Генотипирование Транскриптомов), который позволяет одновременно отслеживать множество генетических мутаций и активность генов в отдельных раковых клетках.
Эта технология знаменует собой значительный шаг вперед по сравнению с предыдущими методами. Если ее предшественник, GoT, мог работать только со свежими или замороженными образцами тканей, то GoT-Multi способен анализировать образцы, законсервированные в парафине (FFPE - Formalin-Fixed Paraffin-Embedded), — самый распространенный тип биоматериала в патологоанатомических лабораториях мира.
«Эта технология дает нам существенно новую возможность ответить на важные вопросы о том, как развивается рак: от предраковых состояний до превращения в злокачественную опухоль и, наконец, до устойчивости к терапии», — поясняет соавтор исследования доктор Анна С. Нам.
Уникальность GoT-Multi проверили на примере хронического лимфолейкоза (CLL - Chronic Lymphocytic Leukemia), который трансформируется в агрессивную лимфому (Richter Transformation - Трансформация Рихтера). Ученые проанализировали десятки тысяч отдельных опухолевых клеток, отслеживая различные генные мутации и то, как эти мутации влияют на клеточные состояния (cell states) — одни клетки начинают быстрее расти, другие провоцируют воспаление.
Этот подход, известный как мульти-омика (multi-omics), позволяет получить комплексное представление о процессах в раковых клетках. Используя алгоритм UMAP (Uniform Manifold Approximation and Projection) для визуализации данных, исследователи смогли с беспрецедентной детализацией увидеть, как происходит злокачественное перерождение.
Исследователи уже применяют GoT-Multi для изучения большой группы терапирезистентных лимфом (therapy-resistant lymphomas). Ожидается, что полученные данные помогут в разработке новых терапевтических стратегий для борьбы с устойчивыми формами рака.