Экспозиция "Японский сад" расположена в восточной части Ботанического сада.
Памятные доски основателям сада Петру Ивановичу Лапину, Акиру Сигемицу и Кену Накадзиме находятся рядом с Чайным павильоном.
Японский сад была открыт для посетителей в 1987 году.
Архитектор павильонов и мостов Такео Адачи, управляющий японской строительной фирмой "Ватанабетоми", рабочие объединения "Закарпатлес", студенты-стройотрядовцы из Львова, сотрудники ботанического сада вместе формировали рельеф, сажали растения, возводили павильоны, ворота, мосты.
Семидесятитрёхлетний Кен Накадзима принимал активное участие в устройстве Японского сада.
Камни, которые стали основой сада, были привезены из карьера "Великий Берёзный" (Западная Украина).
Камень и вода являются признанными символами гармонии (Янь и Инь).
Техника расстановки камней в саду почти не изменилась за последние 1,5 тысячи лет: три трёхметровых хвойных бревна, тонкие стальные цепи и небольшая лебёдка - набор инструментов для установки камней весом до 3 тонн.
Каждый камень установлен на то место, которое определил мастер Накадзима.
Павильоны возводились на подготовленных фундаментах уже после того, как был сформирован рельеф и проложены дорожки.
После возведения павильонов была установлена тринадцатиярусная пагода периода Эдо, привезённая из Японии вместе с тремя каменными фонарями и чашей Цукубай. Пагода стала композиционным центром всего сада.
Камни пагоды не скреплены между собой, а держатся только за счёт собственного веса.