В 1998 году во Вторая лига была объединена с Третьей, а также переименована во Второй дивизион. Команды соревновались в шести зонах. Путевок в первый дивизион было 5, а худшая команда из шести победителей зон попадала в стыки с 17-й командой Первого дивизиона.
Зона «Запад»
Первый тур команды провели 15 и 16 апреля.
По три победы на старте одержали команды Мосэнерго и Химки. В четвертом московская команда набрала одно очко, а подмосковная проиграла.
Еще некоторое время эта парочка лидировала, а во второй декаде мая их догнали дублеры Динамо и Торпедо-ЗИЛ. В середине первого круга догонявшие стали догоняемыми.
В начале июня в группе лидеров появился Псков, но уже после 16-го тура команда снялась с чемпионата, все матчи с ее участием были аннулированы. Таких случаев было уже достаточно.
В завершающей части первого круга Торпедо-ЗИЛ ушло в отрыв. Среди догоняющих его были команды, которые не имели права перехода в Первую лигу, поэтому задача во втором круге пред зиловцами стояла не такая уж сложная.
Матчи второго круга начались 2 августа.
В первой половине августа основным преследователем лидера стал Автомобилист из Ногинска. Но ближе к концу лета команда стала терять многовато очков для того, чтобы не отставать, что в итоге и произошло.
В первой половине сентября больше шансов достать лидера появилось у щелковского Спартака.
Но уже к началу октября стало ясно, что и спартаковцы вряд ли смогут догнать Торпедо-ЗИЛ.
22 октября Спартак Щелково уступил в Ивантеевке Спортакадемклубу, и победитель зонального турнира определился заблаговременно.
В матчах с командами, занявшими 2-6 места, Торпедо-ЗИЛ набрало 17 очков, разница мячей +4.
Зона «Центр»
Первые матчи команды провели 14 апреля.
Спартак Луховицы одержал четыре победы на старте, но в первом туре не играл, поэтому в начале мая вместе с ним лидировали одноклубники из Тамбова и Орехово-Зуево.
В середине мая в группе лидеров появился Дон, но долго продержаться в ней не смог.
В первой половине июня сразу пять спартаковских команд появилось в верхней части таблицы, но Дону все же удалось обойти их всех, одного. Правда, только по разнице мячей.
После 16-го тура и в Центре одна команда закончила. Ей оказался Торгмаш, шедший последним.
Уже в конце июня Спартак Орехово-Зуево заявил о своих серьезных претензиях на первую строчку таблицы.
Закончил лидер первый круг двумя ничьими на своем поле, но это никак не сказалось на его месте на промежуточном финише.
2 августа команды начали второй круг.
Уже в середине последнего месяца лета лидера догнал рязанский Спартак, а в конце месяца сам стал таковым. Но стоит заметить, что у подмосковной команды была игра в запасе в это время.
В начале сентября Спартак Орехово-Зуево сравнялся с одноклубниками из Рязани по количеству проведенных матчей и опередил их по очкам.
К середине второго круга разрыв в очках не сократился, а у лидера теперь снова был еще и матч лишний.
В начале октября все лидеры шли примерно по одному графику набора очков, поэтому разрывы в очках если и менялись, то незначительно.
25 октября ничья в Тамбове принесла досрочную победу в турнире команде из Орехово-Зуево.
В матчах с командами, занявшими 2-6 места, спартаковцы набрали 18 очков при разнице мячей +6.
Зона «Юг»
14 апреля прошли матчи первого тура.
С трех побед, все на своем поле, стартовал ФК Анапа. Но так как во втором туре команда отдыхала, то на первую строчку выйти ей не удалось сразу, на очко больше после 4 матчей имел Волгарь-Газпром.
В мае Анапа проиграла один матч, а затем снова одержала три победы кряду и догнала астраханцев. Но вперед в этот момент вырвался Ангушт.
В середине первого круга уже было вероятно, что именно команды из Астрахани и Назрани будут выявлять победителя турнира.
Но в июне Ангушт отстал, на место главного преследователя стали выходить другие: Торпедо Таганрог, Кавказкабель.
К концу июня на вторую строчку таблицы снова вышел Ангушт.
В самом конце первого круга в группе лидеров появился Локомотив-Тайм.
Второй круг команды начали 2 августа.
В первом же туре после перерыва первое поражение потерпел лидер, и оно оказалось крупным.
Но уже в следующем туре проиграл и Ангушт. Отрыв в 4 очка между лидерами был восстановлен.
Астраханцы побеждали далее в каждой игре и к концу месяца опережали Ангушт уже на 9 очков.
К середине второго круга эта разница на 4 очка уменьшилась, но теперь лидер имел матч в запасе, что не предрекало какую-то серьезную борьбу на финише турнира.
16 октября на своем поле Волгарь-Газпром победил Бештау и за 4 тура до финиша обеспечил себе первое место.
В матчах с командами, занявшими 2-6 места, астраханцы набрали 18 очков при разнице мячей +11.
Зона «Поволжье»
Матчи первого тура команды провели 14 апреля.
