Ученые СПбГУ создали программу Antimicro для обработки результатов анализа геномов микроорганизмов в биологических материалах.
Разработка, единственная в мире, учитывает особенности российского микробиома. Программа поможет врачам оперативно ставить диагноз пациентам с размытой симптоматикой.
Анализ бактериальной флоры назначают при инфекциях, чтобы точно определить патоген и начать прицельную терапию. К сожалению, установить возбудителя стандартными методами, например с помощью бакпосева или ПЦР, получается не всегда. В таких случаях врачи прибегают к метагеномному секвенированию – анализу микробного сообщества в биологических материалах на основе определения выделенной из образца последовательности ДНК.
Благодаря метагеномному секвенированию можно выявлять бактерии, грибы, археи, паразиты и вирусы, а также оценивать устойчивость микроорганизмов к антибиотикам, уровень их патогенности и метаболический потенциал, то есть потребление, разложение и производство различных соединений.
В настоящее время оперативная обработка метагенома бактериальных мазков – это довольно популярная процедура в сложных клинических случаях. Сегодня она доступна только в частных лабораториях и крупных государственных центрах. При этом используемые для расшифровки метагенома программы имеют ряд недостатков. Специалисты СПбГУ учли все минусы конкурентов и создали свой вариант – Antimicro. Ученые представили прототип программы на конкурсе «Start up СПбГУ – 2025» и дошли до полуфинала.
Antimicro обрабатывает загруженные пользователем данные, а затем формирует заключение. В нем отражаются сведения о том, сколько бактерий и каких видов содержится в образце, какой у них уровень антибиотикорезистентности. По времени выдачи результатов программа не уступает зарубежным, при этом в других аспектах она гораздо удобнее.
Исследователи СПбГУ позаботились еще и о том, чтобы Antimicro учитывала популяционные отличия микробиома жителей России.
Antimicro работает в так называемом закрытом контуре. Это значит, что данные о «микробиологическом паспорте» жителей России защищены и не будут использованы в немедицинских целях.
Аntimicro будет полезна еще и в фармакологии, экологии, биотехнологии, сельском хозяйстве и пищевой промышленности.
Аntimicro получилась намного дешевле своих конкурентов. Вместе с другими преимуществами у разработки есть шанс заменить собой все зарубежные аналоги, а также помочь России получить технологическую независимость в области обработки бактериального метагенома.
Ранее ученые из Петербурга создали нейросеть для обработки данных сейсмических волн при освоении шельфа.