Возвратившись из Великого посольства в 1698 году, Пётр I твёрдо уверился в необходимости коренных преобразований российского бытия, причём в первую очередь требовалось кардинально обновить армию и создать полноценный военный флот, однако достижение этих целей оказалось невозможным без серьёзной перестройки системы государственного управления и налоговых механизмов. К тому же царю приходилось преодолевать косность собственных подданных, поскольку представители всех сословий встречали нововведения крайне враждебно, что не раз выливалось в бунты и восстания, и именно это ожесточённое сопротивление во многом определило характер реформ — они проводились стремительно, без оглядки на общественное мнение, а новые порядки внедрялись зачастую принудительными методами. Пётр стремился переустроить Россию на началах рациональности, построив регулярное государство, где все стороны жизни оказались бы под жёстким контролем верховной власти, и, желая искоренить всё, что представлялось ему неразумным, он силой вёл народ к «общему благу», которое понималось прежде всего как процветание державы, её военное и экономическое могущество, поэтому существование и деятельность каждого человека должны были подчиняться этой идее: царь обязан управлять страной, дворяне — нести службу, крестьяне и горожане — трудиться, платить подати и поставлять рекрутов, а духовенство — отвечать за нравственное состояние паствы, и всё, что не вписывалось в расплывчатые рамки «рациональности», подлежало устранению. Образцом подобной рациональности для Петра служила армия с её чёткой и строго регламентированной иерархией, поэтому именно армейскую структуру взяли за основу при создании всех государственных учреждений, где нижестоящие чины должны были беспрекословно выполнять распоряжения вышестоящих начальников, однако если начальник нарушал закон, брал взятки или вредил государственным интересам, подчинённые обязаны были доносить на него в специальные инстанции. Стремление урегулировать мельчайшие вопросы жизни привело к активной законотворческой деятельности, причём нормативные акты, изначально регулировавшие функционирование вооружённых сил, нередко применялись и в других сферах, например, Воинский устав 1716 года касался вопросов армии, но использовался и при разбирательстве уголовных дел. Поначалу Пётр проводил реформы спонтанно, без чёткого долгосрочного плана, поскольку нововведения диктовались условиями военного времени, когда все усилия были брошены на победу над Швецией, и реформы концентрировались вокруг улучшения управления, сбора налогов и создания армии с флотом, однако к 1716 году, когда основные силы противника были разгромлены и победа стала очевидной, преобразования приобрели более планомерный и системный характер.
В сфере государственного управления Пётр I оставил после себя полностью преображённую систему, хотя она во многом отвечала нуждам военного времени, требовавшим огромных расходов и мобилизации населения, и первым делом необходимо было избавиться от Боярской думы, которая прежде играла важную роль при принятии политических решений, но царь, выросший вдали от двора в селе Преображенском, привык советоваться лишь с доверенными людьми, поэтому сразу после прихода к власти началось неуклонное снижение влияния Думы, и в 1711 году она окончательно прекратила своё существование. Вместо устаревших органов Пётр создавал новые: ещё в начале самостоятельного правления, часто отлучаясь из столицы, он назначал нескольких человек для коллегиального управления государством на время своего отсутствия, но эти назначения носили временный характер вплоть до 1711 года, когда, отправляясь в Прутский поход, он учредил Правительствующий сенат — высший государственный орган, назначавшийся царём и сосредоточивший в своих руках законодательные, исполнительные и судебные полномочия, причём круг его обязанностей не был чётко очерчен и включал судебные функции, распоряжение бюджетом, контроль над сбором налогов и многое другое, и хотя Пётр писал сенаторам, что «ныне уже всё у вас в руках», Сенат нисколько не ограничивал монаршую власть, а напротив, полностью зависел от государя, который сам назначал и смещал его членов, требовавших личной ответственности за проступки. В 1718–1721 годах громоздкую и неэффективную систему приказов, сложившуюся ещё в XV–XVI веках, заменили коллегиями, созданными по образцу шведских и немецких отраслевых органов, в основе которых лежали два главных принципа: разделение ведомственных функций — изначально было учреждено девять коллегий с чёткими сферами ответственности (впоследствии их число выросло до тринадцати, причём ключевыми стали Коллегия иностранных дел, Военная и Адмиралтейская коллегии, возглавленные Г. И. Головкиным, А. Д. Меншиковым и Ф. М. Апраксиным), и коллективное принятие решений, когда во главе каждой коллегии стоял президент, назначаемый Сенатом с учётом мнения императора, но не имевший права принимать постановления без согласия других членов, что вводилось для предотвращения самоуправства, однако на практике нередко приводило к долгим разногласиям и тормозило принятие решений. Коллегии заменили почти восемьдесят постоянных приказов и множество временных, хотя приказная система не исчезла мгновенно — многие приказы, такие как Сибирский и Малороссийский, существовали и во второй половине XVIII века как вспомогательные органы, а некоторые превратились в канцелярии, например Тайная канцелярия, при этом действовали и другие учреждения с близкими полномочиями, в частности, в 1720 году был учреждён Главный магистрат, который управлял Санкт-Петербургом и контролировал все прочие городские магистраты — выборные органы местного самоуправления городского населения, на которые возлагались задачи по учреждению магистратов в городах, снабжению их уставами, обеспечению правосудия, созданию полиции и развитию купечества и ремёсел.