С трех побед начали турнир Диана Волжск и Торпедо Волжский. Но уже после четвертого тура лидеров стало четверо. Торпедо-Виктория и Волга присоединились к дуэту, находившемуся в авангарде ранее.
К концу мая в верхней части таблицы стояло три Торпедо
В первой половине июня в отрыв ушло Торпедо-Виктория из Нижнего. Преследовать их стали Биохимик-Мордовия, Волга и волжское Торпедо.
После 15-го тура Ротор-Камышин снялся с турнира. Таблицу пришлось и здесь немного переделывать.
По итогам первого круга лидерство нижегородцев было слишком явным. Что им кто-то во втором круге способен навязать борьбу, было сложно поверить.
Второй круг команды начали 2 августа.
С самого начала отрыв между первой и второй командами только увеличивался и уже к концу лета составлял 19 очков. Поэтому все дальнейшее течение турнира было совершенно инертным. Фактически, команды уже могли готовиться к новому сезону.
25 сентября, за месяц до финиша, Торпедо-Виктория обеспечила себе первое место после победы в Шуе.
В матчах с командами, занявшими 2-6 места, нижегородцы набрали 23 очка при разнице мячей +12.
Зона «Урал»
Первые матчи команды провели 22 апреля.
Серию из 12 побед на старте выдал пермский Амкар.
Долго без поражений шла Носта, только ничьи иногда себе позволяли футболисты из Новотроицка. На старте, в первых семи матчах они допустили три такие осечки, поэтому им пришлось идти позади Амкара.
Все остальные команды соревновались сами с собой.
В 14-м туре в Новотроицке Амкар потерпел первое поражение, что одновременно было и первой потерей очков.
10 июля Амкар сыграл вничью в Нижневартовске, отрыв между лидерами сократился тут же до минимума.
1 августа Зенит Ижевск был переименован в Динамо.
3 августа команды начали второй круг.
6 августа с турнира снялся Трубник Каменск-Уральский. В оставшихся матчах им было присуждено техническое поражение (0:3).
Оба лидера шли нога в ногу на протяжении шести туров, продолжая сокрушать всех своих соперников. Так и лето прошло.
2 сентября Амкар сыграл вничью на выезде с Уралмашем и передал лидерство Носте, которая победила в Ижевске Динамо.
До середины сентября оба лидера победили во всех своих матчах, но Амкар один тур пропускал.
25 сентября в 30-м туре Амкар дома победил Носту, нанеся ей первое поражение в чемпионате (28 матчей без поражений). Но пока, имея матч в запасе, Амкар отставал на очко от Носты.
Амкар побеждал в каждом матче. Носта пропускала 34-й тур. В этот момент Амкар и вышел вперед.
В 35-м туре Носта проиграла в Челябинске, что принесло Амкару первое место за тур до финиша. В последнем туре Носта не играла, но получила 3 очка из-за снятия Трубника еще летом. А челябинскому Зениту Носта не забила и в первом туре первого круга.
В зачет переходного турнира Амкар набрал 25 очков (из 30) при разнице мячей +20.
С Самотлора было снято 12 очков.
Зона «Восток»
Матчи первого тура прошли 2 мая.
На старте две победы на своем поле удалось одержать Чкаловцу. Все остальные быстро понесли потери.
Сыграв дважды вничью в 3-м и 5-м турах, Чкаловец в конце мая и начале июня был почти явным лидером.
30 июня новосибирцы уступили в Назарово, но остались во главе таблицы.
В конце первого круга СКА и два Металлурга обозначили свои притязания на борьбу во втором круге.
Матчи второго круга начались 10 августа.
В Улан-Удэ и Иркутске новосибирцы сыграли 1:1 с хозяевами полей. Но опередить их пока не мог никто.
23 августа Чкаловец не смог победить дома красноярский Металлург и пропустил вперед СКА. Но уже через неделю армейцы проиграли в Братске, а Чкаловец обыграл на выезде Междуреченск и снова вышел на первое место.
После матчей 21-го тура, прошедших 2 сентября, лидеров стало трое: Звезда, Металлург Красноярск и Чкаловец. Недалеко были и армейцы.
Но в середине второго круга опять вперед вышел Чкаловец. Примерно через месяц у новосибирцев был домашний матч со СКА, который мог многое решить, если что-то кардинально не поменяется до этого.
К концу сентября соискателей путевки в Первую лигу осталось двое. У Чкаловца было 49 очков, Металлурга Красноярск – 48. Оставалось провести 5 туров.
Ничья Чкаловца в Ленинске-Кузнецком 3 октября и победа дома Металлурга над Сибиряком (6:0) привели к тому, что красноярцы поднялись на первую строчку таблицы.
Далее оба лидера одержали по 3 победы, и все решалось в последнем туре.
Металлург победил в Кемерово и занял первое место. Чкаловец сыграл вничью во Владивостоке.
С Кузбасса было снято 6 очков.
С командами, занявшими 2-6 места Металлург набрал 20 очков, разница +10.
Переходные матчи
11 ноября. «Нефтехимик» Нижнекамск - «Торпедо-ЗИЛ» Москва – 1:1
15 ноября. «Торпедо-ЗИЛ» Москва - «Нефтехимик» Нижнекамск – 2:0