Первоначально госпиталь разместился рядом с Торговым бастионом, ныне улица Брыкина (северная сторона), в каменном помещении «о шести покоях».
По данным краеведа Виктора Васильевича Дорофеева, помещения госпиталя были перенесены с ул. Брыкина после Отечественной войны 1812 года на то место, которое он занимает в настоящее время, в северо-западной стороне за крепостным валом и эспланадной площадью, на территорию бывшего загородного дома генерал-губернатора. Построенная в 1770-е гг. загородная резиденция военных губернаторов с 1805 года уже не использовалась, а к 1825 г. пришла в полную негодность и была продана на слом.
В 1827 году Оренбургским инженерным корпусом был разработан проект «вновь предполагаемому к выстройке в Оренбурге 2-этажному каменному госпитальному зданию на 300 человек больных», подписанный начальником корпуса Григорием Федоровичем фон Генсом и инженером подполковником Козеновским. В сентябре 1828 года проект был высочайше утверждён. В это же время проектировались и др