Венецианцы выстроили крепость в самой узкой части долины реки Коритница, чтобы перекрыть стратегически важный проход к перевалу. Первое укрепление, возведенное во второй половине 15 века, было деревянным.
В 1508 году, в результате войны между венецианцами и Каринтией, эти земли отошли последним, и вскоре уже Габсбурги перестраивают завоеванную крепость в камне. На протяжении последующих 2 веков крепость перестраивается и обновляется. Последняя реконструкция проводилась в 1797 году ввиду приближавшейся французской угрозы. Французы понесли большие потери при попытке захватить форт, но, в конце концов, они его взяли и разрушили. Руины форта стояли заброшенными на протяжении почти всего 19 века.
Свой нынешний вид Форт Клюже приобрел после реконструкции 1881-1882 годов. Форт получил имя Flitscher Klause / Bovške Kluže. Он должен был контролировать проход с юга из бассейна реки Бовец через перевал Предил во внутренние районы Австрийской империи.
Во время Первой Мировой войны, всего в паре десятков километров от форта Клюже, по реке Соча (Изонцо) проходила линия фронта. На протяжении двух с половиной лет тут шли кровопролитные бои между Австро-Венгрией и Италией за обладание Австрийским Приморьем (Юлийская Крайна). Всего насчитывается 12 сражений при Изонцо, победу в которых праздновала попеременно то одна, то другая сторона. Последняя, двенадцатая битва при Изонцо (или Битва при Капоретто) длившаяся с 24 октября по декабрь 1917 года считается одним из крупнейших сражений Первой мировой войны. В ней с обеих сторон приняли участие свыше 2,5 млн. человек.
Благодаря удачному расположению Форт Клюже не пострадал за время войны. Отвесные стены горы Ромбон защищали крепость от прямого итальянского обстрела. В форте располагался штаб и вспомогательный эшелон, также он использовался как медпункт.
В 20-30 годы ХХ века Италия страдала от острой нехватки сырья, поэтому итальянцы срезали весь возможный металл с доставшихся им австрийских укреплений. Не избежал этой участи и Форт Клюже.
Последние повреждения Форт Клюже получил уже после окончания Второй мировой войны: для расширения дороги и реконструкции разрушенного моста через Коритницу была снесена оборонительная стена и входной портал.