Артем - главный герой игры, с Мельником поднимается на поверхность из метро, где остатки человечества после ядерной войны укрываются уже 20 лет. Они направляются к Останкинской телебашне. По пути им встречаются люди из отряда Мельника после чего на них нападают мутанты.
События переносятся на 8 дней назад. Артем просыпается в своей комнате на ВДНХ. На станцию приходит сталкер - Хантер. Он помогает отбиться от нападения мутантов, однако это не самая большая угроза. ВДНХ оказалась подвергнута атакам Черных - мутантов-телепатов. Хантер обещает проверить станцию “Ботанический сад”, через выход на поверхность которой, в метро и попадают Черные. Он говорит Артему, что если не вернется, то ему следует отправиться в Полис - могущественную станцию и попросить помощи у местных сталкеров. Чтобы словам Артема поверили он дает ему жетон бойца Спарты.
В итоге Хантер не возвращается, и Артем начинает свой путь. Он отправляется с караваном до станции Рижская, который по пути сталкивается с аномалией и атакой мутантов. Артем с трудом добирается до станции, на которой ему встречается бандит – Бурбон. Он прослышал что герой не так как все восприимчив к аномалиям и решил предложить ему дойти вместе до станции Сухаревская. После того, как они через вентиляционную шахту попадают на станцию, Бурбона ловят бандиты. Артём пытается спасти напарника, однако Бурбон погибает.
Тут появляется загадочный человек - Хан. Вместе они добираются до Тургеневской станции, которая подвергается атакам мутантов. Артём спасает ее жителей взорвав проходы, через которые пробирались мутанты. Хан отправляет его на станцию Кузнецкий Мост - независимую станцию, однако на ней множество агентов коммунистической красной линии - Красных.
Добравшись до станции, Артём сразу же вызывает подозрение, но от ареста его спасает друг Хана - Андрей Мастер. Он помогает герою бежать со станции в багажном отделение дрезины, но в итоге Артем попадает в плен к нацистам. Его собираются казнить. В последний момент его спасают два сталкера — Ульман и Павел, бойцы со станции Полис. Артём показывает им жетон Хантера.
Добравшись до Полиса, он рассказывает местному лидеру Мельнику и совету станции про Черных и просит помощи. Совет отказывается помогать ввиду недостатка ресурсов и людей, которые требуются для войны с фашистами.Мельник не согласен с Советом и предлагает свою помощь. Он планирует найти военный бункер Д6, чтобы добраться до ракетных установок и уничтожить логово Чёрных.
Вход в Д6 не известен, поэтому сталкерам приходится и идти в Российскую государственную библиотеку, чьи военные архивы хранят документацию о расположении Д6.Они находят Д6 и оживляют ракетный командный центр. Артём берёт навигационную установку с лазерным целеуказателем и вместе с Мельником отправляется к Останкинской телебашне, чтобы разместить ее на вершине для наведения ракет на улей Черных.
Далее игра продолжает пролог.
Единственные выжившие после нападения мутантов, Мельник и Артём. Герои поднимаются на телебашню, но Мельника ранит демон. Артём продолжает путь, но уже в одиночку.
По пути он подвергается ментальной атаке Черных, но у него все-таки получается добраться до вершины. Артем устанавливает лазерный целеуказатель и наводит на улей Черных. Сталкеры, получив координаты цели запускают ракеты.
Герой наблюдает как Ботанический сад полыхает в огне. Артем считает, что он сделал правильный выбор, так как он защищал своих друзей и родных, свой дом - Метро. Однако, вскоре он поймет, что ошибался, но это уже совсем другая история.