Тем временем три месяца Бородинское поле находилось в оккупации.
Ефрейтор 437-й пехотной дивизии Рихард Маль так описывал варварское отношение фашистов к Бородинскому музею: «Мы резали скот на дворе, так как в музее нельзя было установить блоки для подвески туш. В самом музее мы делили внутренности убитого скота. Один зал был отведён для производства ливерных и кровяных колбас. Под Рождество в музее был устроен ужин. Собрался весь личный состав скотобойной роты – человек 70. Трапезу открыл командир, обер-ветеринар Добер Кау. Он произнёс торжественную речь и сказал: “Мы празднуем сочельник в историческом музее Бородинской битвы. Здесь был разбит Наполеон”. После этого нам выдали по три стакана рома и ливерной колбасы собственного производства. Мы пили, пели и развлекались».
В первых числах декабря 1941 года началось контрнаступление Красной Армии под Москвой. После ожесточённых боёв за Можайск, 21 января 1942 года, Бородинское поле было освобождено от фашистов. Отступая, враг поджог здание музея. Пострадали и другие строения. В февральском Акте осмотра Бородинского музея и памятников Отечественной войны 1812 года записано: «Домик Тучкова, расположенный на территории Семеновского монастыря, а также все строения разрушены или сожжены за исключением собора, который разграблен. Деревня Бородино, больница сожжены, больничный парк, в котором оккупанты устроили свое кладбище с крестами вырублен. Выжжены деревни вокруг Бородино, в самой деревне Бородино уцелело 4 дома, в деревне Семеновское 3 дома, в д. Горках 4 дома, д. Татариново вся выжжена». В акте описали и состояние самого музея: «Одноэтажное здание, в котором была развернута экспозиция музея, состояло из 7 комнат; в настоящее время сохранились лишь стены, железная кровля провалилась внутрь здания, перекрытия и полы уничтожены…Внутри здания все выжжено… В здании имеется снежный покров…немецкие оккупанты.. уходя, подожгли его 20/1 – 1942 года ночью…».
Не сразу мир пришёл на Бородинскую землю. Ещё до весны 1943 г. все сооружения укрепрайона находились в боевом состоянии.
В начале 1943 года директора музея вызвали в Москву для решения вопроса о восстановлении Бородинского музея. Несмотря на суровое военное время, было принято решение его полностью отремонтировать.
Сергей Иванович вернулся с семьёй в Бородино и приступил к работе. Анна Фёдоровна вспоминала: «Сотрудников в музее не было когда приехали... Началось восстановление. Транспорта нет, материала тоже. Взяли сторожа Катю из деревни Семёновское. За хлебом ходили в Можайск. Стройматериалы просили как для своего строения. Поехали за цементом в Коломну, с собой не было ни хлеба, ни денег. Цемент дают, машину нет… Пошли в райком, а там дали талоны на обед, а утром машину… Работали днём, утром и вечером. Не знали предела». Большую помощь музею оказывал Можайский районный комитет партии. Около деревни Псарёво стоял военный батальон, которым командовал полковник Желудков. По просьбе Сергея Ивановича почти каждый день он выделял одного-двух солдат для помощи в ремонте музея. Можайская стройконтора выделила для ремонта музея двух работниц.
Экспонаты вернулись в Москву из эвакуации в августе 1943 года. Коллектив музея увеличивался. Несмотря на трудности, Сергей Иванович не прекращал научную деятельность. Его работы по истории Отечественной войны 1812 года публиковались редакцией Госполитиздата.
Невзирая на трудности и нехватку стройматериалов, за полтора года удалось восстановить сгоревшее здание.
Сергей Иванович Кожухов записал в своём дневнике: «15 октября 1944 года открыл Бородинский музей. На Батарее Раевского прочитал доклад. Всем понравилось». Этот день стал настоящим праздником. Из Москвы до Бородина был отправлен специальный поезд. На поле было многолюдно. Теперь экскурсоводы рассказывали не только о героях Отечественной войны 1812 года, но и о доблестных защитниках и освободителях Бородинской земли 1941–1942 гг.
Несмотря на то, что музей был открыт, работы было ещё очень много. Выдали линолеум, которым застелили пол, стройматериалы. В феврале 1945 года по решению Мособлисполкома выделили лошадь. Для сотрудников музея это было большим подспорьем в ремонте памятников.
День Победы в Бородино начался буднично и просто. Анна Фёдоровна вспоминала: «Рано утром ушла в Можайск получать по карточкам хлеб. Уже возвращалась, вдруг вижу, бежит на встречу Сергей и кричит: “Победа! Победа! Мы победили!.. Над Берлином наш красный флаг!..” Мы обнимались, плакали и смеялись – такое это было счастье…».
В сентябре 1945 года музей торжественно отметил 200-летие со дня рождения М.И. Кутузова. В честь юбилея Бородинскому музею выдали старенький автомобиль «Форд» и финские домики для сотрудников.
Предстояло ещё много работы: восстановить разрушенное, отремонтировать памятники, пострадавшие во время боевых действий и оккупации.
Материал подготовлен зав. сектором архивной работы Фисенко Л.А.