После окончания Смутного времени для Русской православной церкви наступило время перемен, только обзавёдшаяся предстоятелем в чине патриарха, церковь должна была найти своё место в русском обществе и путь взаимоотношений с государственной властью. Патриархам Филарету и Иоасафу I было не до решения этих вопросов, им пришлось восстанавливать всё то, что было разрушено в годы Смутного времени и вся работа по определению места Русской православной церкви в мире пала на их преемника, Патриарха Московского и всея Руси Иосифа, правление которого ознаменовалось гигантской интеллектуальной работой.
О жизни патриарха Иосифа до его интронизации известно крайне мало, он родился где-то в XVI веке во Владимире и принадлежал к дворянскому роду Дьяковых. Как и для многих дворянских детей, будущему патриарху была уготована государственная служба, на которой он дошёл до ступени подключника Приказа Большого Дворца, но потом под влиянием брата, протоиерея Успенского собора во Владимире, постригся в монахи с именем Иосиф в Никитском монастыре близ Переяславля-Залесского, одном из старейших русских монастырей, игуменом которого он позже стал.
28 ноября 1640 года скоропостижно скончался Патриарх Московский и всея Руси Иоасаф I, был срочно созван Поместный собор, в котором принял участие и Иосиф, за год до этого ставший архимандритом московского Симонова монастыря, но патриарха не могли избрать целых полтора года, обсуждение кандидатур зашло в тупик и тогда было решено определить патриарха обычным для церкви способом решения затруднений - метанием жребия, который указал на архимандрита Иосифа, хиротония которого состоялась 27 марта 1642 года. Хотя избрание патриархом было для Иосифа громом среди ясного неба, он как нельзя лучше подходил для отведённой ему роли, доказав это поучением, написанным им в первые дни своего патриаршества, где содержался призыв ко всеобщему духовному оздоровлению, которому патриарх Иосиф способствовал всю жизнь. Его правление оказалось полно испытаний, в 1643 году на Русь обрушилась сильная засуха, массового голода удалось тогда избежать только благодаря патриарху Иосифу, который не только организовывал крестные ходы и молебны об избавлении от стихийного бедствия, но и открыл монастырские закрома, выдавая обездоленным крестьянам зерно и фураж, и списал с них все недоимки. В том же году патриарху пришлось проявить и свои интеллектуальные способности во время диспута с лютеранами-датчанами, которые путём династического брака пытались пропихнуть на русский престол королевича Вальдемара-Кристиана, незаконнорожденного сына короля Христиана IV. В итоге диспута патриарх Иосиф выставил лютеран на посмешище и между прочим добился выселения всех протестантов в Немецкую слободу, а сам Иосиф решил использовать как оружие духовного оздоровления общества просвещение, к которому он подошёл с большим размахом, один Московский печатный двор издавал 93 наименования книг, причём многотысячными тиражами, также в Москве при патриархе Иосифе пытались организовать школу греческие монахи, но их высокомерие и некомпетентность заставила патриарха Иосифа обратиться за помощь к митрополиту Киевскому Петру, который прислал в Москву 40 монахов, основавших в Андреевском монастыре Ртищевское училище, способствовал патриарх Иосиф и канонизации новых святых, и появлению новых церковных праздников, один из которых, день Казанской иконы Божьей Матери (4 ноября) стал в современной России государственным праздником.
Правление царя Алексея Михайловича, вступившего на престол в 1645 году стало временем тяжёлых испытаний для патриарха Иосифа, он безуспешно боролся с западными культурными веяниями и незаконной торговлей, лишив права на беспошлинную торговлю саму церковь, активно он участвовал в работе Земского собора 1649 года, а во время Соляного бунта в Москве и восстаний в Новгороде и Пскове лично вёл переговоры с восставшими, благодаря чему эти восстания окончились малой кровью, а по итогам последней своей поездки в Новгород патриарх Иосиф назвал царю имя своего преемника, местного митрополита Никона. 15 апреля 1652 года давно к тому времени болевший патриарх Иосиф скончался, перед этим перенеся в Успенский собор Московского Кремля мощи прославленного им в лике святых первого русского патриарха Иова, а всё его немногочисленное состояние пошло на помин его души.