Однако создать новые органы управления было недостаточно — необходимо было обеспечить их надлежащее функционирование, поскольку взяточничество, казнокрадство, кумовство и невежество процветали среди чиновников, и Пётр пытался если не искоренить, то хотя бы ограничить эти злоупотребления: в 1711 году была учреждена должность фискалов во главе с обер-фискалом, которые должны были доносить в Сенат о казнокрадстве, взятках, нарушениях общественного порядка и неправосудии, причём в случае уличения виновного половина штрафа шла фискалу, а вторая — в казну, и фискалы обладали практически неограниченными полномочиями, не неся ответственности за ложные доносы. Вскоре и сам Сенат, в отсутствие царя ставший почти независимым, был поставлен под контроль: в 1722 году учредили прокуратуру, призванную «уничтожить или ослабить зло, проистекающее из беспорядков в делах, неправосудия, взяточничества и беззакония», во главе с генерал-прокурором П. И. Ягужинским, которого император назвал «оком государевым»; генерал-прокурор следил, чтобы постановления Сената не противоречили законам, и ему подчинялись все фискалы и прокуроры, через которых он контролировал весь административный аппарат. Важнейшую роль играла тайная полиция, представленная Преображенским приказом и Тайной канцелярией, которые действовали параллельно и занимались расследованием государственных преступлений — заговоров против государя, измены, участия в бунтах, — и всё это относилось к ведению «Слова и дела государева».
Что касается дворянства, то создание новых органов управления требовало множества образованных чиновников, однако в России чиновничий аппарат только зарождался, чиновников было мало, а их образованность оставляла желать лучшего, и хотя дворянство считалось самым образованным сословием, его представители не желали идти на гражданскую службу, презирая её и предпочитая военную, а многие вовсе уклонялись от государственных дел, живя на доходы с поместий, и Пётр решил эту проблему решительно: в 1714 году вышел Указ о единонаследии, запрещавший дробление дворянских имений, поскольку наследником становился только старший сын, а младшие сыновья, оставшись без наследства, вынуждены были поступать на военную или гражданскую службу, чтобы содержать себя, к тому же указ окончательно ликвидировал различия между вотчинами и поместьями, превратив последние в частную собственность дворян, так что разница между боярским и дворянским землевладением исчезла. В 1722 году была введена Табель о рангах, покончившая с остатками местничества и регламентировавшая прохождение службы: каждый дворянин с пятнадцати лет определялся на гражданскую или военную службу, а вся система была разделена на четырнадцать классов, где четырнадцатый был низшим, и для достижения первого ранга необходимо было пройти все ступени снизу, причём знатность рода уже не имела значения — всё решали личные качества, ум, отвага, стремление к учёбе и преданность государю, поэтому даже самые незнатные могли достичь высших должностей, а социальный статус определялся не древней фамилией, а чином. Табель о рангах открывала путь к дворянству и «подлым» категориям граждан: чины с четырнадцатого по девятый давали личное дворянство без права передачи потомкам, а дослужившимся до восьмого чина полагалось потомственное дворянство, что пополнило ряды старой аристократии деятельными выходцами из низов, самым ярким примером чего стал А. Д. Меншиков, вышедший из простонародья и благодаря личным заслугам достигший высших постов и званий; при этом Табель предусматривала исключения для потомков царской крови, наказания для тех, кто занимал место выше своего ранга (штраф в размере двухмесячного жалованья, часть которого шла доносителю), а жёны чиновников и военных получали ранг, соответствующий чину мужа.
Административно-территориальная реформа, или учреждение губерний, проходила в несколько этапов: за образец взяли шведское деление, но адаптировали к российским реалиям — огромным пространствам, низкой плотности населения и ограниченным финансам, и в 1708 году вся страна была разделена на восемь губерний (Петербургскую, Московскую, Архангельскую, Смоленскую, Киевскую, Азовскую, Казанскую и Сибирскую) во главе с назначаемыми царём губернаторами, сосредоточившими в своих руках всю военную и гражданскую власть и отвечавшими за сбор налогов, набор рекрутов и исполнение повинностей; губернии делились на провинции с комендантами, которые подчинялись губернатору по военным вопросам, а Сенату — по гражданским, а провинции — на дистрикты во главе с земскими комиссарами. На Украине действовал особый порядок: после вхождения в состав России ею управляли выборные гетманы, но постепенно их власть ослабевала, и предательство Мазепы в 1708 году развязало Петру руки — новым гетманом стал лояльный Иван Скоропадский, за которым установили строгий надзор, а после его смерти в 1722 году гетман стал формальной фигурой, а реальное управление сосредоточилось в Малороссийской коллегии.
Подводя итоги петровских преобразований в области государственного управления, следует признать их во многом прогрессивный характер: старые учреждения были уничтожены и заменены новыми, отвечавшими духу времени, Россия превратилась в «регулярное государство» с чёткой структурой, где положение каждого человека было во многом предопределено, однако реформы вызывали сильное общественное сопротивление, что заставило Петра особое внимание уделить тайной полиции, получившей широчайшие полномочия и подчинявшейся лично царю. В результате преобразований произошло сплочение дворянства, ставшего единым сословием с общими правами и обязанностями и главной опорой самодержавия, из которого выходили офицерский корпус и чиновничество, при этом начал складываться бюрократический аппарат, и если прежде высшие эшелоны власти занимали потомки старинных боярских родов, то теперь императора окружали чиновники, чьё положение и материальное благополучие напрямую зависели от монарха. Опираясь на регулярную армию, чиновничий аппарат и полицейскую систему, Пётр I замкнул управление огромной империей на себе, так что ни один вопрос не мог быть решён без его ведома, и это привело к окончательному оформлению в России абсолютной монархии.