и живет по сей день.
Отшельница продолжает заниматься огородом и хозяйством. Среди ее живности – козы, кошки и собаки.
В связи с преклонным возрастом Агафье Карповне помогают сотрудники заповедника, духовные наставники и студенты. В последние годы Лыковой помогают студенты Московского института радиотехники, электроники и автоматики — МИРЭА. Они обеспечивают Лыкову продуктами и заготавливают дрова на зиму.
Добраться до заимки можно по реке или на вертолете, если позволяют погодные условия. Для связи используется спутниковый телефон, которым Агафья Лыкова пользуется редко, посвящая свободное время молитвам.
В документальном фильме «Агафья» отшельницу спросили, не желает ли она переехать поближе к людям, в город.