Ну, это как спросить, почему солнце встает на востоке. Вроде бы все очевидно, но если копнуть глубже… На поверхности, конечно, вечная борьба за территорию и доминирование. Собаки - стайные животные, им важно иерархия, кто главный. А кошки… кошки сами по себе гуляют, им плевать на твою иерархию. Вот и получается конфликт интересов.
Потом, есть вопросы языка тела. Собака виляет хвостом - значит, рада. Кошка виляет хвостом - значит, лучше не подходи. И вот пес, весь такой дружелюбный, подбегает, хвостом машет, а кошка шипит и лапой бьет. Обидно, да?
Ну и, конечно, запахи. У собак и кошек совершенно разные обонятельные "вкусы". То, что для собаки пахнет интересно и безопасно, для кошки может быть сигналом опасности. Плюс ко всему, кошки очень чистоплотные, постоянно вылизываются и оставляют свой запах везде, где бывают. Собака, увидев "меченого" кошкой предмет, может воспринять это как вызов.
Короче говоря, там целый комплекс причин, от инстинктов и эволюции до простого недопонимания. Но, справедливости ради, стоит отметить, что бывают и исключения. Видел я псов и котов, которые друг без друга жить не могли. Так что, как говорится, в каждой клетке свои тараканы.