Действие фильма «Сомнение», разворачивается в католической школе в Бронксе, в 1964 году. Сестра Элоиза Бовье (Мерил Стрип), строгая и консервативная директриса школы, придерживается строгих правил и традиций. Ее спокойствие нарушается, когда молодая и более прогрессивная сестра Джеймс (Эми Адамс) делится с ней своими подозрениями относительно отца Флинна (Филип Сеймур Хоффман), харизматичного и прогрессивного священника.
Сестра Джеймс обеспокоена его чрезмерной заботой об одном из учеников, Дональде Миллере, единственном чернокожем мальчике в школе. Она замечает странное поведение Дональда после приватной встречи с отцом Флинном, а также видит, как священник дает мальчику свое личное полотенце. Эти детали, по ее мнению, указывают на неподобающие отношения между священником и учеником. Сестра Элоиза, будучи человеком твердых убеждений и принципов, воспринимает подозрения сестры Джеймс как серьезную угрозу репутации школы и церкви.
Не имея прямых доказательств, сестра Элоиза начинает собственное расследование, вступая в психологическую игру с отцом Флинном. Она использует свой авторитет и знание церковных правил, чтобы попытаться вывести священника на чистую воду. Отец Флинн, в свою очередь, энергично отрицает все обвинения, объясняя свою заботу о Дональде желанием помочь мальчику, которого отвергают сверстники. Он утверждает, что полотенце дал мальчику, потому что тот пролил вино во время прислуживания в церкви.
Противостояние между сестрой Элоизой и отцом Флинном становится центральным конфликтом фильма. Это не просто борьба между человеком и обвинителем, но и столкновение разных взглядов на религию, мораль и справедливость. Сестра Элоиза – воплощение старых, консервативных ценностей, где сомнение и непослушание воспринимаются как грех. Отец Флинн, напротив, пытается адаптировать церковь к современному миру, быть более открытым и милосердным к прихожанам.
В кульминации фильма сестра Элоиза, несмотря на отсутствие доказательств, вынуждает отца Флинна подать в отставку. Она использует ложь, чтобы убедить его в том, что ей известно о его прошлых прегрешениях, заставляя покинуть приход. После ухода священника, сестра Элоиза признается сестре Джеймс, что солгала, и ее мучает сомнение в правильности своего поступка. Она признает, что действовала, основываясь исключительно на своих подозрениях и интуиции, не имея неопровержимых доказательств вины отца Флинна. Фильм заканчивается открытым финалом, оставляя зрителя в раздумьях о природе сомнения, справедливости и пределах власти.
