Когда Семёнов, будучи уже в эмиграции, прибыл в США, газеты запестрели заголовками вроде «Приехал мясник». Хотя сам атаман решительно протестовал против этой газетной «травли», но факты свидетельствуют не в его пользу. Свою репутацию Семёнов действительно заслужил.
Сами белые признавали, что руки атамана были по локоть в крови. Барон А. П. Будберг, управлявший военным министерством при Колчаке, писал в дневнике: «творимые у Семёнова безобразия не поддаются никакому описанию.За две недели застрелилось семь офицеров; расстрелы идут сотнями, и начальники состязаются в числе расстрелянных; про порку и говорить нечего, это обычное занятие». Иначе, как «дегенератами» и «белыми большевиками», Будберг семёновцев не называл. Семёнов же считал жестокость оправданной, а «гуманность и мягкотелость» неуместными в условиях Гражданской войны.
Большевики и их пособники подлежали, как считал Семёнов, «безжалостному уничтожению». Уже в декабре 1917 г. Семёнов приступил к террору. Одной из первых жертв стал комиссар Совета по охране г. Харбина по фамилии Аркус. 8 декабря он был арестован и избит, а через неделю расстрелян. После этого у трупа вспороли живот, а тело облили керосином и сожгли. А два дня спустя в еще большевистскую Читу Семёнов отправил целый вагон с мёртвыми членами местного совета: учителями, рабочими и людьми иных профессий, повешенными и изуродованными.
Когда Семёнов взял Читу, началась чистка города от просоветских деятелей, в том числе от интеллигенции, учителей. Взятых по доносам расстреливали после пыток прямо в штабе О. М. О. По данным историка П. Флеминга, только под Читой семёновцы убили не менее 348 человек. А в бурятском городке Кяхта они организовали тюрьму, в которой сотнями расстреливали и мучили всех политически неблагонадёжных (погибло не менее 1,5 тыс.). Когда в тюрьму пришли красные, то обнаружили там 200 тел, смёрзшихся в единый ледяной комок (людей заживо замораживали).
На станции Андрияновка семёновцы расстреляли 3 тыс. пленных красноармейцев. Присутствовавший при этом американский полковник Морроу писал: «Пленники, наполнявшие целые вагоны, выгружались, затем их вели к большим ямам и расстреливали из пулеметов… Апогеем казней было убийство за один день пленных, содержавшихся в 53 вагонах, всего более 1600 человек». Казнили часто с большой жестокостью: изрубали шашками, вешали.
Массовое уничтожение заключённых (около 1500 человек) в период с 24 декабря 1919 г. по 10 января 1920 года получило название «Троицкосавской трагедии». Только за два дня, 1 и 5 января 1920 года, был расстрелян 481 человек. В июле 1920 года на станции Адриановка семёновскими карателями было расстреляно около 1500 человек из числа пленных красногвардейцев, партизан, а также мирного населения, включая женщин, стариков и детей — по приказу Семёнова расстрелу подлежали не только заложники, но также члены семей казаков, которые дезертировали из его армии.
В ходе карательных операций особенно свирепствовали такие командиры Семёнова, как Унгерн и Тирбах: не задумываясь и даже с удовольствием расстреливали и резали стариков, старух, женщин и детей в деревнях, считавшихся «большевизированными» (то есть таких, в которых мужчины ушли в партизаны или просто отказались стать белыми). Такие станицы жгли, а в ряде случаев сжигали и людей; дома грабили, женщин насиловали, на допросах людей били розгами и шомполами. С бандитизмом Семёнов едва ли мог бороться, даже если бы захотел: возможность безнаказанно грабить и бесчинствовать поддерживала его авторитет, укрепляла лояльность к командиру со стороны многочисленных авантюристов и «солдат удачи», вступивших в войско. Как писал Будберг, эти белые работали «только на потеху собственной жадности, распущенности, разврату и общей нравственной мерзости…» Кроме наживы, приманки для разбойников и террора, способов привлечь население на свою сторону Семёнов практически не нашёл (позже в мемуарах атаман признавался, что никакой внятной и привлекательной программы народу он так и не предложил).
Сложно сказать, сколько человек стали жертвами террористического режима Семёнова, но речь идёт о многих тысячах, даже если считать только хорошо известные эпизоды (а сколько ещё осталось забыто…). Когда после поражения Семёнов ушёл из России окончательно, это был тот случай, когда даже сочувствующий белым наблюдатель мог вздохнуть с облегчением: слава Богу, больше никакой «атаманщины».