Новосибирские ученые создали программу, которая «читает» ДНК умнее и дешевле

Сотрудники Института цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук (ИЦиГ СО РАН), Новосибирского государственного университета (НГУ) и университета имени Мартина Лютера (Германия) создали уникальный программный комплекс для анализа геномных данных. Этот инструмент запатентован и готов к применению в различных областях биомедицины.

Комплекс позволяет по результатам всего одного эксперимента ChIP-seq выявлять пары мотивов в ДНК, на которые «садятся» белки-регуляторы, управляющие считыванием генетической информации. Такие белки почти всегда работают в паре или группе, и именно их взаимодействие определяет, будет ли ген включён или выключен.

Новый алгоритм значительно упрощает и удешевляет процесс поиска партнеров белков. Традиционно для этого требовалось проводить множество дорогостоящих и трудоемких экспериментов. Преимуществами нового метода является экономия времени и ресурсов, высокая точность и чувствительность, и широкий спектр применения.

Новый инструмент уже успешно протестирован на 164 реальных экспериментах и готов к использованию в различных областях биомедицинских исследований. Он может быть применен для изучения иммунного ответа, онкогенеза, регуляции клеточного цикла и других ключевых биологических процессов.

«Наш метод дает максимум информации из одного набора данных — это и экономия, и шаг вперёд в понимании регуляции генов», — отмечает старший научный сотрудник ИЦиГ СО РАН и НГУ Виктор Левицкий. Разработка особенно актуальна для исследователей, изучающих белок-белковые взаимодействия на ДНК, — теперь у них есть мощный инструмент для предварительного анализа без дополнительных затрат.