Развитие научных теорий часто приводит к их естественному нарушению. Есть много примеров такого нарушения, однако речь идёт далеко не о том, что вызывает эти нарушения, а о том, насколько их возникновение имеет те или иные последствия для данной системы. Таким образом, мы можем сказать, что наиболее удачные научные системы сделаны так, что не только гетерогенны и поддаются опровержениям, но и впитывают их в себя и делают частью своей же системы.
Юнг, если брать психоанализ в общих чертах, является последователем Фрейда. Только он не все сводит к неврозу, но некоторым явлениям, например религии, дает объяснение не только невротическое, но и альтернативное. Тем самым, благодаря стараниям Юнга психоаналитическая наука обогащается. Такой же пример – необихевиоризм. Все подобные случаи показывают, что меняются если не второстепенные, то главные устои теории при конструктивной критике, но ядро её про этом сохраняется.
Стивен Хокинг как-то сказал фразу, наглядно иллюстрирующую страх теорий перед их неизбежным переосмыслением: «философия мертва». Увы, он не понимал, что ныне она – основа науки. Рассуждения того же Хокинга весьма оригинальны, радикальны и потому философские. Они - люди науки - порой забывают, что само возникновение её было стимулировано скептицизмом перед общепринятым. Когда же наука становится этим общепринятым, то требует к себе отношения без скептицизма! Это не соответствует духу истинной науки как таковой. Тем более, что экспериментальному методу предшествует философский, а далее он является основой экспериментального, давая науке возможность интериоризации, то есть самосовершенствования, и экстериоризации, то есть выведения себя наружу, непосредственно эксперимента (exterior – внешний, experimentum – опыт (лат.). Говоря здесь о философии, мы имеем в виду не науку, а способ мышления. Без такой философии как способа мышления невозможно развитие науки, так как она и пробивает брешь в обыденном сознании человека. Однако для большей аргументации приведём наиболее противоречивый и наглядный пример из научной деятельности.
Весь ортодоксальный дарвинизм (в отличие от неодарвинизма) строиться на радикальной философии Чарльза Дарвина и его ближайших соратников, и доказательства такого дарвинизма трактуются исключительно в контексте данной философии, не учитывая иного, но научного объяснения явлениям, иногда исходящего от тех же дарвинистов, но имеющих свои, объективно точные и более современные взгляды по вопросу происхождения человека (иногда более поздние дополнения к текстам Дарвина накаляют, подогревают особо щепетильные стороны его философии). Подобная научная замкнутость тоже следствие применения философского метода, уже в крайних, не принимающих ничего иного проявлениях. Такая догматичность всегда есть проявление внутренней слабости данной школы. Поэтому видно стремление подобных школ отделится от философии, так как она своим существованием является вечной угрозой для их вековых и неустанно создающихся, догматичных, отвергающих альтернативу теорий. Речь идёт далеко не о том, что классический, ортодоксальный дарвинизм не имеет права на жизнь; однако, отвергая альтернативные объяснения своих же заключений, соответствующие научной действительности, он постепенно идёт к вырождению, так как основой всякой науки и тем, что легитимизирует и, если угодно, морализирует её существование, является соответствие выводимых ею заключений действительности. Отвергая же научные факты, он отвергает и саму науку.
Дарвин касался объяснения прошлого человечества, то есть возникновения жизни, что само по себе недоказуемо экспериментально. Сведения, достаточно исчерпывающие для нас, об этом периоде утеряны, периоде непосредственного возникновения человека как вида; понимая необходимость философского подхода, Дарвин, все же, незаметно для себя это положение натурализовал. Он выдает философский метод за экспериментальный, не учитывая не только явное отличие между человеком и иными приматами, но и этих приматов исследуя вне потока эволюции (современные гориллы вряд ли могут послужить надежным примером функционирования не только человека, но и гориллы, существовавших в далеком прошлом). Несмотря на явные успехи в социологии и эволюционизме, именно из-за того, что его теория позволяет себе давать объяснение явлениям, не имеющим и не могущим иметь доказательств, она теми или иными людьми, весьма обоснованно с их точки зрения, оспаривается целиком. З. Фрейд пишет об этом: «Наука должна сначала строить гипотезы, которые могут оказаться несостоятельными, и только потом искать их подтверждение. Она должна быть смелой в предположениях и строгой в проверке». Но если психоанализ имеет себе целью разобраться в психике реального, то есть ныне существующего человека, и в его случае это может быть оправдано тем, что рано или поздно доказательства или опровержения гипотез найдутся, так как имеем дело с нынешней человеческой психикой; то это не применительно к проблематике того, доказательства к чему мы так или иначе не получим, источники чего утеряны или же находятся за рамками нашего логическо-натуралистического восприятия. Собственно, именно в конфликте с гносеологией и кроется страх перед ней и непосредственная реакционная замкнутость теории.
Ильенков верно подметил по этому поводу: «Пока химик занимается «делом химии», т.е. рассматривает все богатство Вселенной исключительно под абстрактно-химическим аспектом, мыслит любой предмет только в категориях своей науки (будь то нефть или золото, биологическая плоть живого существа или «Сикстинская мадонна»), никакого повода для порицания он не дает.
Но как только он, сам забыв об этом, начинает мнить, будто в понятиях его специальной науки только и выражается «подлинная суть» и «Сикстинской мадонны», и живой клетки, и золотой монеты, его профессионализм сразу же оборачивается негативной стороной. Он на все другие науки начинает смотреть как на «донаучные», чисто феноменологические «описания» внешних, более или менее случайных проявлений своего, и только своего, предмета - химии. Тут он становится смешным, попадая в паутину кантовской идеи «регрессивного синтеза», согласно которой «подлинная сущность» биологии заключается в химии, «подлинная сущность» химии - в физике, в структурах атомных и субатомных образований, и далее - физика «сводится» к математике, а математика - к «логике».