Проводившаяся с начала XIX века правительством Наполеона политика континентальной блокады Англии, к которой присоединилось большинство европейских держав, и поражение Англииии в англо-американской войне (1812—1815) сильно ударило по доходам компании.
С 1820 по 1870 год компания выпускала собственные бумажные банкноты в фунтах стерлингов, сначала в Лондоне, а затем и в Йорк-Фэктори, Форт-Гэрри и в колонии Ред-Ривер. Компания запустила по рекам Канады собственные гребные пароходы. В результате трёх экспедиций 1857—1860 годов, обследовавших обширные пространства прерий и лесов от озера Верхнего до южных перевалов Скалистых гор и открывшей золотоносные месторождения Британской Колумбии, был развенчан миф о том, что Запад Канады непригоден для сельскохозяйственного освоения.
По западным рубежам британские владения в Канаде граничили с Русской Аляской, находившейся под управлением Российско-Американской компании (РАК) — аналогичного государственно-коммерческого колониального института Российской империи. Вплоть до продажи Аляски в 1867 году «Гудсонбайская компания» (как её называли в России в те годы) и РАК поддерживали активные контакты. При этом следует учитывать, что обе компании имели разные рынки сбыта: РАК ориентировалась на Россию и Китай, англичане — на Западную Европу. Также российские промысловые артели добывали в основном котиков и каланов, в то время как британские трапперы — бобров.
Произошедшие в 1830-х годах единичные столкновения между представителями обеих компаний, в частности, инцидент на реке Стикин 1834 года, привели к заключению в январе 1839 года соглашения между ними. Согласно ему, Компания Гудзонова залива получала от РАК в аренду на 10 лет всю материковую полосу российских владений в Америке от залива Портленд-Ченнел на юге до мыса Спенсер на севере, вместе с редутом Св. Дионисия, за ежегодную плату в 2 000 выдровых шкурок. При этом РАК воздерживалась от торговли с индейцами как арендованной британцами полосы, так и остальных их владений, Компания Гудзонова залива же — от приобретения мехов у туземцев русских территорий.
В 1860-х годах, в связи с упадком торговли пушниной, акционеры Компании Гудзонова залива стали вкладывать больше средств в недвижимость и строительство железных дорог. В 1863 году Международное финансовое общество приобрело контрольный пакет её акций. После образования в 1867 году доминиона Канада правительство вновь образованного государства начало переговоры с компанией о выкупе принадлежавших ей западных земель.
После долгих и сложных переговоров, разработана была процедура передачи Канаде западных территорий, оформленная Актом от 19 ноября 1869 года, компания уступала правительству доминиона монополию на торговлю на Северо-Западных территориях и права на Землю Принца Руперта (бассейн Гудзонова залива).
Дальнейшей деятельности Компании Гудзонова залива способствовало начавшееся в 1881 году строительство Канадской тихоокеанской железной дороги, прерванное в 1885 году восстанием метисов под руководством Луи Риэля в провинции Саскачеван, которое нанесло немалый ущерб торговле с индейскими племенами.
С начала XX столетия, когда пушной промысел стал ещё менее выгодным, компания перешла к торговле товарами, необходимыми поселенцам на западе Канады, в том числе охотничьим оружием, орудиями труда и лова, инструментами, одеждой, обувью, посудой, мебелью, продуктами и т. п.
Первая мировая война прервала начавшуюся в 1912 году масштабную реконструкцию принадлежавших компании магазинов розничной торговли, но по окончании её компания активизировала торговлю недвижимостью, товарами и мехом, а также диверсифицировала свою деятельность, занявшись нефтяным бизнесом (в 1926 году компания стала соучредителем «Hudson’s Bay Oil and Gas Company»).
В XX столетии Компания Гудзонова залива приобрела известность в Канаде своей сетью универмагов «The Bay».
В 2006 году компания была продана за 1,1 миллиарда долларов американскому бизнесмену, после чего фактически перестала являться канадской.
28 мая 2025 года компания Гудзонова залива объявила об окончательном прекращении своей деятельности. С 1 июня были закрыты все оставшиеся у компании магазины розничной торговли и тем самым, завершена 355-летняя история самой старой торговой корпорации в Северной Америке, последней из уцелевших колониальных компаний и одной из старейших торговых корпораций мира.