12 июля 1855 года во время обороны Севастополя скончался вследствие тяжелого пулевого ранения в голову выдающийся русский флотоводец, герой Наваринского и Синопского сражений адмирал Павел Степанович Нахимов.
После гибели адмирала Владимира Алексеевича Корнилова он возглавил оборону черноморской крепости России. Появляясь на критических участках в ходе боев, Нахимов лично возглавлял штыковые контратаки. Он дважды был ранен, но не оставлял командования, служа примером защитникам Севастополя. 10 июля 1855 года во время объезда оборонительных позиций адмирал был смертельно ранен пулей в висок на Малаховом кургане и скончался спустя два дня. По похоронной процессии со стороны противника не было сделано ни одного выстрела. Гибель адмирала Нахимова поставила точку в обороне Севастополя и во всей Крымской войне. В 1856 году в Париже был заключён мирный договор, по которому Россия лишалась южной части Бессарабии с устьем Дуная, а также права держать свой военно-морской флот на Чёрном море. Россия была вынуждена ликвидировать все свои черноморские крепости.
Память полководца свято чтилась русским народом. Памятник Нахимову в Севастополе был открыт 18 ноября 1898 год к 45-летию Синопского сражения. Авторы монумента — художник-любитель, генерал Александр Александрович Бильдерлинг и скульптор Иван Николаевич Шредер. На открытии присутствовал Николай II.
В 1928 году памятник был демонтирован в соответствие с декретом Совнаркома «О снятии памятников, воздвигнутых в честь царей и их слуг, и выработке проектов памятников Российской Социалистической революции». С постамента была снята фигура адмирала, сбиты флаг, барельеф и надписи. На оставшемся цоколе в 1932 году установили памятник В.И. Ленину (скульптор Козлов).
5 ноября 1959 года состоялось немыслимое по тем временам открытие воссозданного, по указанию Хрущева, исторического памятника легендарному адмиралу Нахимову (памятник Ленину был при этом перенесён на другое место). Авторы нового памятника скульптор Н.В. Томский и архитектор А.В. Арефьев. Воссозданный памятник в целом повторил предыдущий. Но при открытии нового монумента никто не вспомнил об оскверненной могиле адмирала. В Севастополе во Владимирском соборе находилась усыпальница великих русских адмиралов: многолетнего командующего Черноморским флотом Михаила Лазарева; героя Наваринского и Синопского сражений Павла Нахимова, погибшего в бою на Малаховом кургане; Владимира Корнилова, который возглавил оборону Севастополя в самый критический момент и погиб на том же кургане, их героического соратника Владимира Ивановича Истомина, тоже погибшего при обороне Севастополя.
В 1931 усыпальницу взломали, разломали гробы, а останки великих флотоводцев сгребли вместе с хламом. Склеп был разграблен, засыпан землей и мусором, образовавшимся при переделке собора в мастерские по ремонту авиадвигателей.
Только в 1974 году собор был передан Музею героической обороны и освобождения Севастополя. С этого времени в соборе начались восстановительные работы, но до лета 1991 года усыпальницу не вскрывали. Работы по поиску останков адмиралов начались летом 1991 года – когда рухнул СССР.
Увиденное потрясло присутствующих: склеп-усыпальница был засыпан обломками камня, кусками разбитых мраморных плит, бутылками, железяками, человеческими и собачьими костями, заполнен водой. Две недели расчищали завалы, шесть «камазов», загруженных доверху, вывезли хлам из склепа. В результате были найдены 70 фрагментов человеческих костей, экспертиза определила, что они принадлежат четырем людям.
29 февраля 1992 года священному праху великих адмиралов были отданы воинские почести, и после торжественного молебна, в присутствии командующего Черноморским флотом адмирала И. В. Касатонова, ветеранов флота, тысяч севастопольцев, потомков славных адмиральских фамилий, останки были вновь перезахоронены в усыпальнице Владимирского собора.
