В начале 1943 года ситуация на фронтах начала меняться. После успеха под Сталинградом советские войска начали наступление на юг СССР. Теперь, когда ход войны переменился в пользу СССР, отношение Сталина к армии, особенно к офицерам, также начало меняться. Чтобы повысить патриотический дух в войсках, в январе 1943 года Сталин начал кампанию, призванную напомнить военнослужащим о военной славе России в имперский период. Сначала были введены погоны, похожие на те, что носили офицеры и солдаты царской армии.
Тем временем, к 1943 году советская разведка и контрразведка мало что знали о работе немецких разведывательных служб и служб безопасности. Это знание пришло позже, в результате допросов многочисленных пленных офицеров немецкой разведки, а также прошедших немецкую подготовку агентов, добровольно сдавшиеся. Тем не менее стало очевидно, что военная контрразведка должна сосредоточиться на борьбе с немецким противником.
Сталин приказал создать контрразведывательную службу под названием СМЕРШ, которая подчинялась лично ему.
В марте 1943 года началась реорганизация служб безопасности. Всеволод Меркулов, которого Сталин назначил ответственным за переходный период, собрал в Москве руководителей органов безопасности нескольких фронтов и армий. Ближайшие подчинённые Абакумова, Павел Зеленин, Николай Среди участников были Ханников, Михаил Белкин и Исай Бабич.
Меркулов сообщил собравшимся руководителям, что «Центральный Комитет и товарищ Сталин» попросили Особым отделам активизировать свои усилия, чтобы «ни один шпион, агент или террорист не ускользнул от внимания особых отделов».
В апреле Меркулов представил Сталину три разных проекта по восстановлению НКГБ, существовавшего в начале 1941 года. . В первых двух вариантах новый НКГБ включал бы военную контрразведку под названием «Смерш». Третья версия предполагала создание двух отдельных организаций: НКГБ и «Смерша» в качестве управления при Наркомате обороны (НКО).
Этот проект и другие соответствующие документы обсуждались на заседании. Были приглашены ведущие сотрудники НКВД и ОО: Меркулов, Абакумов, Лаврентий Цанава, Николай Селивановский, Николай Королёв, Ханников, Бабич и Николай Мельников (заместитель начальника 4-го управления НКВД под руководством Судоплатова). Голиков, недавно назначенный заместителем наркома обороны по кадрам Красной Армии, и Александр Щербаков, начальник ГлавПУРККА, также присутствовали на совещании.
На следующий день Политбюро приказало разделить НКВД на две части, и возрождённый НКГБ стал сверхведомством, занимающимся внешней разведкой, контрразведкой внутри СССР и так далее. Меркулов был назначен комиссаром НКГБ, а Берия остался главой НКВД.
Абакумова вызывали в кабинет Сталина 15 и 18 апреля, а окончательное решение было принято 19 апреля 1943 года на заседании Политбюро, на котором присутствовали Абакумов и Меркулов.
Абакумов был назначен заместителем наркома НКВД и подчинялся непосредственно Сталину. Хотя через месяц он был освобождён от должности в НКВД, снятие Абакумова с поста заместителя наркома не было проявлением недоверия к нему. Сталин просто хотел сократить количество заместителей в НКВД. Он назначил маршала Георгия Жукова первым заместителем и заменил шестнадцать заместителей наркома, включая Абакумова, на одного — маршала Александр Василевский, начальник Генерального штаба. В любом случае, будучи главой ГУКР «СМЕРШ», Абакумов продолжал «подчиняться непосредственно народному комиссару обороны [Сталину] и выполнять только его приказы», как того требовало постановление № 3222-сс/ов.
4 мая Управление войск НКВД по охране тыла Красной Армии («войска тылового обеспечения») было преобразовано в отдельное Главное управление было наделено полномочиями по обеспечению поддержки деятельности СМЕРШа. 1 декабря 1944 года генерал-лейтенант Иван Горбатюк сменил Леонтьева на посту начальника Главного управления. Эти войска, численность которых на тот момент составляла 163 000 человек, продолжали захватывать немецких солдат, шпионов и десантников в тылу советских боевых частей. Войска тылового обеспечения существовали до 13 октября 1945 года.
Тем же приказом, которым был создан ГУКР «СМЕРШ» в составе НКО, была создана параллельная организация в составе Наркомата военно-морского флота — НКВМФ, которая представляла собой просто реорганизацию 9-го отдела УОО, занимавшегося военно-морским флотом.
Эта организация была известна как военно-морской УКР «СМЕРШ». Месяц спустя 6-е управление УОО, отвечавшее за контроль над войсками НКВД, такими как пограничные и тыловые войска, было реорганизовано в третье контрразведывательное подразделение — ОКР «Смерш», которое осталось в составе НКВД.
В то время войска НКВД превратились в отдельную армию: в 1942 году численность военнослужащих в этих войсках составляла 420 000 человек, а к январю 1945 года достигла 800 000 человек. Подразделения контрразведки ВМФ и НКВД были меньше и, следовательно, менее значимыми, чем СМЕРШ НКО. Об этом свидетельствует тот факт, что они были организованы как УКР и ОКР соответственно.
УРК ВМФ «Смерш» возглавляли Пётр Гладков и два его заместителя — Алексей Лебедев и Сергей Духович. Он состоял из четырёх отделов, а также следственного отдела, шифровального отдела, отдела оперативного оборудования и нескольких других подразделений. Ему выделили собственное здание в центре Москвы, и он переехал из здания на Лубянке. Помимо главного штаба в Москве, на каждом из четырёх флотов — Балтийском, Северном, Черноморском и Тихоокеанском — был свой отдел контрразведки, который подчинялся военно-морскому УКР СМЕРШ в Москве.
ОКР «Смерш» состоял из шести отделов, специальной группы (для проведения секретных операций), группы по регистрации осведомителей и секретариата. Его начальник подчинялся непосредственно наркому внутренних дел Берии.
Продолжение следует…