Погрузка упакованных экспонатов проходила в то время, когда на подступах к Бородинскому полю уже шли ожесточённые бои. Помогали красноармейцы, занявшие позиции у Бородинского музея.
Во второй половине дня полуторка с прицепом была плотно забита музейными предметами. Машину сопровождал Сергей Иванович с женой и четырёхмесячным сыном. Предстоял трудный путь до Москвы.
Выехав на просёлочную дорогу у Семёновского ручья, гружёная машина забуксовала. «В этот самый момент, – вспоминала Анна Фёдоровна, – налетели вражеские самолёты. Бомбили Псарёвский лесок, было их 12 бомбардировщиков. Лежа в кустах, наблюдали за всем происходившим. Машину помогли вытащить опять военные ребята». Когда въехали в Можайск, город был объят пламенем пожаров. После бомбардировки горели вокзал, нефтебаза, огнем охватило жилые дома.
Только 15 октября машина добралась до Москвы и экспонаты были сданы в Исторический музей. Обстановка была напряжённая, из столицы в глубокий тыл начали эвакуировать учреждения и предприятия, вывозили ценности. С помощью председателя Мособлсовета Павла Сергеевича Тарасова к первым числам ноября Сергею Ивановичу удалось получить «пульмановский» вагон, в который под вой сирен, гул авианалётов, непрерывным обстрелом погрузили музейные предметы Бородинского и Истринского областного музеев. 14 ноября на станции «Сортировочная» вагон прицепили к проходящему эшелону и он отправился на восток. Его сопровождали Евгения Ивановна Кожухова, Сергей Иванович, Анна Фёдоровна и сын Ваня.
Полтора месяца эшелон находился в пути. Анна Фёдоровна так описала трудности, которые они испытали: «Зима была жгучая, мороз доходил до 37-и. Обстрелы были почти до г. Рязани. Горели составы, горели дома по пути, когда мы ехали. В вагоне холод, стояла печка железная, топить нечем. Уголь просили то у машинистов, то добывали на полустанках. Трудно было и снабжать себя хлебом. У нас был эвакуационный лист, но продукты выдавались по нему, как правило, в центре населённых пунктов. А как добраться туда, если не знаешь, сколько будет стоять эшелон…»
В Алма-Ату прибыли 28 декабря 1941 года. Бородинскому музею выделили помещения на втором этаже Дома Обороны. Жилье для Кожуховых нашлось очень далеко от Дома Обороны.
Музей занял весь этаж с огромным лекционным залом. Сразу организовали выставку. Посетителей было много: военные, студенты, школьники, работники эвакуированных заводов, жители города. Сергей Иванович читал лекции на заводах, в школах, госпиталях.
130-ю годовщину Бородинского сражения отметили в воскресенье, 6 сентября, 1942 года торжественным вечером в парке культуры и отдыха города Алма-Ата. В нём приняли участие артисты Мосфильма М.И. Жаров, Б.П. Чирков и др. Директор Бородинского музея выступил с речью: «130 лет отделяют нас от исторического дня Бородинской битвы. Но славная дата близка и дорога советскому народу. Она не только напоминает нам о героическом прошлом наших предков, достойной наследницей которого стала Красная армия. История Бородинского сражения учит нас искусству, овладеть которым обязан каждый, кто участвует сейчас в Великой Отечественной войне против фашизма. Какие бы суровые испытания ни ожидали нас еще впереди, как бы ни был яростен и неистов напор врага — победа будет за нами». В газете «Казахстанская правда» была опубликована статья С.И. Кожухова «Бородино».