После поражения Шиннока и гибели Куан Чи главнокомандующим армией ревенантов становится Шан Цзун. Он объединяет армию оживших мертвецов, к которой присоединяются Кун Лао, Страйкер, Кабал, Китана, Джейд, Ночной Волк, а также - перекованная душа Би Хана, переродившаяся в Нуб Сайбота. Поскольку после исчезновения Шиннока Сан-Доанский договор был расторгнут, колдун решает расширить Преисподнюю, присоединив королевство шоканов.
В это время Шао Кан планирует завоевание Земного Царства. Он направляет Эрмака, Милину, Рептилию и Кано, чтобы ослабить или убить защитников, пока армия таркатанов под командованием Бараки, армия кентавров под командованием Мотаро и армия наемников под командованием Рейко готовятся к вторжению.
В Земном Царстве из клана Лин Куэй сбегают два воина - Куай Лиен, принявший титул погибшего брата Саб-Зиро и Томаш Вбрада, взявший себе имя Смоук. За ними в погоню отправляют двух воинов - Сектора и Сайракса.
Скорпион, не пожелавший сражаться бок-обок с Би Ханом, покидает армию ревенантов, а Шан Цзун предлагает правящей королеве Эдении Синдел титул соправительницы Преисподней.
В разных частях Земного Царства открываются одновременно два портала. Из портала у ворот Шао Линя выходят Кано и посланцы Шао Кана, а у второго - в Гималаях - Скорпион.
Кано сразу бросает вызов Соне Блейд, но терпит поражение. Эрмак вступает в поединок с Джаксом, в котором побеждает и отрывает Джаксу руки. Джонни Кейдж вступает в поединок с Миланой, но проигрывает. Эрмак, Милина и Рептилия ступают в академию Ву Ши, где вступают в бой с Рейденом, Фуджином и Лю Каном. Рейдену удается победить Рептилию, а богам - Эрмака и Милину. Джакс снова отправляется на излечение, а Лю Кан отправляется искать новых воинов для защиты Земного Царства.
Скорпион видит нового Саб-Зиро, душа которого не запятнана, и дает себе клятву защищать его. Несколько раз, когда Сайракс почти настигает их со Смоуком, вмешивается Скорпион, и двум воинам Лин Куэй удается уйти.
При помощи колдовства Шан Цзун поднимает погибшего много лет назад принца Горо и провозглашает его правителем шоканов. Сторонники Шивы - нынешней королевы - отвергают претензии ожившего мертвеца на трон, но другие - признают его. Начинается гражданская война, где альянс Шан Цзуна и Синдел выступает на стороне Горо. Шао Кан вынужден вмешаться, направив туда армию таркатан для поддержки правящей королевы. Армия кентавров направляется в Земное Царство.
Лю Кан находит Куай Лиена, Томаша и Скорпиона, сражающихся против Сектора и Сайракса. Ракета Сектора попадает в Скорпиона и тот на какое-то время выбывает из боя. Куай Лиен пытается заморозить Сектора, но тот нейтрализует лед своим огнеметом. Сайракс ловит Смоука своей сетью и вырубает. В последний момент подоспевает бог огня и спасает воинов и залечивает их раны. Это также помогает Ханзо Хассаши вернуть рассудок и контроль над телом. Трое ниндзя присоединяются к защитникам Земного Царства.
В Земное Царство проникают ревенанты Кун Лао, Страйкера и Кабала, а также - Таня и Нуб Сайбот. Пока бог огня Лю Кан сражается с армией кентавров, Страйкер вступает в бой с Соней Блейд и побеждает ее, а усиленный магией Преисподней Кабал побеждает Джонни Кейджа. В поединке ревенант Кун Лао проигрывает Рейдену.
Нуб Сайбот вступает в бой со Скорпионом и проигрывает ему, а Таня сталкивается с Сектором и Сайраксом, преследующими Саб-Зиро и Смоука.
В королевство шоканов заходят призраки Китаны и Джейд, а также - Рейн. Со стороны Внешнего Мира кроме таркатан Шиву поддерживают Милина и Эрмак. Китана вступает в бой с Милиной, Джейд - с Баракой, а Рейн - с Эрмаком. Ревенанты побеждают во всех трех поединках, а призрак Горо убивает Шиву.
В это время в Земном Царстве Саб-Зиро и Смоук сталкиваются с Сектором и Сайраксом. Томаш проигрывает в поединке, а Куай Лиен побеждает их. Забрав бесчувственное тело Смоука, воины Лин Куэй отступают. Ханзо Хассаши и Куай Лиен успевают прийти на помощь Рейдену, сражающемуся против Страйкера и Кабала. Им удается победить ревенантов, когда подходит Лю Кан и залечивает раны. Богу огня удается снять проклятье со Страйкера, Кабала и Кун Лао. Однако, Соня и Джонни Кейдж погибают.
Во Внешнем Мире Шан Цзун и Синдел входят во дворец Шао Кана, где их встречает Рейко и его наемники. Ревенанты расправляются сначала с наемниками, затем - с Шао Каном. Трон Внешнего Мира занимает Синдел, становясь императрицей. Таркатаны присягают на верность Преисподней, а кентавры - отказываются. Также в подполье уходят Милина, нанятые ею Кано и Эррон Блэк, Рептилия и Эрмак.
Магистр клана Лин Куэй развертывает кибер-инициативу по превращению воинов в киборгов. Признавший свое несовершенство Сектор охотно соглашается, а беглого Смоука и начавшего сомневаться Сайракса превращают насильно, помещая им контролирующую программу. Их первым заданием становится поймать Саб-Зиро.
Над Земным Царством нависает новая угроза в лице альянса Шан Цзуна и Синдел.