Санкт-Петербург всегда был многонациональным городом. К концу ХIХ века община, в частности, православных эстонцев насчитывала в нем более 4 000 человек. Проживали они в основном в Коломне, так как рядом располагались Балтийский завод и Адмиралтейство, где всегда были нужны рабочие руки. Ни один из действующих православных храмов уже не мог вместить такое количество прихожан. Тогда община, носившая имя священномученика Исидора Юрьевского, обратилась к властям города с просьбой выделить участок для возведения церкви.
Строительство храма
Благословение на постройку нового храма дал Иоанн Кронштадтский, он же внес первые деньги. Проект церкви представил архитектор Александр Полищук в 1901 году. Планировалось построить трехпридельную пятикупольную церковь с пристроенными помещениями школы, общежития, библиотеки, читального зала. Окончательно проект утвердили в августе 1902 года. Синод разрешил организовать всероссийский сбор средств на постройку храма. Изначально были сооружены небольшая часовня и церковный дом для служителей и прихожан. Каменный храм заложили в августе 1903 года.
К 1905 году здесь построили школу и приют, а само церковное здание возвели до сводов. Но из-за сложной обстановки в стране поток пожертвований прекратился. Тогда их внесли государь Николай II, председатель строительного комитета Иван Богданов и еще несколько меценатов. В 1907 году строительство двухэтажной каменной церкви было завершено.
Главный придел храма освятили во имя Исидора Юрьевского. Немного поздней северный придел освятили во имя преподобного Серафима Саровского, южный – апостолов Петра и Павла. Нижний был освящен во имя Николая Чудотворца.
При храме существовала школа, рассчитанная на 120 учащихся, приют для бездомных девушек, велась миссионерская и просветительская работа. Службы шли как на церковнославянском, так и на эстонском языках.
Тяжелые годы
После революционных событий 1917 года церковь превратилась в русскую, так как многие эстонцы покинули Россию. Постепенно у храма начали забирать помещения – под студенческое общежитие, под райжилотдел. Обращения прихожан не помогли: в 1933 году с колокольни сбросили колокола, а в 1935 году храм закрыли окончательно.
В разные годы в помещениях церкви располагались школа, детский сад, общежитие, комбинат Художественного фонда.
Возвращение святыни
Храм, изуродованный как внешне, так и внутренне, вернули верующим в 1994 году. Так как на тот момент православных эстонцев в городе практически не осталось, то его решили оставить русским. После проведения частичных ремонтно-восстановительных работ и повторного освящения, в нижней церкви начались службы. В 1996 году храм увенчал крест, а в 1999-м начались работу по восстановлению помещений верхней церкви. К 2003 году все приделы храма открылись для прихожан.
Реставрационные работы были продолжены: в восстановленном куполе появилась новая роспись – лик Вседержителя, завершена наружная отделка стен, на пяти основных и трех малых главах храма появились позолоченные кресты. Церкви обогатились иконами и святынями – частицами мощей Петра и Февронии, преподобного Иова, святителя Иоасафа. Восстановили и звонницу с основным колоколом, весящим 300 кг. Предмет особой гордости храма – восстановленный позолоченный барочный иконостас.
Сегодня во всех приделах храма идет регулярное богослужение, действует воскресная школа, совершаются паломнические поездки по святым местам.