1991 год стал отправной точкой в истории лицея. По инициативе преподавателей и сотрудников МФТИ при поддержке Администрации г. Долгопрудного был открыт лицей №11 «Физтех». Первым директором небольшого учебного заведения, состоящего из трёх классов, стала Марина Геннадьевна Машкова.
В первые годы лицей не имел собственного помещения и располагался в различных зданиях города. Первоклассники занимались в Доме пионеров, а семиклассники — в аудиториях МФТИ. Позже семиклассников пришлось переселить в помещение долгопрудненского техникума из-за их активного поведения.
В 1994 году лицей обрёл своё первое постоянное помещение — бывший детский сад №117. Здесь учебное заведение располагалось на протяжении 20 лет.
С самого начала лицей отличался инновационным подходом к образованию. В программу входили не только стандартные предметы, но и латинский язык, философия, экономика и история искусства.
2009 год стал переломным в истории лицея. Был создан Фонд развития Физтех-школ, утверждена стратегия «ТТТ: Традиции-Таланты-Технологии». Лицей начал трансформироваться из обычной муниципальной школы в ведущий образовательный центр.
В 2014 году произошло значимое событие — лицей получил статус областного учебного заведения и был переименован в Физтех-Лицей им. П.Л. Капицы. Состоялся переезд в новые корпуса, рассчитанные на 700 учащихся.
За последующие годы были реализованы:
Программа «Лицей-Вуз-Инноватор»
Проект «ФИЗТЕХ-XXI: Школа-Университет-Лидер»
Программа «Наука в регионы»
Открытие общежития и физкультурно-оздоровительного комплекса
В 2019 году лицей приобрёл статус автономной некоммерческой организации с двумя учредителями — Министерством образования Московской области и МФТИ. Это позволило:
- Внедрять уникальные образовательные методики
- Привлекать высококвалифицированных преподавателей
- Создать эффективную систему управления
В 2020 году лицей был признан лучшей школой Подмосковья по версии Министерства образования Московской области.
Сегодня Физтех-лицей продолжает развиваться, сохраняя и приумножая традиции знаменитой образовательной системы МФТИ, готовя высококвалифицированных специалистов в области естественных наук и математики.