Смерть царя Федора в 1682 году остро поставила вопрос в стране о престолонаследии. Федор был слаб здоровьем и детей после себя не оставил. Согласно традиции престолонаследия, в таком случае новым царем должен был стать Иван, младший брат Федора, сын Алексея Романова. Историки утверждают, что царь Иван Алексеевич Романов отличался слабым здоровьем и был слабоумным человеком. Понимая, что слабоумный человек не может управлять государством, патриарх Иоаким и московские бояре, действующие с согласия народа, объявили юного Петра Алексеевича наследником царствования Федора. Это являлось прямым нарушением закона о престолонаследии, чем и воспользовались родственники Ивана Алексеевича, Милославские. Они вступили в открытую вражду с Нарышкинами, которые защищали интересы Петра, поскольку его мать относилась к семейству Нарышкиных. Милославские желали, чтобы царь Иван Алексеевич Романов возглавил Росси, поскольку это давало им прямой путь к управлению страной. Они подняли стрелецкое войско против Нарышкиных. Войску было объявлено, что бояре задушили истинного царя России Ивана. Так начался стрелецкий бунт. Восставшие направились к Кремлю. Там были убиты многие соратники Петра. В результате стрелецкого бунта царями были объявлены оба наследника – Петр и Иван. Поскольку оба были несовершеннолетними, а Иван еще и слабоумным, покровительство над ними брала старшая сестра – Софья.
Результат сего переворота был уникальным для истории России. Впервые страной правили сразу два царя, которые к тому же находились под опекой. В тронном зале, где царь Иван Алексеевич Романов и Петр Алексеевич принимали посетителей, было установлено два трона для каждого из царей. За ними находился еще один трон для Софьи, которая подсказывала своим братьям, что говорить. Страной фактически правила Софья.
Ко времени правления Ивана относятся крымские походы русской армии. В 1681 году было подписано мирное соглашение, но обе стороны понимали, что это был не мир, а перемирие, которое рано или поздно будет прервано. В 1686 году Россия вступила «Священную лигу». Эта лига создавалась, как орган для противостояния растущему могуществу Турции. В эту лигу входили Польша, Венгрия и Австрия. Поводом для вступления России в этот союз стал вечный мир с Речью Посполитой, который был подписан в том же 1686 году. Выполняя свои обязанности, как союзника, в борьбе с Турцией Россия в 1687 и в 1698 году отправила походы в Крымское Ханство. Российской армией командовал Голицын. Крымские походы русской армии военных успехов не принесли, но это были походы, которые восстановили былой политический вес нашей страны. Многим стало понятно, что Россия пережила свой кризис и с каждым годом она становится все сильнее, а ее армия все могущественнее. Крымский Хан, который чувствовал безопасность своих границ, понял, что растущая мощь России является прямой угрозой для него.
Царь Иван Алексеевич Романов формально правил страной вплоть до своей смерти в 1696 году. Но это правление было чисто формальным. Он не принимал никакого участия в вопросах управления страной. Изначально он полностью зависел от Софьи, а с 1689 года от Петра, который сместил Софью и фактически начал самостоятельно управление государством.