Наряду с воздушными БПЛА все большее распространение получают различные подводные и надводные безэкипажные аппараты. Надводные безэкипажные катера могут охранять береговое пространство не только от вражеских плавсредств, но и против БПЛА и даже вертолетов и самолетов противника. В зависимости от вооружения могут быть и средством нападения на вражеские корабли прибрежную инфраструктуру.
Но самое массовое применение получили плавучие дроны камикадзе, которые могут нести тонну и более боевого взрывчатого вещества и способны нанести кораблям, мостам и другим гидротехническим сооружениям огромный ущерб. Самые распространенные украинские катера -камикадзе несут боезаряд в 860 кг, который существенен для самого крупного военного корабля.
Основной недостаток существующих беспилотных судов их малая скрытность и маневренность, а так же их слабая способность противостоять ветру и волнам. К тому же они имеют в основном плохую автономность и низкий уровень интеллекта, управляясь, как детские игрушки по радиосигналу.
Для уменьшения заметности разрабатываются различные полупогружные аппараты, основная часть которых находится под водой, а связь с внешним миром осуществляется с помощью телескопических антенн. В Китае например испытываю объект официально классифицируемый как «беспилотный полупогружной аппарат», новое судно предназначено для плавания в условиях плохой погоды, запуска зондирующих ракет и сбора важных данных об атмосфере и океане. Но оно может нести и боевые беспилотники и атаковать ими, даже находясь в подводном положении.
В мае 2025 года в Китае спустили на воду дрон с искусственным интеллектом Blue Whale («Синий кит»), высокоскоростной аппарат, способный развивать на поверхности скорость до 66 км/час. Может работать автономно в очень сложных океанских условиях. На борту располагаются метеорологические ракеты и беспилотники, которые могут быть и боевыми.
Дрон обладает длиной 11 метров и массой более 10 тонн.
В случае возникновения опасности от вражеских воздушных или надводных средств, а так же в случае тайфуна Blue Whale способен уходить под воду на глубину до 60 м. и находиться там продолжительное время. При этом может иметь связь как с подводными так и с наземными операторами.
Подводный беспилотник предназначен для скрытного сбора разведданных (в том числе над поверхностью моря), обнаружения подводных лодок и других подводных целей, сбора данных акустической разведки, поиска и обнаружения морских мин на морском дне.
Такую же роль должен играть, разрабатываемый Германией совместно с Израилем одноименный беспилотник AUV Blue Whale. Длина его составляет 10,9 м, диаметр — 1,12 м, а вес — 5,5 тонн. Аппарат предназначен для слежением за подводными лодками и надводными кораблями в Балтийском море, для обеспечения безопасности подводных кабелей и других коммуникаций.