Сибайский институт был основан в 1998 году объединением филиалов БГПИ и БашГУ как филиал Башкирского государственного университета. Биологическое образование реализовывалось на кафедре естественных наук естественно-математического института. В 2000 году в целях подготовки специализированных кадров для науки, производства и образования региона кафедра была разделена на две кафедры: экологии и ботаники.
В этом году исполнилось 25 лет со дня основания кафедры ботаники. Организатором и первым заведующим кафедрой был проф. Ишбирдин А.Р. В разное время кафедрой ботаники (2000-2018 гг.) заведовали: проф. Ишбирдин А.Р. (2000-2004 гг.), доценты Суюндукова М.Б., ныне проф. (2004-2009 гг.), Муллабаева Э.З. (2009-2011 гг.), Суюндуков И.В. (2011 г.), Ильина И.В. (2011-2018 гг.).
Основными научными направлениями кафедры ботаники стали изучение биоразнообразия флоры и растительности Башкирского Зауралья, изучение популяций редких и ресурсных видов растений, разработка и апробация методов популяционной биологии растений для решения фундаментальных и прикладных задач.
Весь период работы кафедры с самого основания был связан с интенсивными экспедиционными выездами на учебные, производственные и преддипломные практики в районы Башкирского Зауралья и охраняемые территории горно-лесной зоны нашей республики: Башкирский государственный заповедник, Южно-Уральский государственный заповедник, государственный заповедник Шульган-Таш, национальный парк «Башкирия». Организовывались экспедиции для сбора материала диссертационных исследований и по темам научных грантов.
Студенты и преподаватели учились и работали с огромным энтузиазмом. Закладывались традиции кафедры – отмечали открытие и закрытие полевых сезонов, для специализирующихся по профилю «Ботаника» студентов проводили «Посвящение в ботаники», выпускались стенгазеты, проводились тематические вечера и многое другое.
Студенты под руководством наставников стали выезжать с докладами на научные конференции различного уровня – от молодежных до международных и Всероссийские популяционные семинары.Участие в представительных научных форумах, где студенты кафедры проводили апробации своих научных исследований, пробуждали у них интерес к занятию наукой.
Активная работа молодых преподавателей и студентов СИ БашГУ не осталась незамеченной в научном сообществе страны: было признано рождение молодой ботанической научной школы в Зауралье, а город Сибай был назван «Башкирским Тарту» (центр образования и науки в Эстонии). Признанием научных достижений кафедры в области популяционно-ботанических исследований было предложение провести в нашей республике IX Всероссийский популяционный семинар. В 2006 году в Уфе, на базе БашГУ был проведен популяционный семинар на тему «Особь и популяция – стратегии жизни», в организации которого приняли активное участие сотрудники и студенты из Сибая. Научный форум собрал около 120 очных участников.
В процессе поиска направлений исследований, дающих принципиально новые сведения о жизни растений, были разработаны оригинальные методы популяционных исследований, среди которых – позволяющие выявить неизвестные ранее проявления стратегий жизни растений.Эти сведения о биологии видов использованы при ведение Красной книги РБ (2011, 2021), соавторами которой являются Ишбирдин А.Р, Ишмуратова М.М, Суюндуков И.В и Ильина И.В.
На основе инновационных подходов и методологии предложена методика мониторинговых исследований редких видов на ООПТ. На территориях трех заповедников РБ более 25-ти лет коллективом воспитанников и преподавателей кафедры ботаники СИ БГУ ведутся мониторинговые исследования редких и ресурсных видов растений, которые нашли отражение в монографиях «Орхидеи Башкирского заповедника и сопредельных территорий», «Методы изучения популяций редких и ресурсных видов растений на охраняемых природных территориях Республики Башкортостан». Комплексные исследования редких и ресурсных растений на территориях ООПТ ведутся по единым методикам, формируется унифицированный банк данных для исследуемых видов, разрабатываются видовые стратегии охраны охраняемых и ресурсных видов на ООПТ и за их пределами.К настоящему времени эти методы получили широкое признание и прикладное использование в нашей стране и за рубежом(Азербайджан, Таджикистан, Узбекистан, Украина). По этим методикам проведены исследования и защищено около 60 кандидатских и докторских диссертаций в РБ, России и за ее пределами.
Проекты молодых ученых, направленных на сохранение биоразнообразия, получали поддержку грантами Президента РБ молодым ученым и молодым научным коллективам (Суюндуков И.В., Муллабаева Э.З., Барышникова Н.И., Ильина И.В., Кривошеев М.М., Мухаметшина Л.В.).
С огромной благодарностью и искренней признательностью сотрудники и выпускники кафедры вспоминают профессора Глотова Н.В. – инициатора и бессменного руководителя Всероссийских популяционных семинаров, профессоров Животовского Л.А., Безеля В.С., Гелашвили Д.Б. и многих других крупных ученых, благодаря поддержке которых в научных дискуссиях и обсуждениях развивались,популяризировались разработанные нами методы популяционных исследований растений.
Устанавливались тесные связи кафедры с научным сообществом страны: в г. Сибай и Зауралье стали приезжать специалисты из других регионов страны для проведения совместных экспедиций и учебных студенческих практик: проф. Егошина Т.Л. и к.б.н. Скопин А.Е. (ВНИИОЗ им. Б.М.Житкова, г. Киров); проф. Володин В.В. и к.б.н. Володина С.В. (КомиНЦ РАН, г. Сыктывкар); проф. Жуйкова Т.В. и к.б.н. Семенова О.В. (НТГСПА, г. Н. Тагил); проф. Некратова Н.А. (ТомГУ, г. Томск); к.б.н. Куликов П.В. (Ботанический сад УрО РАН, г. Екатеринбург); к.б.н. Захожий И. (КомиНЦ РАН, г. Сыктывкар) и др.
Особое внимание уделялось подготовке аспирантов и специалистов высшей категории. Первая защита кандидатской диссертации из числа выпускников кафедры Си БашГУ состоялась в 2002 г. (Суюндуков И.В.).
К настоящему времени из числа выпускников кафедры ботаники более 30 выпускников защитили кандидатские и две докторские диссертации по специальности ботаника и экология. Из них только сотрудниками Ишбирдиным А.Р. и Ишмуратовой М.М. подготовлены 1 доктор и 10 кандидатов биологических наук.
Выпускники внесли большой вклад в развитие ботаники, экологии и в дело охраны природы республики. В заповедниках РБ работали и работают выпускники кафедры ботаники СИ БашГУ: в Башкирском государственном заповеднике – зам. директора по науке к.б.н. Набиуллин М.И., к.б.н. Шамигулова А.С.; в Южно-Уральском государственном заповеднике – в.н.с., к.б.н. Барлыбаева М.Ш., в заповеднике «Шульган-Таш» - зам. директора по науке Кильдиярова Г.Н.Подготовленные в разные годы специалисты успешно работают в нашей республике и по всей России – в государственных бюджетных образовательных учреждениях, школах, лицеях и центрах дополнительного образования детей, вузах.
Научная школа «Разнообразие, популяционные и онтогенетические механизмы устойчивости, охрана, воспроизводство и рациональное использование растительных ресурсов» (научн. руков. проф., д.б.н. Ишбирдин А.Р.) (УУНиТ, ранее в БашГУ).
Научное направление (проф., д.б.н. Ишбирдин А.Р.,проф., д.б.н. Ишмуратова М.М.) – популяционная биология редких и ресурсных видов растений [Башкирская энциклопедия. Т.3, З-К. 2007. С. 229-230;