Новосибирский Краеведческий музей – первый музей Новониколаевска-Новосибирска. Официальное открытие Новониколаевского центрального музея состоялось в здании «Синкредсоюза» (бывший дом хлеботорговца Кагана) на углу Гудимовской и Гондатти (сейчас это улицы Коммунистическая и Урицкого). Музей мог появиться в Новосибирске на несколько лет раньше, однако события Первой мировой и Гражданской войны помешали этому.
Основателем и первым директором музея был Владимир Александрович Анзимиров. Он был журналистом, писателем, биологом и не только. Энергичный и разносторонний Анзимиров родился в Барнауле в 1859 году. Там же он обучался в Горном училище, окончил Сибирскую военную гимназию в Омске. Владимир Александрович работал в Рязани и Москве, а также а Оренбурге. После этого вернулся в Сибирь. С 1920 году Анзимиров поступил инструктором в Отдел народного образования Сибревкома. Он основал музей в 1920 году. Буквально сразу же он выступил с инициативой создания дебютной экспозиции, на базе ресурсов Сибирского отдела народного образования. На лето экспозиция была перемещена в отдельное здание, которое с 4 августа 1920 года стало носить официальное название — Новониколаевский центральный краеведческий музей. Изначально здесь выставляли экспонаты, связанные с геологией и астрономией. Владимир Александрович был основателем понятия и самой концепции «музея мироведения». Анзимиров считал, что задача музея состоит в том, чтобы знакомить людей с научной картиной мироздания. Он хотел дать им представление о мире в котором живут, включая знания о галактиках, Млечном Пути, Солнечной системе и не только.
В сентябре 1921 года экспедиция музея, отправившаяся для пополнения фондов в Горный Алтай и возглавляемая Анзимировым, пропала без вести. Так трагически оборвалась жизнь основателя краеведческого музея.
В 1926 году музей перебирается в здание дома купца Маштакова (на углу Красного проспекта и улицы Свердлова). С этого момента музей переходит под управление Общества по изучению производительных сил Сибири. Тогда он получает название «Музей производительных сил Сибирского края», а его коллекция серьёзно расширяется. Для её пополнения и придания музею краеведческого характера сотрудниками организовали геологические, ботанические, зоологические и этнографические экспедиции.
В 1931 года музей переживает повторную реорганизацию. Тогда он становится Западно-Сибирским краевым музеем. Теперь его работа строго регламентировалась. Самостоятельные экспедиции отменили. Также с этого момента в музее было развёрнуто социалистическое строительство. В 1937 году музей переименовывают в Новосибирский областной краеведческий музей.
В 1939 года состоялась первая за 8 лет археологическая экспедиция под руководством археолога музея Е. Д. Стрелова. А в 1940 году на берегу реки Ояш он же нашел полный скелет самки мамонта, который по сей день является уникальным для Западной Сибири. Скелет назвали «Матильда». Он до сих пор является талисманом и визитной карточкой филиала Краеведческого музея – Музея природы на Вокзальной магистрали.
В 1949 году в бывшем доме извозчика Е. Метлина на улице Ленина открылся первый филиал – «Дом-музей С. М. Кирова». В 1949 году прошла первая послевоенная инвентаризация.
В 1950-е годы коллекция начала расти количественно. В эти же годы музей начал издательскую деятельность.
В 1967 году музей принял на работу молодого историка Лидию Ивановну Копытову, которая оставалась главным хранителем фондов музея до 1998 года. Благодаря ей музей стал серьёзным научным учреждением с разработанной концепцией научного комплектования. Также появилась чёткая система учёта и классификации, Лидия Ивановна была также инициатором создания музейной реставрационной мастерской. Указом Президента Российской Федерации от 25 ноября 1994 года ей было присвоено звание «Заслуженного работника культуры РФ».
В начале 1970-х годов музею предоставили новое помещение на первом этаже девятиэтажного жилого дома по адресу Вокзальная магистраль,11. В 1972 году здесь открыли экспозицию отдела природы. В 1973 году здесь же открылись залы исторической экспозиции.
К 1985 году в музее хранилось 100 тысяч экспонатов основного фонда. Авторитет музея сильно возрос. Музею передали здание-памятник в центре города (ранее это было бывшее здание городского Торгового корпуса). 5 ноября 1987 года в этом здании была открыта первая выставка, посвящённая 70-летию Великой Октябрьской социалистической революции. Это была масштабная экспозиция, развёрнутая на двух этажах. Она демонстрировала достижения Новосибирской области за 70 лет советского правления. В новом здании разместили фондохранилище и исторический отдел музея (отдел природы остался на Вокзальной магистрали, 11).
В мае 2001 году музей получил современное название. С 2002 года по основным показателям он стал музеем первой категории. В 2009 году коллектив возглавил новый директор. Им стал кандидат исторических наук А. В. Шаповалов. Благодаря организаторским способностям и проектному мышлению за последние 10 лет краеведческий музей совершил серьёзный прорыв в своём развитии. В период 2010-2015 годов на средства федерального и областного бюджетов провели реконструкцию. А после и капитальный ремонт здания-памятника по ул. Красный проспект, 23.